經過各方斡旋，陳琪美勉強坐上了上海都督的位置，由馬漢龍當任任軍務部長一職，鈕永建爲司令部部長，黃郛由於掏槍大鬧會場，什麼都沒撈着，李平書爲民政總長，伍廷芳爲外交總長，陳暉祖爲財政總長，王一亭爲交通部長。
馬漢龍當上軍務部長之後，立即對上海所有部隊進行整編，將光復會策反過來的清軍兩千多人整編成一個師，任命李燮和爲團長兼任吳淞司令立即前往南京參加江浙聯軍，又將上海武裝商團整編成一個師，任命李英石爲師長長，並命他率部前往參加江浙聯軍準備北伐。又命劉福彪等人組織青幫人員，一共湊出三千餘人，編成一個師，下轄三個團，任命同盟會成員張承槱當任師長率部北上參加江浙聯軍準備北伐，黃郛、劉福彪和蔣志清等分別當任團長。
馬漢龍這樣做也是爲了妥協，畢竟在浙江光復時，同盟會方面沒有撈到什麼油水，蔣志清等人窩着一肚子火，陳琪美也多次向鐵血救國黨表示了不滿，這也是爲了平衡各方面的關係。
除了這三個師要北上參加江浙聯軍之外，馬漢龍還以振華公司護衛隊四千多人爲基礎編練出兩個師，分別爲滬軍第一師和第二師，不足的兵員在上海灘進行招募。聽說軍政府爲革命要招兵北上北伐，各界有志青年紛紛報名參加，就連公共租界和法租界的大部分華人巡捕們聽到這個消息都跑到華界來報名。
就因爲馬漢龍在上海灘招兵，眼看着公共租界和法租界的華人巡捕們幾乎要跑光了，這可讓公共租界和法租界當局極爲不滿，沒有了華人巡捕，兩個租界的巡捕房根本就玩不轉。公共租界警務處和法租界警務處不得不將事情報上去讓上頭出面，事情最後鬧到了英國駐滬總領事法磊士那裡，法磊士立即出面找上海軍政府都督陳琪美進行協商，陳琪美不想得罪洋人，只能讓馬漢龍停止招收華捕。馬漢龍表示他可不能阻止那些華捕報名，他們都是自願的，而且革命熱情很高，他作爲招兵的最高軍官當然不能這麼幹。
陳琪美命令不了馬漢龍極爲惱火，這讓他在法磊士面前顏面無存，他想到馬漢龍是鐵血救國黨的人。是蕭震雷的手下，於是立即給蕭震雷發去一封電報說明情況。
蕭震雷接到電報後考慮到現在國內的革命纔剛剛開始，還不能與洋人翻臉，很快就回了一封電報，指示已經招進來的巡捕就算了，接到電報時算起。以後不再招收租界巡捕當兵，這才避免了租界巡捕房變成空的命運，同時還提出要租界當局保持中立，不能幫助清廷方面，最後催促上海軍政府儘快排出軍隊北上支援北伐。
拿到電報之後的陳琪美立即將馬漢龍找來，將電報給他，讓找照指示辦事。有了蕭震雷的指示，馬漢龍才下令停止招收華人巡捕，並命令李燮和、李英石和張承槱立即分別率領第三、第四、第五師開赴南京參與進攻南京的戰役。
上海這邊的革命熱熱鬧鬧的，蘇州這邊也沒有閒着，江蘇軍政府成立之後雜事繁多，蕭震雷將一些不太重要的政事交給程德全和鐵血救國黨在蘇州的成員們處理，他在掌握全局的同時又抽出時間將手下軍隊進行重新整編，進行一輪瘋狂擴軍。
新軍第二十三混成協直接改編成了江蘇第一軍，劉之潔任軍長，下轄兩個師、一個炮兵旅、一個騎兵旅。第四十五標編成第一師，師長朱熙，參謀長兼政治委員的石堪，第四十六標改編成第二師，師長陳繼祖。政治委員兼參謀長蔣正英。炮兵旅由原炮兵營改編，騎兵旅由原騎兵營改編，主要指揮官基本不變，這些軍隊缺員的部分面向社會招兵，而且要以最快的速度招齊全。
同時將秘密招募的第四十鎮兩萬餘人改編成了第二軍，軍長由伍世友當任，下轄第三師和第四師，這兩個師的兵員和裝備反而是最齊全的，改編完成之後基本上至缺很少的兵員了，在抵達南京外圍的這幾天時間裡就已經招募滿員，全軍一共兩萬五千六百人。
除此之外，蕭震雷又將江蘇各地投降和俘虜的那些巡防營清軍進行整編，編成一個師，師長餘漢良，參謀長兼政治委員安延年，是爲江蘇第五師。
