魔都市人民醫院，一名醫生在手術檯前忙碌着，他叫郭遠，是這個醫院的主治醫生。27歲碩士畢業的他，有紮實的醫學基礎，來了這個醫院5年，也算混的不錯。
郭遠6歲時父母離異各自重組家庭，他一直跟爺爺生活，在他18歲時爺爺因爲心臟病去世，郭遠自此決定成爲一名救死扶傷的醫生。爲了這個目標郭遠一直努力着，唯一的樂趣就是在閒暇之餘看看動漫。郭遠最喜歡的動漫就是《火影忍者》。
好不容易偷得浮生半日閒，郭遠剛做完一臺手術，準備看會《火影忍者》就接到主任的電話，說是一羣富家公子飆車，數車相撞，主任讓他趕緊來手術室搶救。
官大一級壓死人，而且醫者仁心，總不能見死不救吧，就這樣郭遠連忙趕到手術室，連續工作了7個小時，直到第二天凌晨5點。
“唉！好累啊！真不想幹了！”悄悄抱怨幾句後，郭遠回到自己的辦公室，趴在桌子上倒頭就睡。恍惚間郭遠感覺自己周圍的一切都變了。郭遠的眼前出現了一個巨大的光球，光球上浮現出一排字體:
穿越者:郭遠。
穿越世界:《火影忍者》
危險係數:★★★★☆
危險係數達到三星以上穿越者擁有一次抽獎機會，請使用。
郭遠看着眼前的一切，睡意全無，大腦一片空白，“這應該是做夢吧？”郭遠用力掐了他的大腿一下，大腿上的刺痛告訴他這一切都是真的。
“危險係數達到三星以上穿越者有一次抽獎機會請使用。”光球的聲音打斷了郭遠的思緒。
“那個你是什麼東西？是系統嗎？我爲什麼會穿越啊？抽獎能抽到什麼？”看着眼前的光球郭遠問道。
“我是“萬界傳送門”是連通十二萬九千個平行世界的門戶。並不是你說的系統，因爲你的腦電波頻率和我達成了共鳴，而且你對自己的生活並不滿意，符合穿越條件！抽獎包羅萬象，應有盡有，十二萬九千平行世界的所有東西都有可能抽到，那麼請開始抽獎吧！”
聽完光球的解釋郭遠哭笑不得，他這算是中大獎了？好在他是孤身一人，父不疼母不愛，女朋友還不知道在哪個丈母孃肚子裡。想到這郭遠覺得去火影世界也不錯，“我該怎麼抽獎？”
光球金光一閃，變成了一個大轉盤，轉盤上有三個區域各佔三分之一，分別是:科技類，元素類，生活技能類。“請撥動轉盤！”郭遠按照指示輕輕的撥動轉盤。轉盤最終停在了元素類的區域。
隨後又是一道金光，轉盤被分成了數十個區域，郭遠仔細一看，原來所謂的元素類是各種自然元素的親合，或者是能讓人直接掌控這種元素的神奇物品。郭遠用力的撥動轉盤，然後閉上眼睛等待轉盤的停止，大約2分鐘以後，轉盤停了下來。“穿越者獲得冰元素親合。抽獎完畢，穿越開始。”
光球的話音剛落，郭遠的眼前一黑，然後失去了意識。
不知過了多久，郭遠的意識才慢慢恢復，慢慢睜開眼睛，周圍一片漆黑，不遠處有一點亮光，郭遠本能的朝着亮光靠攏，在一陣掙扎之後郭遠出生了。
在郭遠的配合下，女人很快就生下了他。女人的目光注視着郭遠，這種滿含關懷的眼神，溫暖了郭遠孤獨心，原來這就是母愛。
不說母子倆的互動，郭遠一出生沒有哭可是嚇壞了接生的護士，這孩子明明很健康爲什麼不哭呢？難道是啞巴？旁邊的醫生對着護士點了點頭，護士朝着郭遠的屁股用力一擰，郭遠吃痛準備罵兩句，可是他一張嘴發出的聲音確是響亮的哭聲，周圍的醫護人員鬆了口氣，女人聽見自己孩子嘹亮的哭聲微微一笑，心滿意足的睡着了。。
火影世界不知道是不是查克拉的原因剛出生的孩子都要比地球上健壯的多。出生僅僅2天郭遠的母親就抱着他回了家。
火影世界的語言基本就是前世的日語，郭遠很慶幸他前世學過日語，沒了語言障礙郭遠能更容易的瞭解火影世界。幾天以後郭遠得知他的母親叫山中菁子，是山中一族族長的堂妹，經常抱着他的這個男人就是山中一族的族長也就是他的舅舅，叫山中秋人。而此時山中亥一還是一個小屁孩。而他的名字也被他舅舅確定下來，叫山中遠。（以後就叫山中遠了。）
不知不覺山中遠出生已經一個月了，一個月裡通過周圍人的談話山中遠知道了現在是木葉三十三年，三代火影猿飛日斬正直壯年，如日中天。在三代火影的帶領下第二次忍界大戰木葉以一敵四，絲毫不落下風。
此時的木葉外有自來也，綱手，大蛇丸三個三代火影的得力弟子，更有木葉白牙旗木朔茂，宇智波鏡，豬鹿蝶爲首的家族忍者，內有三代火影，日向一族安定木葉人心。所以不同於其他村子，木葉內部依舊是一片祥和安寧。
而他的舅舅山中秋人，是第十四代豬鹿蝶，豬鹿蝶自木葉成立以來就是火影一系的堅定支持者，從戰國時期開始三族一直都是聯手製敵，共同進退。爲了維持三族特別的羈絆，三族的祖先共同定下規矩，三族在猿飛一族見證下，上一代的豬鹿蝶將耳環交給下一代的族人。而下一代的豬鹿蝶對耳環起誓，彼此親如兄弟，這是三族代代相傳的規矩。
豬鹿蝶三人一組的行動模式大大提升了戰鬥力和生存率，二代火影建立的忍者學校畢業以後要求組成三人小組，有很大一部分原因是借鑑了豬鹿蝶。
這樣互爲犄角的三族，單單一族不是宇智波或者日向的對手，但三族共同進退，木葉任何一個家族都不敢輕視，而且豬鹿蝶一族都有特殊的秘術，互相配合互相掩護戰鬥力也不容小覷。
因爲山中遠的出生，山中秋人放下前線的任務專門回到家裡，可見對這個外甥有多喜愛。但是讓山中遠奇怪的是，以山中秋人對他的重視滿月時居然僅僅在豬鹿蝶家族內部慶賀，村子裡雖然知道山中遠的存在，但是也並沒有人來道賀，而且從出生開始山中遠就沒有見過他的父親。想到這些山中遠明白了，他的身世應該也不簡單，山中秋人這麼做應該是爲了掩飾什麼。