阿虛又失憶了。
牧瀨紅莉棲心中或許有點非常微妙的欣喜，阿虛徹底忘記了那個叫“春日”的傢伙，失去了跟sos團有關的一切記憶。
真正失憶的人，往往不知道自己失去了記憶。
可是阿虛雖然失去了來這個世界之前的記憶，可是他卻依然記得他們的“nerv”以及“次元之門”的事情。本來不深究的話，也沒什麼，可是阿虛記得，他們所有的成員都是被共同的目標召集而來。
那他的目標是什麼？
他成立nerv是爲的什麼？
他穿越次元，想要尋找的又是什麼？
如此一想，立刻就發現了記憶中的空白，就如同生命的旅途中失去了目標，阿虛徹底迷失在了人生的道路上。
牧瀨紅莉棲爲阿虛找來了他記錄的筆記，有些是他所熟悉的內容，可是有些卻陌生無比。因爲之前就已經失憶，對其中的東西記錄的也並不完善。阿虛看着這麼一份內容，他能感受到筆記中的那份執着——十多年來絲毫不曾動搖過的目標。
然而此刻他卻無法理解了，因。m他忘記了，他不知道“涼宮春日”是誰，不知道“有希”是誰，他完全不知道自己爲什麼要如此拼命的要去找她們。
他的動力跟之前相比，大大下滑，畢竟如今“春日”這兩個字，對他來說，只是瞭解他過去的一個符號而已，他根本無法體會自己的執念與那時的感情。
或許，就這樣在這個世界生活下去也挺不錯？
在實驗又失敗了幾次之後，阿虛心中竟然滋生出了懈怠的想法。所幸這幾次實驗，都是對某些理論的模擬，並沒有進行人體實驗，大家倒沒什麼損傷。
然而那份執念並沒有完全消失，或者說。它已經化作了烙印在阿虛靈魂中的一種本能。阿虛知道自己忘記了重要的事情，可是又不知道這重要的事情是什麼，他有時候會產生懈怠的想法，可是與此同時，他的內心卻同樣會產生一種很奇怪的感覺。
這種感覺無法形容，非常難受，有時候讓他都睡不着覺，他的內心被這種極端複雜的感覺困擾着，他不知道究竟要找什麼，可是內心總有一個聲音在瘋狂地告訴他“一定要找到！”。他被這個聲音折磨的要發瘋一樣。
在阿虛甦醒之後，牧瀨紅莉棲的狀態也越來越不對勁。
如果阿虛回去了，就不再是自己的阿虛了吧，他還有那個念念不忘的“春日”，春日一定是他非常喜歡的人吧？能讓阿虛念念不忘，春日一定是非常漂亮，並且非常又才華，非常厲害的人吧？
自己能比得上她嗎？
要不……把阿虛留下來？
這樣的想法也困擾着牧瀨紅莉棲，懷着這樣的心態。她放下了自己的研究，“次元之門”項目的進度也因此大受影響。
她覺得自己是一個很噁心，很無恥的人。
然而，她實在不想將阿虛送給別人。從阿虛將她撿回來的那天起，她的生命中就永遠留下了一個無法消失的身影。
阿虛追着春日，她追着阿虛。
可是，阿虛失眠的夜裡。她偷偷地看着阿虛窗前看着星空的背影，她的心，也在難過。
用這樣卑劣的手段將阿虛留下來。阿虛會高興嗎？
牧瀨紅莉棲如此反問自己，她想，如果一個她不喜歡的人用同樣的方式將自己留在他的身旁，她肯定會討厭那個人。所以，她覺得阿虛也會討厭自己。
牧瀨紅莉棲內心充滿了惶恐，縱使擁有一個天才的頭腦，但是在感情上依然是一個雛。她唯一能請教的就是周圍的同伴。
古河早苗教給她相互理解與包容，霧島翔子教給她不求回報的愛，水瀨秋子交給她默默的支持，椎名真由理教給她認同……
汲取百家之所長，經過了詳細的論證與分析，牧瀨紅莉棲最終得到了一個答案：她要給阿虛生個孩子。
不知道她究竟是如何將其他人教給她那些理解成這種東西，總而言之，牧瀨紅莉棲已經下定了決心了。
具體的手段，她是從霧島翔子那裡求教而來。她選擇在自己生日的那一天——她將她跟阿虛命運的邂逅（被撿走）的那一天當做自己的生日，給阿虛下了點藥，然後把自己灌醉，往阿虛牀上一送，一切就水到渠成了。
很疼，但是有種得償所願的充實感。
“哎，只有你失去了記憶的時候，你纔會用這樣的眼神看着我。”
牧瀨紅莉棲撒嬌似的咬着阿虛，心中有股酸澀，同時也有點滿足——至少在那一刻，阿虛是屬於她的。
……
“次元之門”的項目終究沒能趕上，阿虛失敗沒多久，神尾雅子就去世了。
在她去世之前，橘敬介曾經掙扎着，甚至不惜暴露，想借用scp的任務機會，將神尾雅子送到她可以生存的世界。
“沒用的，你不是說了嗎，即使送走了，也會被抓回來的啊。”神尾雅子臉色宛若迴光返照似的，蒼白許久的臉上重新浮現出了紅潤。即使到了生命的最後，她依然是那副能夠治癒人心的善良的笑容。
“但是可以活下來！”橘敬介掙扎道。
神尾雅子動了動手指，想擡起來，撫摸橘敬介的臉龐，卻發現如今來年這樣細微的動作都做不到了。她虛弱地說道：“被抓走，我就見不到你了……我不怕死，我怕孤獨……敬介，請這樣抱着我好嗎？這是我最後的任性……你的懷裡真暖和啊，就好像翼人的羽翼一樣暖和，真讓人不捨……敬介，晴子和觀鈴，就拜託你了……好想好想做個普通人，跟你普普通通的生活下去啊……”
神尾雅子去世之後，橘敬介消失了一個禮拜，等再出現的時候，整個人都彷彿失去了靈魂一樣，變成了一具行屍走。
他將觀鈴託付給了晴子，將他們送去了雅子的故鄉小鎮。
晴子恨橘敬介，她認爲是橘敬介害死了姐姐。
橘敬介也再沒去看過一次晴子和觀鈴。
如果在觀鈴身體崩潰之前，還未成功，那觀鈴也是死，投入的感情太多，只是徒增傷感。於是他將自己全部的精力投入到了協助“次元之門”的開發中，只要能夠成功，那至少觀鈴能夠活下來——這是他唯一能爲雅子和觀鈴所做的事情了。
不過從那之後，觀鈴的周圍就多了一隻如影隨形的烏鴉。。