幾十年以前的昭和時期，調差負能量而來到地球上的愛迪奧特曼，擊敗了神出鬼沒的幽靈船巴拉克什部。 這看似是由愛迪奧特曼打敗的巴拉克什部，真的已經死了嗎？？這日，在渤海海域底部，又開始了一種結合各種強力機械地結合，逐漸合成了一種船隻的形狀……
某日，行駛在太平洋上的一艘運輸船隻正在往京都運輸着貨物。當行駛到某一區域時，突然，海面上翻起了大海浪，一艘巨型戰艦正緩緩升起，穩定下來後，戰艦上的各種艦炮朝着運輸船射擊而去，將運輸船炸的片甲不留；之後，巨型戰艦消失在了海平面上。接下來的一段時間裡，時常發生着此類事件，前去調查的防衛軍隊員們一無所獲；當再一次發生軍艦襲擊事件時，還在調查的小蘭和周龍正巧在附近，火速趕了過去，終於使戰艦露出了真正的面目，還救下了運輸船隊上的一干人等。
在防衛軍作戰室裡，當在屏幕上放射出周龍、小蘭拍到的戰艦的樣子時，無人能說出它是屬於什麼地方的艦種；這時候，嵐君好像想到了什麼，走進美琪：“美琪，你調查一下昭和時期，爲了調差負能量而來地球的愛迪奧特曼那時候的資料吧。找到後輸入‘幽靈船巴拉克什部’出來看看，我覺得兩者很相似。”當把那時候的照片與這這時的照片連在一起一看，隊員們嚇了一跳：這也太像了吧。 這時，大艾走了進：“或許是別的什麼原因使它又復活了呢。等下次出來，好好調查一下吧。”
在這件事情之後的一個月後，那艘神秘的戰艦終於又出現了，在黃海海域正在襲擊地面的防禦設施。防衛軍出動了，一面進攻軍艦，另一面疏散羣衆們。這時，防衛軍機庫裡，大艾的專機——RS戰機出發了，在接近戰艦後，大艾調將RS調爲了自動操作後對其下令：“請自由進攻。”之後，跳出機艙變身了。在地面和軍艦之間，風狄落了下來。見到軍艦的那一刻，風狄終於知道了，這正是幽靈之船——巴拉克什部！！只是，這是它的另一個形態。只有將內部的靈魂完全銷燬方纔徹底將其消滅。正當風狄發射禁錮射線時，幽靈船傳出一陣白霧籠罩着自己，消散後，幽靈船也跟着消失了，只留下了風狄在海面上。
出現在RS裡的大艾還在思索着幽靈船消失的原因時想着：難道是僅僅想把現在的奧特曼先引出來嗎？？若真是如此，接下來就比較麻煩了。 進入總監室後，然然問：“它走了？？”大艾點了點頭，然然說：“走的原因我知道了，就是對你有了個初步判斷，下次相遇就不好對付了哦。”大艾聽後笑了笑：“下次一定會贏的，因爲，無心的機器戰艦，是永遠無法戰勝有心的人類的！！”
接下來的幾天裡，所有人員開始了對巴拉克什部進行了全方位的分析，以及研究出對付它的方法。一日之後，當早晨的陽光照進窗戶之時，一陣歡呼從周龍、嵐君的房裡傳了出來：“終於發現了巴拉克什部的弱點與躲在哪裡了————” 把大家嚇出了一身冷汗。作戰室裡，周龍走進屏幕，指着幽靈船後面那個一直在閃爍着紅燈的區域說：“這個地方，就是巴拉克什部所有系統的中樞，就像我們基地的主控系統一樣，只要破壞了這個，至少能夠使它完全動不了了。不過，（他有些沮喪）沒有三方相同的力量的同時擊中的話，就是無效的。而我們防衛軍就算加上所有的力量，也僅僅只能與風狄奧特曼的斯貝修姆特光線剛好持平罷了。”隊長翔問了一句：“也就是說，在下一次幽靈船出現之前，必須要製造出另一個相同實力的武器，或是來一位幫手，才能制住它咯？？”周龍點了點頭，又說：“不過，如果風狄奧特曼擁有更強的力量的話，至少是斯貝修姆特光線的兩倍，三倍跟好，我們就絕對能打贏。”嵐君發言了：“至於幽靈船的位置，就在北極的中心。現在只擔心它移動去別的地方了。”隊員們都沉默着的時候，一直在旁聽的大艾看了看他們，哈哈大笑起來，站起來邊走邊對他們說：“隊員們，你們是不是以爲我們的風狄奧特曼只有兩個絕招嗎？？以往的奧特曼可不僅僅只有兩招哦！我們要相信我們的奧特曼是一定會贏得，明白嗎？？就算風狄沒出現，我們也要靠自己的力量贏了怪獸才行。好了，我先走了。”
在總監室裡，大艾準備獨自前往北極戰鬥，交代然然幫忙看一下，等於是幫自己做決定，然後，使用聖士之光，消失了。 在北極正中心的位置，風狄奧特曼出現在上空了。 這時，小蘭收到了從北極發來的訊息，一看吃了一驚，報告給了隊長：“隊長，風狄出現在了北極上空，準備進入海底了。”周龍：“隊長，我們一起去吧。”隊長正有此意：“好的，一起去看看。”一起坐上主戰艦——神龍號出發了。這時，風狄對冰層使出了烈焰飛踢，一腳直踢海底，擊穿後直直的衝擊在了幽靈船邊上的海底上，指着幽靈船說道：“巴拉克什部！做個了斷吧！愛迪奧特曼沒有徹底消滅你，我絕對使你消失的無影無蹤！！”這時，巴拉克什部頭上亮起了綠光，竟發出了聲音：“沒想到被你找到了啊，超人聖士風狄。就算是你，也沒那麼容易達到我吧。”浮出了水面，就在浮出的一瞬間，風狄發出了光之屏障將幽靈船關在中間並上升到空中，不給它任何說話機會，使出了新絕導光射線，一舉將其消滅了，在剛抵達北極的龍神號裡的隊員面前；同時，這絕招也消耗了風狄一半的能量。回到總部後，周龍感嘆說：“我們的風狄，變強了啊。”
傍晚，大艾在總部附近的小湖邊對然然說：“希望以後不使用新絕導光射線就能贏啊。”然然微微一笑：“一定不會的，因爲在此之前，我們一定會有更強的、正義絕招贏得。”難道風狄的新絕導光射線這個絕招，在使用不當之時，能將宇宙滅亡的絕招嗎？