東方玉和設計師這邊的事情暫且不論，趁着東方玉進入了設計師所在的源頭，正在和設計師談話的時候，也是國家機器的力量和母體之間相互對立糾纏住了的時候，尼奧等人已經成功的衝到了墨菲斯被關押的地方了，開始想辦法智取，將墨菲斯救出來。
這個時候，母體的注意力，幾乎都被東方玉和國家機器的力量所吸引了，所以對尼奧等人來說，這絕對是救下墨菲斯千載難逢的機會。
不過，那個留下來的特工史密斯，顯然也不是善茬，亦或者說他也存在着其他的秘密，所以相對於別的電腦特工，他在墨菲斯身上花的心思更多。
雖然尼奧等人已經是儘量的想辦法智取了，不過，他們的計劃卻還是被史密斯所識破了，到了最後，依舊是演變成了電腦特工和尼奧等人之間的戰鬥。
黑客帝國的位面，人類和機器人之間的戰鬥，最根本的原因還在於一點，那就是擁有了追求和欲·望的人工智能，便相當於完整的靈魂了，所以，這個位面的人類和機器人才會出現戰爭，而史密斯，同樣如此。
不同於其他的電腦特工，史密斯的追求就是自由，他早已厭倦了在母體的作用下四處奔命的生活了，同樣的，這矩陣的虛擬世界，在史密斯看來簡直就像是一座監獄，所以史密斯也有自己的小心思，那就是獲得錫安的密碼，然後脫離母體的掌控，甚至離開矩陣這個虛擬的是世界。
言歸正傳，當史密斯識破了尼奧等人的計謀之後，試問將墨菲斯腦海中錫安的密碼視作自己通往自由的鑰匙的史密斯，又如何會輕易的讓他們逃離呢？
所以，一場大戰是在所難免了。
雖然史密斯只有獨自一人，但是電腦特工的程式，不管是在力量還是敏捷，甚至是很多的方面都是凌駕於人類之上的，甚至是以史密斯的速度，連子彈都能夠躲開，試問這些人又如何會是他的對手？
尼奧等人救下了墨菲斯，正準備暗中逃跑，但是史密斯反應過來，已經追上了他們了，拳腳之間的戰鬥，沒人是史密斯的對手，崔妮蒂，艾帕克，甚至是尼奧都敗在史密斯的手中了……
“哦。墨菲斯先生，你們不能就這樣離開，我的夢想還沒有實現呢”，一舉將尼奧他們全部都打敗了之後，史密斯特工臉上掛着笑意。
抓着墨菲斯胸口的衣襟，旋即史密斯的臉色一變，目露兇光，惡狠狠的模樣，道：“好了，墨菲斯先生，不要再浪費我的時間了，我的耐心已經快要被你消磨趕緊了，說吧，告訴我吧，進入錫安的密碼究竟是什麼？”。
“不能說，墨菲斯，不能告訴他……”，被史密斯擊倒了，艾帕克躺在地上，嘴裡吐着鮮血，一邊開口說道。
已經服下了史密斯逼供所用的藥物很久了，那是能夠入侵腦海的藥物，艾帕克還真怕墨菲斯支撐不住，要知道，錫安的密碼那可關係着千千萬萬最後的倖存者的生命呢。
“哦，不不不，艾帕克先生，我們兩個人說話的時候，希望你可別插嘴”，對於艾帕克插嘴的話語，史密斯自然是很不滿意了，聞言搖搖頭的說道。
說話間史密斯的槍口指向了艾帕克，在尼奧等人的驚叫聲中開槍了，子彈直接射到了艾帕克的身上，讓他住嘴了。
“好吧，墨菲斯先生，我真的已經沒有耐心了，快告訴我錫安的密碼，快，不然，我要當着你的面，將他們一個個全都殺死”，一直以來看起來都謙遜有禮模樣的史密斯，這一刻就像是終於厭倦了僞裝似的，撕下了自己虛僞的面具，惡狠狠的一把揪住了墨菲斯的頭髮，開口說道。
槍口又指向了同樣躺在地上動彈不得的崔妮蒂。
被史密斯狠狠的揪住了頭髮，墨菲斯的眼神一片茫然，嘴脣幾度張開，都想要開口說話，儘管墨菲斯的心智早已堅硬如鐵了，可是在那藥物之下堅持了這麼久，墨菲斯也早就達到了極限了，看他的模樣，也已經完全支撐不了多久了。
“不能說，墨菲斯，不能告訴他……”，尼奧的心下也在大聲的吶喊着，只是同樣受了傷，胸口的肋骨都被打斷了兩根，尼奧就算是想要站起來反抗，都已經是心有餘而力不足了。
崔妮蒂看着指向自己的槍口，黑黝黝的槍口讓她覺得恐懼，但是想到錫安那麼多的民衆，崔妮蒂的神色又變得決然了。
