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在六千五百多萬年前，白堊紀末期的某一天，地球上存在着各種各樣的巨型生物，而占主導地位的是恐龍，這時以原始狀態存在的地球生態，完全處於一個獨立的物種年代。
突然宇宙中太陽系內，憑空出現了空間的波動，從亞宇宙空間中一艘約兩公里方圓的宇宙飛舟穿出了空間，在空間力量的推動下撞向了正前方的地球。
很快在地球的天空中，出現了一道剌眼的白光，如同一顆小行星，這艘宇宙飛舟以每秒40公里的速度一頭撞進地球的某一處海洋，在海底撞出了一個巨大的深坑，同時宇宙飛舟開始自爆，顯然這次撞擊引起了宇宙飛舟內部的毀損，然而由於宇宙飛舟材質的堅固，雖然自爆使得宇宙飛舟多處破裂，但總算沒有完全毀損。
於此同時，原本在地球上一塊陸地，約有地球近五十分之一的陸地，從地殼中被撞裂，脫離了出去，在地球的自轉作用下，甩出了地球，在大氣層的摩擦燃燒下，化成了一個圓形的行星，從此成爲了地球一個近鄰，月球。
而在地球上，發生了一場非常可怕的災難，在宇宙飛舟撞擊下，地殼發生了鉅變，失去脫離了化成月球的這塊陸地，四周的陸地向脫離處擠壓而來，把宇宙飛舟埋在了地球內部。
整個世界的地貌發生了滄海桑田的變化，同時也使得地殼和地核產生了脫離，地殼變成了漂移的地殼。
撞擊引起海水被迅速氣化，蒸氣向高空噴射達數萬米，隨即掀起的海嘯高達5公里，並以極快的速度擴散，沖天大水橫掃着陸地上的一切，洶涌的巨浪席捲地球表面後會合於撞擊點的背面一端，在那裡巨大的海水力量引發了強烈的火山噴發，同時使地球板塊的運動方向再次發生了改變。
這次撞擊，使得地球產生了鋪天蓋地灰塵，極地雪融化，植物毀滅了，火山灰也充滿天空。
一時間暗無天日，氣溫驟降，大雨滂沱，山洪暴發，泥石流將許多生物捲走並埋葬起來。
在以後的數月乃至數年裡，天空依然塵煙翻滾，烏雲密佈，地球因終年不見陽光而進入低溫中，蒼茫大地一時間沉寂無聲，生物史上的一個時代就這樣結束了。
然而更嚴重的一個問題是，由於宇宙飛舟的撞入，月球的脫離，地球原本的大氣層被破壞了，產生了一個聯通宇宙的大洞，宇宙射線隨着地球的自轉，引起了地球上殘存的生物發生了變異，各自各樣神話傳說中的生物誕生了。
時間便這樣過了千百多年，地球上依舊沒能恢復原本的模樣，只是受到宇宙射線刺激產生的變異的生物越來越多，這些生物有些在神話中流傳了下來，有些直接被歷史所淡忘，這些生物被後來的人類稱爲神獸、妖獸、魔獸等等之類。
這樣千百年後的某一日，從原本埋葬了宇宙飛舟的海洋，如今已經成爲了一處高原大陸，這大陸中的某一處平原忽然震動了起來，引起了周圍山脈、地形的龜裂，一個如同蚯蚓狀的巨大鋼鐵怪物鑽了出來。
這就是當年降臨地球，使得地球上一個時代的生物幾乎滅亡，使得至今人類所知曉的恐龍滅絕，同時也使得地球開創了一個新時代的禍首，那艘來自太空的宇宙飛舟改裝物。
此時的宇宙飛舟中已經沒有活物存在，只有宇宙飛舟的智能系統主腦通過千百多年的時間，改造了宇宙飛舟，成爲了現在這麼一個像蚯蚓的奇怪陸地爬行舟。
這個陸地爬行舟依舊沿用了原本宇宙飛舟的名號，那就是在神話傳說中，開天闢地的“盤古”，這艘宇宙飛舟是來自遙遠外太空某一處星系的“盤古”號飛舟。
而這個宇宙飛舟的智能操控主腦則被原本的外星人控制者稱爲女媧，多麼熟悉的兩個名字盤古、女媧，傳說中開天闢地，造化萬物生靈的神話始祖。
盤古號從地下爬出地表後，女媧智能系統便開始了對地球的環境以及相關原始土著生物的探測工作，從盤古號飛出了許多無人的探測飛船，對地球做着各種數據採集。
