時間一晃而過，很快就到了木葉54年。北辰昊天帶着葉倉，卯月夕顏，雛田三人在忍界各處遊蕩，專門朝着人跡罕至的地方而去。
這一年小雛田已經六歲了，跟北辰昊天三人也徹底混熟，在三人面前性格活潑了許多。六歲的小雛田在北辰昊天的要求下，沒有蓄原著中的短髮，而是留着一頭烏黑亮麗的長髮，顯得比原著中還要可愛漂亮。
北辰昊天，自來也，綱手三人在忍界神龍見首不見尾，木葉的人根本無法掌握蹤跡。
木葉內部，宇智波一族和村裡的矛盾日益激化。宇智波不滿木葉對他們的鉗制，提防，木葉不滿意宇智波一族的囂張狂傲，不滿足。雙方衝突已經從口水仗變成了真刀真槍，雖然牽扯的人很少，但這個苗頭卻讓火影等高層心憂不已。
宇智波一族裡，宇智波止水和宇智波鼬對這樣的情況心急如焚，絞盡腦汁的想着各種辦法想要避免這樣的情況發生。
宇智波止水和宇智波鼬先打算勸慰一下宇智波的族人和木葉高層。顯而易見，宇智波止水雖然實力高深，但太年輕，又沒有用武力的想法根本就改變不了族人的想法。
宇智波鼬這邊對火影等高層的說辭也沒有打消高層的疑慮。三代火影還有些心動，可惜團藏，轉寢小春，水戶門炎根本一點都不信。三代火影爲了保險起見，也不好用火影的身份壓人。
在兩人想辦法的時候，雙方的衝突也逐漸加劇。被逼得沒有辦法的宇智波止水，打算用自己萬花筒寫輪眼的能力改變高層的想法。
這個時候團藏卻派人請宇智波止水過去。
還是沒有逃過原著的情節。宇智波止水太過於相信木葉高層的節操，更何況團藏幾乎就沒有節操！
宇智波止水有些天真了。爲了改變木葉高層的想法，延緩木葉與宇智波的衝突，將自己萬花筒寫輪眼能力透露了出去。
這還了得？面對如此恐怖的萬花筒能力，宇智波止水又如此年輕，潛力巨大。萬一對木葉有異心，恐怕又是一個宇智波斑。早在止水顯示出自己萬花筒寫輪眼的時候，團藏等顧問就動了殺心。他們對宇智波的不信任是日積月累起來的，根深蒂固。
對於團藏的做法，三代火影也是知情的，但卻沒有阻止，默認了。他已經老了，實力退化得很嚴重，若宇智波止水心思變化，那麼對木葉將是一場災難。木葉的三位頂樑柱可都在外面。
於是，宇智波止水就悲劇了，被團藏暗算，失去了右眼，同時面對幾十個根部精英的追殺。
宇智波止水不虧爲天才，天賦之高，可以說已經超過了宇智波鼬。面對幾十名根部精英，其中半數上忍的追殺，身受重傷的他也能逃出生天，並且反殺大半。單眼也能開啓須佐能乎，驚才豔豔！
最後爲了延緩雙方矛盾的徹底爆發；爲了避免爭奪自己眼睛而引起戰爭；爲了讓鼬開啓萬花筒寫輪眼，繼承自己的遺志。宇智波止水將自己的左眼交給鼬，果斷跳崖自殺！
目睹自己至交好友的自殺，宇智波鼬完成了人生中最重要的一次蛻變。黑色的瞳孔變成猩紅之色，三輪漆黑如墨勾玉瞬間化作三角大風車，飛速的旋轉起來，邪魅，詭異，強大！
宇智波止水的死給羣情激憤，囂張狂傲的宇智波族人潑一大盆冷水。失去一位強者的宇智波一族開始收斂囂張的氣焰，叛變的苗頭被暫時壓了下去，木葉陷入了一種詭異的平靜之中。
北辰昊天對於後面木葉將要發生的事情稍有了解，但卻沒有任何去管的想法。達到自己夢想中境界纔是當務之急，其餘事情都排在後面。
隨着時間的推移，北辰昊天對於自然萬物的感悟愈加深刻，前世大劍豪的感悟萬物呼吸的經驗，見聞色霸氣，霸王色霸氣都給了北辰昊天很大的幫助。北辰昊天有預感突破時間就在後面兩三年，因此北辰昊天根本不想分心。
