在大海的深處，全是水的海底，羽戊良如同鹹魚一般躺在那裡，不時暢遊在水中，偶爾去吞噬一些濃度很高的放射性物質。
與羽戊良的悠閒舒適相比，人類就顯得緊張又焦慮。
第三新東京市破壞嚴重，重建工作相當艱鉅，而且必須趕進度，畢竟誰也不知道下一個使徒什麼時候到來。
如今24層裝甲板被破開，NERV總部門戶洞開，不盡早修復的話，下次使徒直接從那裡下來輕鬆加愉快。
人類逐漸感到壓力，原本對自己的武器極爲自信，相信可以消滅使徒，卻發現那都只是笑話而已。
接着又把希望寄託在NERV以及EVA身上，一開始寄予厚望的EVA，因爲羽戊良這隻哥斯拉的亂入，一切又被打亂了，除了第五使徒被零號機偷偷開槍射殺，其他使徒全部是被羽戊良擊敗的。
而羽戊良還毫不客氣地吞噬了使徒的身體以及核心，完成了各種各樣的進化。
深知自身太過渺小的人類自然有了緊迫感。
所幸NERV方面有應對措施，目前在碇源堂的親自監督下，一個用來對付羽戊良的項目正在悄然進行。
在此期間，人類這邊似乎一切都不是很順利。
“你說什麼？消滅了？”
正在浴室中洗澡的葛城美里接到緊急電話，震驚地直接從浴缸裡站了起來。
“EVA四號機和第二支部都被消滅了？”
發生這樣的大事，NERV總部立刻召開了緊急會議，使徒分析出究竟是什麼原因造成的。
但因爲第二支部已經徹底被摧毀，沒有相關的影像資料，所以暫時無法得出具體結論。
不過由於EVA四號機是爲開發次時代機型提供數據的實驗機體，所以高層認爲無論發生什麼都不足爲奇，於是沒有太將這件事重視。
接下來，就是美國支部強烈要求將EVA三號機送往R國NERV總部，具體原因不清楚。
EVA三號機作爲最新機型，能力自然不容忽視，SEELE也是鼓勵碇源堂將其最爲未來的戰鬥主力。
這其中也是引起了一番爭執，碇源堂生性謹慎，不願意嘗試沒有經過測試的EVA三號機，而SEELE則是勸碇源堂放棄作爲實驗機的零號機。
當然最後以碇源堂服從SEELE的意志結束了這次秘密會議。
面對SEELE施加的壓力，碇源堂保持着一貫的思考姿勢，沉聲道：“必須儘快讓初號機覺醒才行。”
與此同時，作爲EVA駕駛員的三人，各自的境遇也是有所不同。
衆所周知的綾波麗，身爲容器性質的人造人，接受着她應有的命運，被BT碇源堂這傢伙疼愛着。
原先可能是主角，現在因爲羽戊良出現而失去了頭上發光光環的碇真嗣，在學校的樓頂上遇到了神秘的空降美少女，確確實實是跳傘下來的。
這名美少女就是真希波，第四名EVA駕駛員，她跳傘下來自然不是爲了恰雞，似乎另有目的。
明日香肯定也發生了一些事情。
由於NERV總部需要接收EVA三號機，因爲“梵蒂岡條約”，所以必須要封印一臺EVA，於是選擇了明日香的二號機。
這就導致了明日香的不爽，對此非常不滿。
同樣的，作爲補償，明日香成爲了EVA三號機的試驗駕駛員，首先確定三號機的技能以及安全穩定性等等。
“那就是Dummy System（傀儡系統）啊？”
站在遠處機架上，看着給初號機以及新到三號機（原劇場版只有初號機）安裝新駕駛艙的葛城美里，自語道。
“雖然名義上只是用來輔助駕駛的，不過它不僅能單獨操作機體，甚至在無人駕駛的狀態下也能產生A.T.力場。”
“比起讓小孩子來操縱，確實要人道多了！”葛城美里旁邊的跟班回道。
葛城美里微微眯起眼睛，看着碇源堂的背影，若有所思，她不認爲這個傀儡系統單單是爲了輔助駕駛，恐怕還有更深層次的東西。
“嗯？那是什麼？我記得之前並沒有這個裝置。”
突然，葛城美里發現了新的駕駛艙有新的變化，之前樣機中並沒有見到，就是駕駛艙屁股後面，多了一個漆黑色的箱子，上面寫了一個大寫的“G”字母，不知道那是用來幹嘛的。
“這個，我也不知道，不過最近碇司令一直在親自負責一項計劃，或許與那個有關？”
跟班搖了搖頭，想起碇源堂這段時間的表現，推測道。
葛城美里只能嘆了口氣，只能祈禱這東西對初號機，甚至是碇真嗣不要造成不良的影響，畢竟碇真嗣可是碇源堂的親兒子，虎毒不食子，這個道理在後者身上應該成立吧？
三號機試驗當天。
明日香與葛城美里通了電話，也算是一直傾訴，至少不會讓自己的內心太過壓抑。
坐在駕駛艙中的明日香嘴角露出淺淺的笑容，自嘲道：“這樣啊，原來我也是會笑的……”
“塌噶！”
突然一聲異響傳來，明日香好奇地看向前面，驚恐地發現一團詭異的猩紅在駕駛艙前端逐漸擴散變大。
不一會兒功夫，在明日香尚未反應過來的情況下，整個駕駛艙失去了原本的樣貌，沒有座艙，沒有操縱桿，彷彿整個人沉浸在紅色的海洋中。
“呃，啊？這，這是什麼？”
“呵呵呵！”
“哈哈！”
“呵呵哈哈！”
“唔呵哼哼哼！”
明日香聽到了許許多多奇怪的笑聲在耳邊響起，緊接着她背後（鬥氣化翼）出現了一對翅膀，推着她不斷前進，也就是深入污染區中。
在明日香驚恐無比的眼神中，卻無能爲力，這時候她心中閃過的，會是那個人嗎？
“叮！”
三號機沉寂的雙眼猛然亮了起來，身體也開始躁動。
“插入栓深度超過100！”
“精神污染濃度也進入危險區域！”
“怎麼回事？爲什麼突然間出現這樣的情況？”
聽到系統發出的警報，整個試驗指揮室亮起了紅燈，葛城美里眉頭緊皺，詢問到底發生了什麼事。
“駕駛員超過安全深度！”
“快停住，這樣下去的話，駕駛員會失去人形的！”赤木律子沒料到情況突然，急聲道。
“試驗終止，快切斷迴路！”
葛城美里立刻下令道。
……