在忍界生離死別已成常態，大蛇丸襲擊木葉所帶來的的影響很快被人們拋之腦後了，畢竟不管怎麼說生活還要繼續，沒有多餘的時間來悲春傷秋的。
五代火影的就任可以說是一個非常重要的了，三代也是爲綱手弄了一個盛大的接任儀式，也是爲了提振木葉的士氣。
人們對於綱手接任火影也是非常贊成的，初代火影的孫女，三代火影的弟子，名震忍界的三忍之一，忍界最強醫療忍者等等，這一系列的頭銜讓綱手接任火影實至名歸。
更何況這還是木葉第一次由女性來接任火影，總會給人一種不一樣的感覺，而且對木葉來說這將是一個新的開始。
綱手一接任火影，就着手對木葉開始進行大改革，限制了村中顧問的權利，提拔了一些想奈良鹿久等一些中青年，讓管理層年輕化，將小隊中配備醫療忍者再度提上日程，爲了最大程度上的減少任務傷亡，配備醫療忍者是必須的。
不過這將是一個漫長的過程，不可能會一蹴而就，醫療忍者對於查克拉的掌控是極爲嚴格的，想要讓每個小隊都配備上醫療忍者是幾乎不可能的，綱手開始考慮將醫療忍術和封印卷軸相結合的方式，這也需要不短的時間去探索。
而在這過程中，也是發生了讓人意想不到的事情，宇智波佐助叛逃了！
這件事讓所有人都非常意外，包括羅根，他都沒想到佐助會在這個時候叛逃，比起原作被鼬折騰個半死相比，今生鼬只有在暗處觀察過佐助，並沒有露面和佐助有交集。
按羅根的猜想，佐助雖然會離開木葉，但是也會是在鳴人快速成長的壓力下，以及看不到未來希望的情況下，會離開木葉，而不是現在這麼突然就離開了。
羅根推測，肯定這期間發生過連他都不知道的事情，所以纔會導致佐助在這個時候離開了木葉，雖然有些意外，但是羅根並沒有理會，因爲佐助離開是必然的，否則未來的佐助可能就不會出現了，這可不是什麼好事。
和原作一樣，木葉現在人手緊張，派不出上忍去追蹤，還是安排了中忍選拔考試中唯一升爲中忍的鹿丸帶隊，還是原班的人馬，還是以失敗告終。
而和原作不同的是，大蛇丸並沒有急於用佐助的身體，在他看來還遠不到成熟的時候，現在的佐助太稚嫩了，寫輪眼也纔開啓到三勾玉狀態，根本不是理想的狀態。
在經過羅根的刺激之後，大蛇丸將目光放在了萬花筒寫輪眼上，普通的寫輪眼他已經看不上了，尤其是在見識過羅根的輪迴眼的威力之後，大蛇丸對於輪迴眼更加覬覦了。
雙手被封印的大蛇丸無法使用忍術，他就將重心放在了研究上，還正是因爲他的全身心投入，對於木遁和寫輪眼之間的關係真被他發現了更多的秘密。
同樣對於基因的研究也更進一步了，這比起原作來說要快了不少，當然大蛇丸也沒放棄研究怎麼解封雙手，也被他發現了一些蛛絲馬跡，想要解封雙手其實很簡單，只要找到對應的面具，召喚出死神，劃開死神的肚子就可以了，但是現在的大蛇丸可不知道這一點。
由於君麻呂被羅根給提前弄走了，所以音忍五人衆的領頭人物從君麻呂變成了其他人，是個羅根從未聽說過的人，實力也是非常不錯，應該是大蛇丸給自己預備的素材。
大蛇丸也沒想到這一次佐助竟然會選擇離開木葉，他的計劃是潛移默化的影響佐助，誰知佐助跳過了整個過程，直接選擇投入大蛇丸麾下了。
這讓大蛇丸喜出望外，他的計劃可以加快腳步了，所以對於佐助也做出了一系列的安排，增強佐助的實力，成了大蛇丸的主要任務。
而鳴人經過這一次的變故，開始發生了改變，作爲從小孤身一人的鳴人，他理解不了佐助的痛苦，作爲對手摯友的他們從小一起長大，經歷了很多，鳴人將佐助當成了自己最好的兄弟，所以除了佐助的父母之外，最難過的就是鳴人了。
對於佐助的叛逃，宇智波富裕和宇智波美琴並不意外，因爲羅根早就和他們說過了，而且也和他們保證過佐助雖然會經受一些波折，但是不會有任何的危險，可作爲母親的美琴來說，還是接受不了兩個兒子的選擇。
終日以淚洗面的美琴不願意面對現實，最終懇求羅根將她封印，等兩個兒子都回來之後，再將她解封，羅根答應了她，利用時間能力將美琴封印了。
富嶽沒有阻止，他明白自己妻子的痛苦，不過富嶽沒有選擇被封印，因爲他要看着自己的兩個兒子到底會成長到何種地步，他不願意錯過。
而在這個時候，羅根突然想到一件事情，在博人傳中，大筒木浦式會在差不多這個時候穿越時間來到木葉抓捕鳴人，但是因爲羅根的意外出現，未來發生了很大的改變，羅根也不敢確定大筒木浦式會不會出現了。
同時羅根也不希望大筒木浦式現在出現，因爲即便是浦式現在出現了，羅根還真沒有能力去奪取大筒木浦式的眼睛，輪迴眼的進化還沒有結束，羅根的實力根本無法發揮，浦式出現的話，羅根最多隻能殺了浦式，剝奪的能力此刻根本無法動用。
羅根只能祈禱浦式最好是在他眼睛進化完畢之後再來，那樣羅根的計劃就完全實現了，爲了防止浦式的出現，羅根安排了多個木遁分身監測時空，但凡有一點異常，羅根都能夠及時發現。
但是到鳴人和自來也離開木葉，大筒木浦式以及未來的佐助和博人都沒有出現，羅根在鬆了一口氣的時候，也有些失望。
羅根籌謀着雖然不能奪取浦式的眼睛，但是可以在殺了他之後將他封印，等剝奪的能力可以使用之後再進行剝奪，雖然這樣會導致能量流失，眼睛進化不完全，但是隻要有桃氏和金氏在，流逝的能量到時候都可以補回來，更重要的是讓羅根有了很多的底氣和實力面對未來的殼組織。