1492年，聖殿騎士和刺客組織兄弟會的戰鬥依然在繼續。
這時候聖殿騎士已經得知，兄弟會把金蘋果交給蘇丹保管，所以他們決定採取行動來獲得這顆金蘋果。
教父中有一句話，“我準備向他提一個他不可能拒絕的條件”，聖殿騎士也準備這樣做。
爲了威脅蘇丹交出金蘋果，聖殿騎士派出士兵執行抓捕蘇丹唯一兒子的任務，而兄弟會則是知道了這件事，包括卡勒姆祖先阿奎拉在內的刺客參與了這場解決蘇丹兒子的戰鬥。
而卡勒姆通過Animus所同步的記憶，就是這一段戰鬥經歷。
在進行實驗的大廳中，葉千狐認真的看着投影儀器所展現出來的畫面，通過神經鏈接，Animus不但讓卡勒姆同步了基因記憶，同時也將這些記憶清楚地展示在現實中這些人的眼前。
真正站在這座大廳中，親眼目睹Animus的運行，這種視覺效果給人造成的震撼果然不是隔着屏幕能夠體會到的，只是這樣的一幕，已經完全值得他冒險潛入康復中心。
此時，卡勒姆已經完全與阿奎拉的記憶同步，他在這座大廳裡，在機械臂的幫助下絲毫不差的完成着基因記憶中阿奎拉曾經的舉動。
這一段記憶的最後，阿奎拉爲了救蘇丹的兒子而墜入山崖，幸運的是一根繩子拯救了他，可是他和王子卻也因此落入了聖殿騎士的手中。
在現實中，在卡勒姆模仿基因記憶中阿奎拉跳下山崖的那一剎那，索菲亞忽然命令停止同步，拉住卡勒姆，卡勒姆帶着機械臂砸到了地上。
雖然卡勒姆睜着眼睛，但是顯然他的意識已經陷入了停滯。
索菲亞走上前查看卡勒姆的情況，同時命令道：“開始恢復工作，進行系統檢查並記錄下他的狀態。”
“你做的很好，卡爾。”
只不過，卡勒姆此時卻聽不到索菲亞的聲音，在他的“目光中”，他的先祖阿奎拉正在向他走來，隨着他的走動在身後帶起一個個殘影，但很快他徹底失去了意識陷入昏迷。
“醫生，帶他回去，檢查他的身體，我要確保他沒有問題！”索菲亞命令着其他人，目光在大廳中掃視了一週，卻沒有再看到葉千狐的身影，他不知道什麼時候已經離開了這裡。
離開實驗大廳中，索菲亞甚至沒有去跟進卡勒姆的後續檢查工作，而是匆匆回到自己的辦公室。
然後，在那裡她看到了葉千狐。
葉千狐仍然穿着那身保安的黑色制服，此時正如同主人一般安然坐在索菲亞的位置，翻看着桌上這本明顯歷史悠久的古老書籍。
這裡面記載了很多關於聖殿騎士和金蘋果的秘聞，相信如果這本書籍中的內容被泄露出去，一定會引起非常大的反響。
葉千狐的左手把玩這一個金蘋果的模型，它由水晶雕刻而成，就像是一個藝術品，原本它和其材料的金蘋果模型一起擺放在電腦旁的架子上。
看到索菲亞走過來，葉千狐示意了一下手中的金蘋果模型，道：“很精緻的玩具。”
索菲亞站在那裡看了葉千狐幾秒鐘，走進屬於自己的辦公室。或許是因爲椅子被葉千狐佔據了，她直接坐在了自己的辦公桌上，低頭看了眼葉葉千狐手中的東西，說道：“在主人沒有允許的情況下，亂動別人東西的行爲並不禮貌。”
“好吧，我道歉。”葉千狐很沒誠意的說道。
葉千狐看向索菲亞粘貼在玻璃牆壁上的資料，道：“那些都是你的小白鼠？”
索菲轉頭看過去，那是幾個人附帶着照片的個人資料，索菲亞說道：“他們都是刺客，一羣謀殺者。”
“所以，你就是準備用金蘋果拯救這些謀殺者的靈魂？”
“人類的暴力來源於基因，就像是癌症一樣，是一種疾病。不過就像是癌症一樣，我們希望有一天能夠治癒他。金蘋果所蘊含的價值難以想象，它能夠幫助我們徹底拜託暴力這種疾病。”
“那麼，這位先生，你殺過人嗎？”索菲亞俯視着葉千狐問道。
葉千狐道：“葉千狐。”
“好吧，葉千狐先生，你殺過人嗎？”索菲亞繼續問道。
“殺過”，葉千狐微笑着迎上索菲亞的目光，“殺過很多人，而且以後還會繼續殺人。”
“所以說，我病了是嗎？”葉千狐繼續把玩着水晶球，道：“你準備用什麼辦法治療我們這些病人呢，比如像是你說的一樣，利用這個東西？”
索菲亞點點頭，道：“伊甸蘋果，聖經中告訴我們，他蘊含了人類第一次反抗的種子。而我們當中有些人則相信，上帝或者某個上古文明，想讓我們瞭解人類爲何具有暴力。”
可是，索菲亞看到了只是葉千狐不屑的冷笑，“看起來，你並不知道金蘋果到底是什麼。”
“索菲亞，相對於聖殿騎士這個身份，在你的身上還是科學家的角色更加明顯，而且，還有些天真。”
索菲亞的意識中，金蘋果中蘊藏着讓她完全解開人類遺傳密碼的秘密，得到了金蘋果，她就能夠找到徹底根除人類暴力的辦法。
可惜的是，她從一開始就被自己的父親艾倫·瑞金欺騙了。
在索菲亞的這個世界，上一個文明中存在着一種被稱作先驅者的生物，他們形態上有些類似於人類，但是比人類的體型更高達一些，也更聰明。
他們製造了人類，人類與他們而言不過是一種工具，就像是人類爲了方便自己製造了機器人一樣。
爲了控制人類，先驅者製造了金蘋果，它能夠剝奪人類的自由意識，讓人類真正的活成一種機器，沒有任何自由可言的機器。
有一件事索菲亞倒是說對了，金蘋果蘊含了人類第一次反抗的種子。
刺客的始祖，也就是聖經中的亞當和夏娃，他們是人類和先驅者的混血種，他們從先驅者那裡偷走了金蘋果，自此開始了人類反抗先驅者的戰爭。
戰爭的最後結果就是，先驅者最終滅絕，最多也只是留存於各種傳說中，而人類獲得了地球的控制權。
索菲亞的父親艾倫·瑞金顯然知道更多的東西，至少他清楚金蘋果的作用並不是用來幫助人類根除暴力，而是剝奪所有人的自由意志，用以實現一種殘酷的和平秩序。