然而大多數探測飛船都被地球上變異的強悍生物直接破壞，只有少數飛船回到了盤古號，但也使得女媧智能系統得到了當時地球上的各類信息。
盤古號飛舟原本是來自宇宙某一星系智能生命的殖民探測飛船，在經歷了一次意外襲擊後，通過亞宇宙穿梭來到了太陽系，此刻飛舟上所有外星智能生命已經在飛舟墜毀地球的時候死去。
只有女媧智能系統這艘宇宙飛舟的控制主腦依舊保持着工作，失去了外星智能生命的指揮，它只好按照飛舟中儲存的原始殖民系統程序規定的方式，開展前期的星際殖民準備。
消滅一切被殖民星球對未來殖民統治有威脅的原始土著生物，建築殖民需要的基礎設施，發射宇宙信號源，製作殖民星球的宇宙座標。
通過對地球現狀的探測，女媧智能系統感覺到了任務的艱難，地球上由於宇宙射線的刺激，產生了無數基因變異的強悍生物，最強的有後來被稱爲中國人先祖的神龍，還有祥獸麒麟，鳳凰，當然這些都可以算是頂級的神獸，再次一點的，就是後來西方傳說中的西方飛龍，三頭蛇（這兩種生物可能是從恐龍中變異產生），另外還有比蒙，雷鳥等等之類的變異生物，再次一些的變異生物也不少，當然，在當時這些生物也只是產生變異不久，實力還沒有達到後期的強悍，但相對而言，也足以危險到女媧智能系統原本所屬外星星球的殖民者。
根據女媧智能系統的計算，它制定了一個殖民計劃安排，首先它需要重新修補盤古號，盤古號由於墜毀撞擊，遭受了重大破損，爲了從地底爬出來，女媧只是操作飛舟機器人簡單的修補了一下，這才變成了如今的蚯蚓模樣，但盤古號的能量驅動核心在墜落中遭到破壞，無法作宇宙飛行了，大修一番，最多隻能恢復低空飛行功能。
其次它準備修補地球大氣層，經過了千百多年的時間，地球自身已經使得那個大氣層空洞縮小了不少，但還有五公里方圓，這裡說的大氣層空洞自然不是說一個聯通宇宙的空氣洞，而是一處無法抵禦宇宙射線的稀薄大氣層。
第三，它將通過殖民星系的克隆技術，製造出強大的克隆戰士，剿殺地球中的那些變異生物，從而製造一個安全的殖民環境。
之後，前面兩個工作花了近三千年的時間才真正完成，僅僅盤古號修復工作就花了一千多年，地球上到處是變異的生物，女媧智能系統很難取得合適的礦物來修補盤古號，爲此盤古號不得不以本體面對各類變異生物，這一經歷，可以說是充滿的危險性，最終恢復了盤古號的大部分功能，並可以在地球內懸浮飛行。
之後，通過兩千多年的努力，才又通過礦物燃燒方法修補大氣層，終於使得地球的大氣層空洞完全恢復。
在這期間，女媧智能系統根據盤古號和地球變異生物戰鬥後獲得的變異生物的基因資料，開始了它第三步克隆戰士的製造計劃。
在盤古號宇宙飛舟中原本存儲有許多專門製造高等克隆戰士的外星克隆原液，這種克隆原液培養出來的克隆戰士，可以完美的融合各種克隆基因，通過這種外星克隆原液製造出來的克隆戰士，被女媧智能系統稱爲巫戰士。
然而由於當初宇宙飛舟的毀損，這些克隆原液也泄漏了絕大部分，女媧智能系統使用盤古號飛舟中殘存的克隆原液，只製造出了十二個祖巫，這些祖巫的基因融合了地球上各種變異生物的優質基因，身體素質以及力量甚至可以比擬地球上那些變異的神獸，幾個祖巫聯合，就是神獸也不是他們的對手。
然而，女媧還是錯誤的估計了地球上這些變異生物的實力，畢竟智能系統無法考慮到意外的變化，三千年的時間，地球上原生土著變異生物也產生了進化。
地球上的變異生物中出現了智能，特別是那些神獸級別的生物，它們已經不在是隻有生存本能的動物，而變成了“妖”獸，所謂的“妖”，就是變異，不同一般，懂得思考的。
這些妖獸的本領比原本的普通變異生物更爲強大，它們煉就了內丹，可以變化成半獸半人的戰鬥形象，它們通過內丹感應到天地自然的能量，借用這些能量，戰鬥起來即便是十二祖巫也不能輕易戰勝。