經過討論和規劃，兩大族羣終於簽訂了協議，一起創立了木葉忍者村，隸屬於火之國。千手一族和宇智波一族聯手形成的忍族聯合體系受到了世人的高度評價，各國的忍者族羣紛紛效仿這種一國一村的模式，組建了各自的忍者組織。隨着忍村的建立，戰爭也逐漸平息，忍界一度恢復了和平，斑和柱間終於完成了曾經的夢想。
木葉忍者村建立後，千手柱間因受到廣泛的支持，而擔任了木葉忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝着美好的方向發展着。
然而，宇智波斑在南賀神社密室裡，用永恆萬花筒寫輪眼的瞳力解讀出宇智波石碑上六道仙人留下的話，其內容令斑爲之震驚，也爲日後發生的一切埋下了伏筆……
長久的戰爭，使宇智波族人對戰爭產生了厭惡，對力量產生了畏懼，因理念的不同，崇尚力量的斑並沒有被木葉的人所認同，甚至不被自己守護的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑與千手柱間的隔膜開始日益加深。
斑預測千手柱間死後，其弟千手扉間定會繼承火影大位，而宇智波一族也遲早會面臨滅亡的下場。雖然千手柱間對宇智波斑百般挽留，決定讓宇智波斑做第二代火影，但是斑看出，除了柱間，沒有人能和他坦誠相待。斑堅持離開木葉，尋找自己想要的“真正的和平”，後來斑人間蒸發，沒有人再聽到過他的消息。
但是，突然有一天，斑回來了，並且向木葉發動攻擊，爲了保護村子，千手柱間毅然出戰。斑利用寫輪眼的強大瞳力操縱着尾獸中實力最強的九尾與千手柱間決鬥，而千手柱間則以仙人模式下的木遁忍術與之應戰。
這場驚天動地的戰鬥後來被刻印在世人的記憶中，夜以繼日的戰鬥改變了戰場的地形。最後柱間終於將斑擊敗，並殺死曾經的朋友，暫時守護了木葉的和平，這個大峽谷在後來都被世人稱爲終結之谷。
終結之戰後，宇智波斑並不是世人所想的那樣死去，而是存活了下來。他在死前將瞳術“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由於萬花筒寫輪眼的特性，這一瞳術在經過了若干時間之後自動啓動，改寫了斑被柱間所殺的現實，斑藉此獲得了重生。
在之前的戰鬥中，斑從柱間身上咬下了一塊肉，在復活後他將肉吐了出來，並移植於傷口處，從而順利獲得了柱間的細胞。但是在移植了柱間細胞後，起初一直不曾有什麼反應，連斑自己也慢慢感到疑惑（石碑上記載着“互斥二力，相與爲一，孕得森羅萬象”，斑對此深信不疑）。時間流逝，直到斑陽壽將盡之時才意外地開啓了輪迴眼。
與此同時，某個封印也因此解開，斑從封印石——月亮上通靈出十尾的軀殼，稱作外道魔像。當然，開啓輪迴眼後的斑也親眼目睹了宇智波一族的石碑記錄的最後內容（實際上已被黑絕所篡改）。於是，一場針對整個世界的陰謀就這樣拉開了帷幕。
斑利用外道魔像爲觸媒培養柱間細胞，併產生出上一次無限月讀開啓時產生的白絕。從那時起，斑便利用白絕在外收集情報，瞭解忍者世界的變更。
這時候的斑年事已高，衰老虛弱而無法行動，只能依靠外道魔像輸送查克拉勉強維持生命。爲了實現自己的計劃，斑將輪迴眼移植於仙人之體後裔的年幼長門身上，希望能有朝一日能以輪迴天生之術將自己復活。然後斑一邊苟延殘喘，維持着生命，一邊等待着時機。
第三次忍界大戰期間，神無毗橋之戰結束後，宇智波斑救下瀕死狀態的宇智波帶土，以柱間細胞爲其做了個新的身體。斑認爲帶土這種人是可以助自己完成計劃的完美棋子，於是他利用在忍者心臟上的咒印符操縱霧忍，策劃野原琳之死事件，並藉此讓宇智波帶土徹底墮入黑暗的深淵。
最終，帶土落入了自己的圈套，認同了斑的思想。於是，斑傳授帶土一些如陰陽遁、宇智波禁術和六道之術等技能，並囑咐帶土拉攏長門，然後在集齊九隻尾獸後復活自己，展開“月之眼計劃”。把一切都交給宇智波帶土後，宇智波斑將自己的部分意志注入一隻白絕的右邊身體，創造了黑絕，以其作爲帶土的助手（實際是監視）。
在完成了這些事情之後，斑自己掙脫了連接外道魔像的管道，將“宇智波斑”這個名號託付給帶土，隨後因身體機能衰竭而死。
長門的目光愈加深沉，斑之所以走到整個世界的對立面，泉奈的死，就是一個關鍵的轉折點。
如今他依然想要發動無限月讀的話，宇智波泉奈難道也只能像芸芸衆生一樣，被神樹的藤蔓包裹成人繭，意識活在幻境當中，現實中的身體被製造成白絕麼？
長門認爲這不太可能，但是隻要無限月讀的光芒照耀下來，除了開啓九勾玉輪迴寫輪眼的宇智波斑之外，其餘人是無法抵擋的，起碼斑自己是篤信這一點的，他知道完全體須佐能乎可以抵擋無限月讀的光芒，但他同樣知道，泉奈直到死亡，都沒有開啓完全體須佐能乎，但就算開啓了又能怎麼樣？沒有人可以始終維持完全體須佐的籠罩，眼睛根本承受不了，所以他會不會爲了宇智波泉奈而放棄無限月讀的計劃，改爲另外的計劃？
這就是一個很大的變數，長門自己暫時摸不透。
如今，這個戰場上的終極大BOSS宇智波斑因爲某種長門沒有猜透的原因而離去，一同離去的還有宇智波的全族人員。
而戰爭對立面的領袖藥師兜已經消失多時了，他召喚出的穢土轉生大軍也被長門控制的三道佩恩滅了個乾淨，所以說這場戰爭已經結束了，算是以六大隱村的暫時勝利而告終。
至於沒有露面的音忍四人衆，要去哪兒隨便吧！憑他們幾個的實力，是翻不起什麼浪花的，頂多再次受到藥師兜的召喚，找到藥師兜，幾個人去醞釀着另外的陰謀罷了。