生寸不易，各位海涵。
我會盡快碼出正文，將其改回！
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冷戰期間，爲了在洲際導彈所書寫的“對等毀滅”恐怖法則下擁有另一種能夠高效消滅敵人有生力量的大規模殺傷武器，美國國防部高級計劃署（DARPA）聯合陸軍部，於1962年6月9日秘密成立了“第一生物戰部隊”，代號“黑色守望”（Blackwatch），總部位於馬里蘭州的翠克堡。在進行DX-1118 A生物戰劑的製造過程中，研究人員意外發現了一些擁有特殊基因的活體實驗對象會產生身體機能和形態的突變，高層認爲這是一種能夠製造強力士兵的途徑，從而對此展開了針對性研究。
他們以“驗證在覈戰爭條件下設立自給自足型倖存者定居點”爲由，在愛達荷州的Hope Town展開了代號爲“黑光”（Blacklight）的針對性研究，許多軍人家庭在“愛國”大旗的感召下被騙往這個死亡集中營。1969年，有意泄露的病毒找到了完美的寄生對象，只有懷有身孕的19歲女性伊麗莎白（Elizabeth Greene）存活下來，而整個小鎮的居民則因爲病毒感染而變異。在“圓滿”完成任務目標後，黑色守望部隊以一場核爆消滅了所有殭屍，以及在當地醫院的最後一部分還未感染的居民。他們將小鎮夷爲平地，銷燬了所有的罪惡證據，只帶走了伊麗莎白和她未出生的兒子，作爲日後生化研究的寶貴財富。
在觀看軍方在Hope Town的“Operation Altruistic”行動後，就連鐵石心腸的軍方高層人員也對這次慘劇帶來的駭人畫面產生了極端恐懼。他們立刻下令停止在國內進行生物武器的開發，以免在大城市發生類似的“事故”。同時也對黑色守望部隊的定位作出了改變：不再負責生物武器的開發，而變爲偵察封鎖和預防美國本土發生不明病毒爆發。然後利慾薰心的五角大樓又不甘心紅光病毒永遠被封存在地下冷凍庫中，因此，在科學家Raymond McMullen於1976年成立了Gentek後，黑色守望又找到了新的合作對象。既是病毒的研究者，也是病毒的保護者。正是因爲這個原因，在後來發生的“曼哈頓浩劫”中黑色守望不惜要毀滅紐約也要控制病毒漫延的原因。
Gentek基因公司的創建者，McMullen因爲感覺自己的合作對象，美國軍方似乎一直在向自己隱藏關鍵信息，所以他以中止合作作爲威脅，換取了所有的機密資料，以及整個實驗的核心研究對象－－－幾十年來一直處於冰凍狀態的伊麗莎白。於是，“紅光”病毒的進化穩定版本，“黑光病毒”得以出現並進行更完善的研究。然後即使在Gentek內部，也只有極少數高層人物瞭解這一項目的真實目的。基層科學家們只知道自己所研究的是一種能夠促進身體組織和器官快速癒合的新藥，用於治療那些嚴重影響人類生命健康的不治之症，卻不知道自己的研究成果已被另一個秘密團隊（D-Code）小組拿走，還製造了161名沒有自主意識的基因超級士兵。
在研發過程中，項目小組的首席科學家Alex博士對於實驗過程中造成的大量動物死亡，以及高達14種人造病毒株的事實產生了疑惑。出於公衆安全和社會責任考慮，他攜帶了一個病毒植株作爲證物，準備將Gentek和軍方的罪惡計劃向世人公佈，然而因爲同事的告密，亞歷克斯在賓州車站與趕來攔截的黑色守望士兵發生衝突並被逼入絕境。走投無路的亞歷克斯摔碎了罐體，導致整個曼哈頓島被感染，自己也被高濃度的黑光病毒所吞噬。不過幸運的是，黑光病毒無法通過水和空氣傳播，因此哈德遜河阻隔了病毒向紐約市中心的擴散。
同時，在Gentek實驗室，本應該已經中槍死亡的Alex卻慢慢甦醒過來。這時的“他”
遊戲雜誌EGM虐殺原型2封面
遊戲雜誌EGM虐殺原型2封面
已經不是人類，而是作爲“黑光”第一個感染的人類的人格化的宿主，也就是原型體（Prototype）。因爲人類的Alex已死，所以此時的原型體空有Alex的人格，外貌，卻喪失了原來的全部記憶。蜂擁而來的黑色守望士兵讓Alex瞭解到自己是人人慾誅的重要目標，同時也發現了自己擁有常人不可能擁有的“超能力”。所以他更想知道“我是什麼”而不是“我是誰”。
在利用自己的能力吸收了數名“BW”高級官員的記憶之後，原型體Alex也瞭解到自己不是人的事實已經這一切慘劇的內幕。真相大白讓Alex陷入了短暫的迷失，然後他並沒有將接下來的時間用來思考人生，而是着手開始了“救贖”式的行動。一個神秘線人通過公用電話向Alex提供了關鍵情報－－－軍方的重裝備和火力已經迫使變異怪物無法在地表立足－但是它們轉入紐約複雜的地鐵和下水道系統之後，反而使人類的清剿部隊陷入了游擊戰的泥潭之中。如果Alex可以把軍方最新研製的“血毒”（BLOODTOX）解毒劑帶入地下，就能把怪物們逼出地表，從而達到殲滅目的。Alex不僅成功履行了這一任務，還擊殺了怪物們的首腦Elizabeth。在將Elizabeth吸收後，Alex獲知黑色守望打算髮射核彈，摧毀整個紐約。在經過和超級獵手的最終決戰後，Alex消滅了黑色守望的野心家們，駕駛着直升機把核彈投入了大西洋，自己也因爲核爆粉身碎骨，其中有一片殘骸飛入曼哈頓島，被一隻烏鴉啄食。誰知病毒卻吞噬了烏鴉，Alex二度復活。
生化暴亂平息後，Alex離開了紐約，開始環遊世界，並且瞭解人類。在
《虐殺原型2》實際畫面
《虐殺原型2》實際畫面（16張）
旅途的過程中他看透了人類的醜惡，對人類徹底喪失了信心。他在二代中組建自己的進化體大軍，大肆向外界擴散病毒，其實是給人類提出了一種能夠徹底保護他們的“終極方案”－－－如果人類全部感染病毒成爲進化者後，就可以消滅等級和階級，做到人人平等，不再有疾病困擾，也不再有紛爭和利益所導致的衝突。儘管聽上去十分牽強，但這確實是官方的“Alex變成大魔頭”的原因。【1】