“好吧，看來這些同伴在墨菲斯先生你的眼中也不是那麼重要啊”，看着墨菲斯依舊是沒有開口的意思，史密斯的目光中帶着森冷之色，沒有絲毫憐憫和遲疑的樣子，毫不客氣的對着崔妮蒂就是一槍下去。
銳利的子彈直接射入了崔妮蒂的胸腹之中，讓崔妮蒂都忍不住慘叫出聲。
“不要！”，開槍的同時，尼奧開口大叫道，可是單憑言語如何能夠阻攔史密斯呢？胸口的肋骨都斷了幾根，也只能嘴裡叫喊幾句罷了，想要讓他打敗史密斯那是完全不可能的了。
只是看着崔妮蒂中槍，身上氣息越來越微弱的樣子，尼奧心頭的憤怒變得前所未有的強烈，當初發現尼奧，甚至把他帶到墨菲斯面前的人正是崔妮蒂，在尼奧的心中，崔妮蒂是完全不同於其他船員的一個夥伴，眼看着崔妮蒂中槍，就快要死了，尼奧心頭的怒火前所未有的強烈。
“看來安德烈先生還是挺有精神的樣子嘛”，史密斯特工的眼神掃了一眼大叫着甚至怒氣衝衝的盯着自己的尼奧，淡淡的開口說道，安德烈正是尼奧的姓氏。
只是現在史密斯的目標是墨菲斯，所以只是淡淡的掃了尼奧一眼罷了，史密斯的視線又放在墨菲斯的身上，同時尚且冒着輕煙的槍口在這一刻又指向了尼奧。
“現在，目標是安德烈先生了，不知道你肯不肯告訴我錫安的密碼呢？是數三聲，希望你不要再讓我失望了”。
史密斯特工的臉上，充滿了自信的模樣，到了尼奧身上，史密斯不相信墨菲斯還能堅持得住，畢竟墨菲斯認定了尼奧是救世主的這件事情，他很清楚，而且當日之所以能夠成功的抓住墨菲斯，同樣也是墨菲斯拼了命的用自己保護了尼奧。
“一”。
史密斯淡淡的開口說道，果然，隨着史密斯開始數數，墨菲斯儘管已經兩眼翻白了，可還是有了反應，嘴巴張開，似乎想要說什麼的樣子，只是身子都在顫抖着，卻沒有把話說出口來。
史密斯特工看着墨菲斯的模樣，臉上自信的神色越發的濃郁了，只是看着墨菲斯依舊沒有開口的樣子，心下微微一沉，接着開口喊了一聲。
“二”。
隨着第二聲出口，墨菲斯的反應更加強烈了，嘴裡也有些字節吐出來了，只是含糊不清罷了。
看墨菲斯的模樣似乎抽羊癲瘋似的，仔細的耐着性子聽了片刻，還是沒聽清楚什麼東西，這個時候的墨菲斯已經到了崩潰的邊緣了。
史密斯特工等了等，依舊是沒聽到自己想要的東西，神色一冷，眼中也帶着森冷的寒光，道：“既然如此的話，那就別怪我心狠手辣了”。
“三”。
隨着第三聲出口，史密斯特工的手指扣住了手槍上的扳機，肉眼可見，扳機慢慢的被他扣下來。
“我……我說…我告訴你……”，就在這千鈞一髮，尼奧就要被槍殺的時候，終於，墨菲斯開口了。
“好吧，墨菲斯先生，如果你早說的話，你這些同伴也就不會受這麼多苦了是吧？說吧，現在就告訴我”，聽得墨菲斯的話，史密斯特工心下暗自鬆了一口氣，回過頭來對墨菲斯說道。
槍自然是沒有開的，但是槍口卻依舊是指着尼奧。
“進…進入錫安的密碼……就……就是……”，墨菲斯整個人，似乎已經陷入了無意識的狀態了，嘴裡斷斷續續的說道。
“不…不能說……不行……”，尼奧瞪大了眼睛，看着墨菲斯的模樣，心中又感覺到無比的愧疚。
墨菲斯是因爲自己才被抓的，現在，又要因爲自己把錫安的密碼都說出來嗎？自己如何對得起墨菲斯對自己的信任？
“救世主？我算什麼救世主啊，我就是個拖後腿的”，想到墨菲斯一直以來對自己的信任，尼奧的心下不由得自嘲。
自己想要出手，很想打敗史密斯，可是，自己連肋骨都斷掉了，就連站起來都辦不到，如何能打敗這電腦特工呢？
“尼奧，你要記得，並不是因爲你是救世主，所以才能做得到奇蹟，而是因爲你能做得到別人做不到的奇蹟，所以你纔是救世主”。
“你要嘗試着想象，其實這一枚勺子並不存在”。
然而，就在此刻，尼奧的腦海中突然想起了東方玉對自己說的話，也想起了當日自己去見先知的時候，那個能用意念的力量把勺子弄彎的孩子對自己說的話。
“勺子並不存在？那同樣的，我的身體也並不存在，只是一組程序罷了，肋骨斷不斷有什麼關係……”，想到這些，尼奧的心下喃喃暗道。