變種人的出現令整個紐約市都震動了起來，到處都是變種人的新聞，所有人都將目光關注到變種人這種新奇的物種之上。好的意見和惡毒的意見到處都有，並沒有一個特別統一的說法。
在紐約大學的地下室和車庫建立了全新的x學校，查爾斯教授再次重操舊業，開始積極引導學生們正確的使用自己的特異功能，避免引起整個社會的動盪，同時又主動引導社會輿論，想要重新建立起一個對變種人較爲寬鬆的社會環境出來。
陳香根據特工附身的程序特點，設計了一款防火牆金箍，使得每一個帶着這個金箍的人都可以避免被特工附身，從而喪失自己的意識。
而且陳香還依次將這些學員們從母體世界中拯救出來，正式成爲了烏賊號的船員，短短的一個星期時間，陳香就拯救回來十二個發生變異的變種人，讓他巨大無比的烏賊號飛船顯得不那麼空蕩蕩的了，未來的三個月裡，他更是幾乎將整個烏賊號都給裝滿了。
很快，陳香就發現，新一版本的特工出現了。
這種特工顯得更加強大，戰鬥力更強，防數據突破能力也強大了許多，而且數量也增加了不少。原本整個紐約市裡只有三個特工，這一次陳香將三名特工全部幹掉之後，紐約市裡出現了至少三十個特工，而且還在不停的增加之中，恐怕至少要到三百個以上母體才肯罷休。
陳香能夠感覺到，這些特工的某些編程方式。跟他的設計理念極爲相似。陳香嘴角微微一翹，明白母體這是在模仿學習他的編程技巧，母體正在熱切的關注着他的一舉一動。並從他的舉動之中汲取改進的技巧，從而推進自己的系統進化！
好啊，趕快來學吧，我會讓你得到一個巨大的驚喜的！陳香心裡默默唸道。
當x學校聚集了上百個學生，並且母體發現這些變種人學生中正在大量的變成覺醒者，加入到錫安反抗軍之後，開始正式宣佈x學校與恐怖分子有勾結。要對其進行查抄，正式掀起了兩者之間的劇烈戰鬥。
強大的特工和強大的變種人們混戰在一起，在強大的陳香的支援之下。特工終究被打退，並以強力的電磁異能，直接將紐約大學用金屬給封閉了起來。
很快，陳香就以紐約大學爲場所。建立起了一個覺醒者的基地。正式掀開了與母體之間的對抗。雖然這與查爾斯教授的初衷並不相符合，但是他也明白這不是拘泥於自己原則的時候，也默許並支持了陳香的做法。
隨着新聞的廣泛傳播，有越來越多的普通人開始瞭解覺醒者這個恐怖組織，更有許多人不知覺的發現了自己身上的變異，開始尋找幫助，也瞭解和加入了覺醒者的組織。而這些人類，都成爲了陳香的忠實信徒。在原有的世界觀人生觀價值觀崩潰之後，他們急需要一個新的信仰作爲價值核心。擁有着強大魅力的陳香，自然承擔了這個責任，成爲了大家的神和拯救者。
在這樣的積累之下，陳香的光明聖火尊者訣的光輝也在不停的積累着，他也不停的通過附身的方式，將這些光輝散播到普通人的身上，因爲他發現，可以通過這種光輝的沾染，促進普通人的覺醒，使他們儘快的成爲變種人，並加入到自己的隊伍中來。
到了後來，十幾艘船的幾百名船員都來到了紐約大學，整個紐約大學都成爲了錫安人在母體中的堡壘，開始了正式和母體對峙的步伐。
緊接着，母體又調集了軍隊前來圍剿，坦克和飛機都已經全部雲集在了紐約大學的四周，因爲城市裡高樓大廈太多，人口太多而無法徹底展開，並且也不敢以絕對的火力將整個紐約大學夷爲平地，因爲他們還需要陳香他們一夥人的創造力。不過母體還是每次以泰山壓頂的態勢前來進攻，一副不將他們趕盡殺絕便不罷休的態勢，實際上也是爲了刺激陳香等人加快創新的步伐。
好在變種人的強大實力抵抗住了母體軍隊的傾軋，堅強的挺立在紐約之中，不曾屈服。
又是一天的激戰，傍晚時分終於暫時停火了一段時間。陳香漫步在紐約大學的校園裡，自然的清風撫弄着他的衣角，綠色的蔬菜和糧食在他的腳下快速的生長，鮮花快速的在他身邊盛開授粉並結出累累果實，雖然只是初夏時節，校園裡的水果卻已經熟透了，到處掛的琳琅滿目，由基地裡的人們隨意取食。
