第一軍之司令長官由近衛師團長曹文耀升任，所留師團長一職由伍福銘接任。
整編命令下達後，第一軍所屬皇軍官兵達到了36000餘人，而當面之幕府日軍約在80000人左右。
日軍攻擊奈良不順，傷亡數千，明國軍隊又在大阪登陸，其戰法新穎，排槍犀利，日軍傳統戰法難以克敵，不得不收縮兵力後撤京都一線，從而迫使明國軍隊後勤補給線拉長，尋找戰機以求殲滅有可能孤軍深入的明國軍隊一部。
幕府所封大小強藩206除薩摩島津，肥前有馬等二十餘“逆藩”外，其餘各藩都已接到幕府的調兵令。
這些大小藩國強者能出兵數千不等，弱者只數百甚至數十。對比皇明，大體便如魏公公所言縣長樹旗、鎮長吹號、村長來戰。
京都及江戶附近的近藩，也就是德川家族的家屬藩國都已起兵，他們的封地因爲就在近畿附近，所以行動迅速，能夠調動三萬左右藩軍助戰。
當年隨德川家康征戰四方忠心家臣受封的藩國也絕大多數響應幕府號召，但是因爲薩摩、肥前等“逆藩”斷絕了南北交通，一時之間無法向京都集結。
而更多的藩國則是在戰爭中投降幕府的那些大名，這些人本就無法取得幕府信任，封地一般也在邊遠地區，所以這些藩國幾乎都沒有支援幕府的意思。其境內“失敗主義”論調佔了上流。
即便最終選擇出兵支援幕府，他們也要面臨境內倒幕軍和“逆藩”的阻撓，根本無法幫助幕府對抗明國軍隊。
德川秀忠對此也是深刻認知，所以在發出調兵令後並沒有嚴厲催促那些遠藩。
這個時候，遠藩們能夠不公開反對徵夷大將軍，就是秀忠最大的勝利了。
奈良之戰的不順利並沒有告知京都的朝廷，哪怕那個年輕的天皇是自己執意要嫁女的女婿，秀忠也依舊無意向後水尾透露半點戰爭動向。
近藩的陸續增援堅定了秀忠在京都決戰的信心，但在定下後撤計劃之後，秀忠卻死抱着將軍不可輕易撤退的臉面，以及幻想能夠多抵擋明國軍隊數天，爲各地增援勤幕的藩軍爭取時間，故遲遲不肯下令總後撤。
甚至在26日，秀忠還親自指揮旗本，也就是將軍的近衛武士軍團對奈良之明軍發起了一次萬人規模的攻勢，在付出一百多衛近衛武士的生命之後，秀忠不得不下令收兵。
29日，秀忠終於下令全線撤退。
然而，秀忠的死要面子耽擱了撤退時間，致使前線本應立即後撤的日軍各部發生了大亂，部分日軍收到撤退消息過遲，爲避免被明軍合圍，一些日軍將領下令部下自行組織撤退。
最終撤退時，因沒有講明各部隊撤退順序，八萬多幕府中央軍將士擠在通往京都的兩條道路上，不但撤退變得擁堵，還遭受明國軍隊的強烈打擊，苦不堪言。
大撤退很快就變成了大潰逃。
駐防在奈良東面和束町一線的近衛師團步兵第五聯隊在沒有師團命令的前提下，果斷抓住戰機尾隨追擊撤退之日軍，向京都孤軍深入。
在聯隊長丁孝恭的指揮帶領下，第五步兵聯隊用了兩天時間就攻佔了奈良和京都的重要通道、日本平安時代貴族的別墅地宇治。爲了取暖，第五步兵聯隊拆毀了宇治名勝平等院及上神社。
隨後，第五步兵聯隊以神速向京都方向挺進，在最前線的第二大隊有兩名年輕的軍官發起了競爭，約定誰斬殺的倭寇最多，誰就是兄長。
其中一人是百戶崔元吉，另一個是百戶有麻。
崔元吉是原皇明金州衛軍出身，有麻是原侵朝日軍第二軍鐵槍足輕出身。
競爭過程中，崔元吉首先斬殺了36名撤退日軍，有麻稍次，只斬殺了25人。
在京都東南方向的木開吉馬，二人暫時分開，各自隨部隊做大移動。第二天，崔元吉聽說有麻在一無名村莊包圍了一股倭寇，率先衝入斬殺了6名倭兵。不甘示弱的崔元吉立即帶領部下搜索附近村莊，斬殺掉隊倭兵18人。
最終，第五步兵聯隊在距離京都只有幾十裡的上醍醐陵停止了前進腳步，而這個時候崔元吉和有麻各自斬殺了78名倭兵和62名倭兵。
有麻爽快認輸，但又提出了一個新的競爭：“那麼，這一次是我輸了，但是，即將到來的京都之戰，我與兄長約定，誰先入京都誰的戰利品繳獲就歸對方！”
“我這個百戶當了兩年多了，一直升不上去，這一次能不能當上千戶，全看京都之戰了！”
崔元吉哈哈一笑接下了新的競爭賭約。
日軍方面，因爲混亂的大潰逃竟然造成了傷亡數千，約萬人部隊下落不明的奇恥。
甚至，因勇武過人，被織田信長稱作“花實兼備之將”，被豐臣秀吉稱作“日本第一、古今獨步之勇士”，世稱“三河飛將”、“鬼之平八”、“日本之張飛”、“戰國第一猛將”的本多忠勝之子本多忠政也在撤退時不知下落。
另一位大將、家康時代“四大天王”之一的井伊直政之子井伊直勝更是被明國軍隊生擒。
井伊直勝被生擒完全是一次意外，其部日軍在撤退時遭到皇軍近衛師團第六步兵聯隊的追擊，雙方在不動川展開了激烈的廝殺。
井伊直勝率領的是一支幕府精銳，不僅有旗本一千餘，還有御家人四千餘，裝備大量鐵槍鐵炮，給皇軍第六步兵聯隊造成了很大傷亡。
但在聯隊長李炎昭奮不顧身的指揮攻擊下，第六步兵聯隊還是突破了井伊直勝部。激戰中，井伊直勝被皇軍的大杆子銃擊中。混亂中，部下們拼死想救回井伊，但最終未能如願。
井伊直勝是被一個叫皮麻子的蒙古籍皇軍士兵擒住的，戰後皮麻子因功晉了總旗。
第五步兵聯隊的擅自追擊引發了連鎖反應，近衛師團以致整個第一軍都被第五步兵聯隊的行動牽動，隨後全線越過奈良向京都挺進。
京都告急、關中告急，日本告急！