羽柴秀吉看着這個前來傳報消息的織田家使番，看完書信後還是有些不太相信，明智光秀會謀反簡直就像是天方夜譚。
他的幕府內，羽柴秀長，石田三成，大谷吉繼等人都在，他們看完書信後，表情各異。
沉默一會後，羽柴秀吉才說道：“諸位，如今主公大人被明智光秀這個叛臣殺死了，我是不是應該聯合柴田大人一起，擊敗明智光秀？”
羽柴秀長出言道：“主公大人，臣有一問，明智光秀謀反時離將軍殿下很近，爲何沒有將軍殿下的動靜？”
羽柴秀吉眉頭一皺，心裡有些發慌道：“難道是武田將軍也參與了其中嗎？”
山內一豐連忙道：“主公大人，真要是如此的話，那我軍連後路都被斷了，現在丹波有赤井直正，播磨姬路城還在尼子家手中……”
大谷吉繼打斷了山內一豐的話語：“山內大人，武田將軍是否參與不過是猜測，當不得數，要是武田將軍已經參與了的話，現在就應該有大軍來攻打我們了。
主公大人，我軍已經攻破高鬆城，不如就此與毛利家和談，現在就帶領大軍轉進，在最短時間內擊敗明智光秀，如此，才能在織田家家中得到最高的話語權。
明智光秀必定是謀反，只要將軍殿下沒有明目張膽支持明智光秀，那麼他手下的足輕們一定會認清事實，可見，明智光秀大軍士氣不高，主公大人，請速做決斷。”
大谷吉繼的話，讓在座的人都受到了啓發，隨後經過一番商談，羽柴秀吉決定與毛利家和談，然後回京畿處理明智光秀的事情。
當時舉旗造反的明智光秀於當天寫了一封機密文件，派人送至毛利軍，要毛利軍千萬不能投降，畢竟對於武田正信，他不是很信任。
不料密使不知道高鬆城已陷於水攻，西下抵達高鬆城時根本無法進城，並誤闖羽柴秀吉的軍營被捕。
羽柴秀吉看了使者的書信之後，之後聽從大谷吉繼的建議，決定隱瞞噩耗，立即和毛利軍講和。
毛利軍擔憂織田信長會帶援軍趕來，早就派來使者，只是彼此條件談不攏，講和暫時觸礁而已。
羽柴秀吉暗中託毛利軍的講和使僧安國寺惠瓊單獨進城去說服城主，結果城主以不殺害城內諸人爲條件，答應切腹自殺。這些都是背著毛利援軍私密進行。
4日下午三點，在羽柴秀吉派去的檢官面前，據說城主搭船出城後，在湖中進行切腹儀式。交換誓約後，羽柴秀吉立即撤陣。
羽柴秀吉當時大概也擔憂毛利軍會隨後追擊，也怕姬路城的尼子家出兵阻攔，所以並未直接趕回姬路城。
他於6月6日下午率兵撤離高鬆城，當天夜晚先在織田勢力範圍內的備前（岡山縣東部）沼城過夜。
7日夜晚抵達姬路城；9日早上自姬路城出發，夜晚抵達明石；10日早上自明石出發，夜晚抵達兵庫；11日早上自兵庫出發，下午抵達尼崎；12日早上自尼崎出發，夜晚抵達富田；13日上陣山崎。
京都本能寺之變後的明智光秀志得意滿，除派從弟明智秀滿攻陷安土城外，及修信聯絡公卿，大肆讚揚自己的功勞。
惟其途徑不爲其他武將讚許，甚至連親家細川藤孝都剃光頭，爲織田信長戴孝；另一盟友筒井順慶表面上發兵支援光秀，事實上早已與羽柴秀吉接觸。
表態站在光秀一方的人只有少數的親信，如岳父妻木廣忠、從弟明智秀滿、舊臣齋藤利三等人。
11日午前，到達尼崎，留守有岡城的信長部將池田恆興、堀秀政、高山重友、中川清秀等加入秀吉軍，使秀吉軍的總兵力達到四萬餘。
十二日夜，大軍在攝津富田紮營，秀吉登上大阪城，會見了織田信孝與丹羽長秀，然後合兵一處向京都進軍。
與此同時，明智光秀引軍圍攻佐和山和長浜，成功壓制了京都和近江地方。爲了防備柴田勝家，光秀將明智秀滿留在安土城負責守備。
又派使者聯絡其與力大名大和郡山城主筒井順慶、近江日野城主蒲生賢秀、丹後宮津城主細川藤孝、忠興（光秀的女婿）一同出兵。
9日，出兵下鳥羽。10日，出陣河內。在得知秀吉大軍正趕來後，光秀匆忙撤軍。
12日，羽柴軍到達攝津富田。伊丹城主池田恆興、茨木城主高山重友、高槻城主中川清秀以及在堺屯兵的神戶信孝、丹羽長秀率軍和秀吉匯合，進行軍議。（羽柴軍總兵力達到35000人，相對的明智軍只有16000人。）決定由信長的三子神戶信孝爲名義上的總大將，於天王山麓的山崎佈陣迎擊明智光秀。
12日夜，兩軍在山崎北部對峙。
13日4時，明智軍山之手先鋒並河、松田隊與天王山麓中的中川隊交鋒，戰鬥開始。
中央的高山隊受到明智軍齋藤、阿閉隊的猛攻，高山隊被逼入窮境。
幸得中川、堀隊從左翼、池田隊從右翼夾擊，逼退齋藤、阿閉隊。
此時，羽柴秀長隊擊破明智軍山之手並河隊。
明智軍予備隊伊勢、藤田隊從右翼，津田、村上隊從左翼夾擊羽柴軍。兩軍一直處於一進一退的攻防狀態。
戰鬥的中心是圍繞着搶佔戰場上的高地，兩軍的軍旗在山麓上相互糾纏，戰況相當激烈。
然而，隨着秀吉的後備部隊不斷加入戰鬥，兩軍的戰鬥力開始發生變化。
最後由於屬於羽柴軍的池田恆興偷襲明智軍的津田信春，使得羽柴軍成功包圍明智軍。午後7時，明智軍崩潰，光秀下令撤退。自己引敗兵700餘人逃入勝龍寺城。
然後秀吉採納了大谷吉繼的進言，閃開北面城門，全力攻打其它三面。士氣渙散的城內士兵紛紛從北面開城逃去，連光秀也無法阻止。爲了謀圖東山再起，光秀和少數近臣離開勝龍寺城，逃往阪本城。
在京都山科小慄棲，明智光秀遇上一羣攔路的忍者。