不錯，經過兩個月的時間，陳香已經通過假面和岱宗夫如何的環境建模，將整個紐約大學內部的所有規則全部破解乾淨了，就連操縱風和植物動物生長的程序也全都掌握在了自己的手上，自然法則已經掌握的七七八八了。可以說，這裡已經是陳香的私人王國，是他的私人領域，他可以說就是這裡的神祇，掌控着一切的程序和規則。
在這個過程中，陳香胸中的自然法則也和紐約大學中掌管自然內容的程序融爲一體，藉由這些程序的運行，陳香對自然法則的掌握也更加深刻了。
在自然法則的催動下，原本僅僅是花坪林帶的裝飾性綠地，卻能夠三天一熟的供應起整個紐約大學上千人的飲食，令所有人都能夠吃上新鮮的瓜果蔬菜，就連牛羊都能夠管夠，更令那些覺醒者和變種人們對他頂禮膜拜，將他視爲神一樣的存在。
在這種節節勝利的情況下，經過陳香拯救和訓練，大量的覺醒者被送回了錫安，他們已經成爲了陳香的忠實信徒，帶着陳香的傳奇故事回到了錫安的人羣之中，將對陳香的崇拜感情再次在人羣之中傳播了開來。
沒過多久，墨菲斯帶着尼奧等人也回到了母體之中。雖然尼奧本人並不怎麼覺得陳香是在搶他的風頭，但是墨菲斯和崔妮娣他們覺得尼奧也需要承擔起救世主的責任，不能讓別人搶去了他的責任，從而避免被人篡改了人類的未來。
他們積極的爲尼奧四處奔走着，幫他鞏固着自己的信徒，並努力的訓練他，令尼奧的能力越來越強，更成爲了另外一個小隊的核心，在紐約大學之外的地方活動着，給母體造成其他的煩惱。
在尼奧他們再一次見先知的時候，宿命繼續上演，尼奧他們再一次被爲數衆多的特工給圍住，尼奧在掩護墨菲斯離開的時候，終於被殺死，而他的救世主命格終於覺醒了，而關於他的命運，則正常運行了下去。
陳香聽到這個消息之後，只是微微一笑，盤腿坐在紐約大學的一棵橡樹下，認真的感受了一下他在尼奧身上的印記，接着便放任尼奧去做他的事情，自己則進一步的感受和掌握着身體裡的自然法則。
尼奧，是逃不出他的手掌心的。
一棵金色的桃花樹默默的在他的身後浮現起來，散發出令人目醉神迷的光芒，緩慢的生長和散發着，靜靜的爲陳香演化自然法則。
變種人的強大已經開始令母體感到憂慮了，他決定派出烏賊大軍將那些飛船，尤其是烏賊號飛船趕回錫安去，好讓他們斷開同母體之間的聯繫，從而將紐約大學抽成空殼，任由母體將紐約大學整個推平掉，以避免他們獲得能夠傷害母體的能力。
當母體擁有足夠的掌控整個局勢的把握的時候，他纔會再度放任陳香出來，繼續他們創造力和榨取創造力之間的小遊戲的。
在母體的操縱之下，數十萬的烏賊大軍快速集結起來，帶上了三個巨大的機械鑽頭並向錫安的方向趕去，很快這一行動便被錫安的飛船所監控到，並報送回了錫安總部。
這兩個月來，在艾瑞克教授的努力下，錫安又生產出了十六艘飛船，現在錫安方面的飛船數量，已經達到了三十三艘，人形裝甲也達到了五百臺，整體的軍力已經算的上是空前的強大了。
但是在面臨這數十萬的烏賊大軍的時候，三十三艘飛船和五百臺裝甲只是杯水車薪，他們卻也只是待宰的羔羊而已，根本沒有直接面對面抵抗的能力。
這一次這些烏賊的進攻目標也根本沒有直接針對這些飛船，而是向錫安的方向飛去，還帶着三個巨大的鑽頭，想要一舉將整個錫安摧毀掉。
陳香一眼便看出來，這其實就是母體一個圍魏救趙的計策。它想要讓所有的飛船都離開通訊層，使得母體中的覺醒者們都離開這裡，要攻擊飛船們必須拯救的地方，這樣一來他們就必須離開機器城市附近，從而斷開鏈接，撤出母體中的那些覺醒者們，這樣一來，紐約大學就會成爲空城，從而就可以更加方便的加以剷除了。
母體真是打的一手好算盤啊，只可惜它遇到了自己。陳香微微的笑了笑。
在第一時間裡偵查到這個情況之後，所有的船長都在紐約大學的學術禮堂裡開會。陳香毫無疑問的坐在最上首，查爾斯教授沒有坐在桌子上，而是坐在了他的斜後方，表示出對陳香的支持態度。