除去滬軍第三師是光復會人李燮和領導的，滬軍第五師是同盟會張承槱領導的，這兩個師一共六千餘人都不是蕭震雷的嫡系，關鍵時刻肯定指揮不動，不能算在鐵血救國黨的軍隊當中，蕭震雷自己算了算自己手中的能夠指揮得動的軍隊：江西方面有四個師，浙江方面有五個師和一個混成旅，江蘇這邊有五個師，一共有十四個師和一個混成旅，現在這些部隊除了用巡防營改編的江西第四師、江蘇第五師和浙江混成協都是滿員之外，其他主力部隊都還不滿員，不夠只要有三個月以上的時間就可以招募滿員，這一點蕭震雷倒是不擔心。
徐紹楨在南京的起義失敗後，率殘部退往鎮江，讓沈同武和孫銘等人收攏部隊，他親自前往蘇州和蕭震雷見面。對自己的倉促起事悔恨交加，他決定卸去兵權，來到蘇州之後見了蕭震雷就說：“慚愧，我上了張人駿和鐵良、張勳的當，又倉促起事，指揮不當才造成了部隊一敗塗地，如果不是撤退得快，南洋第九鎮就完了，事已至此，還請寰宇率兵北上支援，另外我第九鎮缺少彈藥，還往寰宇能夠撥付一些，我部願意接受你的指揮和整編！”
蕭震雷安慰道：“勝敗乃兵家常事，徐公不必顧慮太多，我江蘇軍政府的第三師和第四師已經進駐秣陵關了，不過江寧城內清軍兵力衆多，且武器充足，想要近期內攻下江寧只怕不太現實，這幾日我已經與上海、浙江和江西方面進行了聯繫，約定成立江浙贛聯軍，各地各派一支軍隊過來促成聯軍，與11月20日之前在秣陵關下集結，最遲11月26日發起進攻！”
徐紹楨聞言心裡鬆了一口氣，說道：“這樣最好，只要武昌那邊頂住，我們這邊再拿下江寧，便可渡過長江揮兵進入中原！”
蕭震雷想了想嘆道：“徐公，我現在不擔心清廷不倒，到了這個時候，清廷倒臺是遲早的事情，我是擔心革命勝利的果實被野心之輩摘取啊！”
“哦？此話怎講？”徐紹楨聞言吃了一驚。
蕭震雷道：“武昌那邊的情況我很清楚，我革命軍能夠堅守到現在，不是他們有多能打，是北方那位袁大腦袋故意放水的！”
徐紹楨大驚：“什麼？這這這
??這不可能吧？他爲什麼要這麼做？”
蕭震雷冷笑道：“還能因爲什麼？擁兵自重唄！他也知道共和已經成必然之趨勢，他現在想的就是成爲總統，留着我們這些革命黨威脅清廷，讓清廷意識到朝廷已經維持不下去了，想要保全身價性命，皇帝就必須要宣佈退位，他老袁不想做不忠之臣，於是藉着我們這些革命黨的手逼迫皇帝退位，如此他便可是不用揹負不忠之罵名，真是好算計啊！”
聽着蕭震雷這麼一分析，徐紹楨也越想越覺得有可能，連忙問道：“那我們如何應對？”
蕭震雷聞言不由苦笑，搖頭道：“我們現在的力量還是太過薄弱，如果我軍兵力強盛，就可以直接攻入京城，不與任何人妥協，可是這不太現實，北洋軍十數萬都是精銳之師，我現在雖然不怕他老袁，可如果打起來，只能是一個兩敗俱傷的下場，到最後消耗的是我國本身的實力，一旦有外敵入侵，只怕難以抵擋，沒辦法，明知道他的野心，但我們卻沒有能力阻止他，只能走一步看一步。據我估計，只要我們攻下南京，北方必定會派人過來跟我們談判，你也知道，在革命黨人當中，論資歷，你我只不過是小字輩，何況你還不是革命黨，到時候只怕沒有我們說話的份嘍！”
徐紹楨想了想說道：“寰宇，不管怎麼說，我支持你，他們同盟會雖然活動比較早，可在軍隊中的根基並不是很深厚，我看現在江西、浙江、江蘇，上海等地都是你的人，你控制着這麼大地方，我相信孫文也不得不重視你的意見！”
蕭震雷思索了片刻道：“算了，這事以後再說，對了，你剛纔說第九鎮改編的事情，你看這樣行不行，第九鎮改編成江蘇第三軍，你任軍長，下轄兩個師，分別由十七協和十八協分別改編而成，所缺兵員由軍政府面向社會統一招募之後優先給你補充，部隊軍官和士兵的待遇與我手下其他部隊相同，你看如何？”
徐紹楨聞言大喜，他早就知道蕭震雷有錢，手下軍隊的軍餉都是足額發放，而且訓練時武器彈藥管夠，跟着這樣的人基本不愁後勤，這纔是他主動投過來的原因。