除了偶爾和葉倉，夕顏，雛田他們聚在一起，指點之下三人的修煉外，北辰昊天整個人都沉浸在自然界的一切之中。高山，流水，花草樹木，蟲魚鳥獸，沙漠戈壁，大海天空等等。有時候北辰昊天在一塊普通的石頭面前，都會沉浸一兩週！
修煉無歲月，轉眼間就到了木葉56年。北辰昊天這方生活沒什麼好提的，值得一提的是，北辰昊天四人途徑雨之國，想要去見下小南。可惜，北辰昊天並沒有如願，也不知道是小南故意躲着他，還是錯過了。
反正是木葉這一方，經過了接近兩年的平靜之後，村中的氣氛又激烈緊張起來。經過兩年的壓抑，宇智波一族與村中的矛盾更加尖銳。
兩年前的事情，已經讓木葉高層對宇智波一族徹底不信任，明裡暗裡的打壓不斷，搞得宇智波的族人非常惱火，激憤。宇智波一族徹底在木葉被邊緣化，接觸不了木葉的核心，平民，忍者，高層對宇智波一族愈加看不順眼。
這個時候宇智波帶土已經被斑洗腦了。宇智波斑將自己對宇智波一族的無奈和絕望灌輸給了帶土。在兩人眼裡宇智波一族的人都是鼠目寸光之輩，體會不到自己的良苦用心和崇高的理想。認同了斑月之眼計劃的帶土決定同樣採取極端暴力的手段來獲得和平。
就在此時，宇智波帶土也瞧瞧潛入暗流涌動的木葉，準備插上一手，滅掉他們視爲阻礙的宇智波一族。
宇智波鼬非常瞭解宇智波的人。在他眼裡，宇智波族人在他看來不是囂張狂妄，喜好爭權奪利的人，就是不思進取得過且過的人，根本瞧不見隱藏在暗處的危機。這些人都是和平的阻礙！
在宇智波帶土現身之後，宇智波鼬爲了避免木葉內戰，被其他忍村有機可乘，也爲了和平，答應了與宇智波帶土連手，滅掉宇智波一族。條件自然也和原著一樣，讓佐助活下去。
當然，宇智波鼬也不是完全信任帶土。對於這個突然出現的人，還有隱藏在暗處的組織，他上報了木葉高層，接受了臥底的任務。
在木葉高層的推動下，在宇智波鼬和宇智波帶土的聯手下，一場黑夜中的屠殺開始了。
一個是宇智波的族人，宇智波的人對鼬的警惕性很小，被本族主義禁錮的宇智波族人根本想不到宇智波鼬會對他們出手。再加上宇智波開啓了萬花筒寫輪眼，已經有影級的實力，他下手沒有人能躲過去。
另外一個是宇智波帶土，同樣開啓了萬花筒，身上有初代的查克拉，能使用木遁，再加上神出鬼沒的神威，整個宇智波一族被暗殺得幾乎沒有反抗之力。若是正面戰鬥，兩人是很難全滅宇智波一族的所有人，但暗殺，偷襲就不一樣了。
再加上後面團藏派出根部的精英忍者也參與了進來，進行暗殺，明戰，猝不及防的宇智波族人大量的倒下。宇智波駐地外也派遣了大批暗部，根部的忍者包圍，確保不會留下除佐助以外的漏網之魚。
因此，當佐助放學歸來之時，整個宇智波一族的駐地寂靜無聲，鮮血遍地，死屍無數。家中宇智波富嶽和宇智波美琴的屍體也躺在地板之上。
原著中宇智波佐助腦海中時常出現在腦海之中的一幕就此發生了。
一夜之間，宇智波一族幾乎只留下一根獨苗.第二天，宇智波一族覆滅的消息傳遍了木葉村，成爲了所有人茶餘飯後的談資。當然，真相木葉普通人，普通忍者是不會知曉的，他們只知曉官方給出的理由。
宇智波鼬也成爲了叛忍，離開了木葉，加入了曉組織。
團藏如願的得到了許多寫輪眼，開始改造自身，身上纏滿了繃帶，開始沉寂起來。
三代坐在火影之位上，依舊如往常一樣處理事物。
沒過多久，風聲就逐漸沉寂了下去，村中很少人提起這個家族，只有偶爾才被提起，人們會唏噓感慨一番。
宇智波佐助花費了很長的時間才擺脫了夜夜噩夢，住在了孤寂清冷的宇智波駐地中。
沒有人知道宇智波佐助是怎麼挺過來的！因此，原著裡，佐助做出的事北辰昊天都不覺得過分。一個小孩能在陰影中活下來已經很不易了！