第3新東京市。
遭遇N2地雷正面爆炸的水天使（作者菌習慣這麼稱呼）經過個把小時的沉默，已經完全自愈了傷勢，再次恢復了行動。
從登陸以來，水天使的行進路線並非一條直線，而是沿着某個方向不斷尋找，不過如今它終於確定了目標。
那是第3新東京市的核心地帶，與之前展開戰鬥的郊區不同，這裡高樓林立，建築密集，與人口稀疏的郊區不可同日而語。
還好這畢竟是末日之後重建的新都市，十五年前的那場衝擊直接導致了全球一半人類的死亡，如今重新新建立起來的要塞都市別的方面還好說，對於避難建築的投入是絕不吝嗇的。
更何況這裡還是第3新東京，絕對算是這個世界的核心地帶了。
因爲就在這片大地下方的那個巨大地底空間的最深處，存在着那些名爲使徒的生物絕對不會放棄的最終目標。
第3新東京市，這是由NERV所在地的日本提出執行的《第3新東京市遷都計劃》下的產物。其地理位置在相模灣邊，神奈川、靜岡兩縣交界附近的箱根山上。鄰近不遠處有新小田原港，離海岸線不遠。不過畢竟是建立在山嶺之上，所以都市附近都還是一派山林景色。
不過，所謂遷都計劃，其實只是個幌子。它真正的目的是要建立一個專門用以對付使徒的決戰場。因此第3新東京市在設計之初，即被塑造爲一個要塞都市，其主要建築物在必要時都可以降至地下，市民避難設施也特別齊全。而且，在戰鬥狀況發生時，還會從地下冒出戰鬥支援用僞裝建築物對EVA機器提供支援。在它的地表建築之下，有個直徑六公里左右的巨大地下空間，NERV總部就設立於此處。
地下都市，這裡纔是第3新東京市的真正核心，是一個直徑6公里、高0.9公里的半球狀巨大空洞，也是NERV總部之所在地。這本來是一個球形的地下空間，但因沙土堆積而掩埋了大部分，只剩下上部的空間。NERV總部的多數設施都建在這些沙土之上，也有部分埋於下面。其中使徒的目標可能就位於球形的底部。
若是說第3新東京市是個要塞都市的話，那麼這裡就是要塞的內部了。相對於地面上多半用於軍事用途的建築物，這裡則是一般市民的主要收容所。
爲了防範使徒的直接攻擊，這裡和地面之間有着多達22層的裝甲板。在一些合適的天氣裡，地下都市通過地上的圓形集光建築用光纖將自然光送到地下。
而如今，水天使已經發現了地下空間的存在，並且正在試圖突破地面之下隱藏的層層裝甲真正進入此處。
轟然震爆之聲充斥整個地下空間，那是使徒展開全力攻擊的強力手段，從兩個眼洞中發射的光炮威力驚人，雖然沒有核彈或者N2炸彈那麼大的影響範圍，但是威力更爲凝聚，非常適用於攻堅戰。
水天使的第一炮打在了城市地表區域的外圍，炸開的十字高能衝擊掃平了大片地表城區的樓羣，卻並沒有真正波及要害，僅僅只是引起了地下都市的震動。
第二炮卻已經轟擊到了地下都市的表層裝甲，不過未能找準方位，只是引發了邊角區域的大火。
敵人已經近在咫尺！
碇真嗣雖然差點被父親的逼迫和無情給整到崩潰，但是當那個躺在病牀上的悽婉身影出現在眼前，一種不可名狀的感覺從少年的心底瀰漫開來。
那是一個十三四歲的清秀女孩，一頭透着晶瑩淺藍色澤的白髮，蒼白的肌膚襯托着晶紅色的眼瞳，彷彿不是人間的生物，而是來源於未知之處的夢幻精靈。
但是滿身的傷勢將她打落塵埃，右手打着厚厚的夾板繃帶似乎已經骨折，左手和左眼也同樣繃帶纏繞，在那一身奇異的緊身衣之下，隱隱透露着更多繃帶包紮的痕跡，或許還有更多的傷勢不能顯露全貌。
少年被眼前的一幕震撼，這就是即將代替自己駕駛人形兵器參戰的另一個人選嗎？
那只是一個受了重傷的少女而已啊！
碇真嗣當然不知道，實際上少女已經與那個巨大的恐怖生物戰鬥過一次，身上的傷勢和血紅山崗上的白堊就是當時留下的痕跡。
也正是在這時候，使徒的第三次炮擊襲來，這一回它已經找準了位置，擊打在城市的核心位置，奇異的光炮瞬間洞穿了穹頂上的二十幾層裝甲，炮火餘波涌入地下空間，綻放出一個巨大的光芒十字架。
幾座倒吊在穹頂上的金屬大樓被炸碎了一部分結構，在重力的作用下緩緩墜落，正正砸在地下空間底部的那個金字塔之上，而從那裡下延伸正是NEVR的本部所在，再繼續深入下去，也就到了整個地下空間的真正核心區域。
即是所謂的最終教條區。
猶如八級地震般的劇烈震盪讓忍受着傷痛正要起身的少女連牀翻倒在地，劇烈的疼痛讓這個清冷到不似人類的少女終於痛呼出生，躺在那裡再也無力動彈。
而急忙上前幫忙的碇真嗣僅僅只是扶起了少女，手上就已經沾染了猩紅的血跡。
面對這種情況，你讓他還能怎麼辦？
於是整個地下基地開始真正運作了起來，浸泡着EVA的奇特液體猶如泄洪一般排出，層層拘束裝置解開，少年在很多大人的指導下坐進了一個圓筒狀的插入栓，然後從後頸處植入EVA的體內。
橘紅色的lcl溶液開始灌注駕駛艙，神經元開始鏈接，視野開啓，一切準備就緒。
然後就是一路通行區域的開放，動力強勁的電磁彈射器將這個足有八十米身高的巨人迅速帶到通道底部，最終猛然發射！
地面最後一層甲板開啓，紫色的巨人彈出地表，正出現在水天使面前數百米處。
話說，這戰略到底怎麼安排的，讓一個根本沒有哪怕一秒鐘駕駛經驗的新手就這麼出現在使徒面前？
確定這不是送菜？
當然不是，因爲決定這一切的碇源堂深深知道，初號機絕不是會被輕易幹掉的存在。