已經習慣性迷路的羅飛（羅飛：我沒迷路，只是跟着走而已）、小智一行人經過了好長時間終於走出了森林來到了海邊。
在迷路的路途中小智接連收復了小火龍和傑尼龜（羅飛：不是收復，是主動跟隨），羅飛也順便收復了一隻傑尼龜。
至此，小智總算是達成了參加聯盟大賽其中的一個硬性條件，就是擁有六隻神奇寶貝。
說起小智這個《寵物小精靈》的主角還真是夠菜的，除了偶爾開掛的皮卡丘外就沒有其他的優秀的神奇寶貝了，最近收復的兩隻還都是主動跟隨的，已經成爲神奇寶貝訓練家好幾個月了才湊滿六隻神奇寶貝。
受到羅飛幾人的一番輕視的小智十分不忿，表示自己能夠獨立收復神奇寶貝，結果是收復了，一隻高20公分的大鉗蟹（正常發育的40公分）。
羅飛表示不能忍啊，自己還打算等將《寵物小精靈》世界納入自己的青蓮世界後讓小智來管理呢！
依照小智現在的成長速度來說，要達到羅飛的要求要等到猴年馬月，必須加大訓練力度了！
“等到下一個地方休整一下，就開啓新的訓練計劃！”羅飛說出了今後的訓練計劃後大家繼續趕路（迷路）。
“皮卡皮卡”
皮卡丘不愧是擁有老鼠的某些特性的神奇寶貝，每次有個風吹草動都是它首先發覺，這一次還是它首先發現了遠處的燈塔。
看到有能夠休息的地方後，大家振奮精神繼續趕路，爭取儘快趕到燈塔好好休息一下。
真所謂望山跑死馬，說的就是羅飛他們現在的情況，整整趕了半個多小時的路纔來到燈塔大門前。
羅飛按響門鈴，結果卻傳來一陣巨大的教堂鐘聲，幾個人被嚇了一跳，等到與燈塔的主人聯繫上並說明了情況後四人就順利進入了燈塔之中。
羅飛覺得之所以能這麼順利的進來還是小剛的作用最大，畢竟小剛會做燈塔主人喜愛的美食，至於小霞說的想找個牀睡覺的藉口，不說也罷。
小智借用了燈塔的電話和大木博士聯絡後才瞭解到，這裡的主人正輝博士也是一位不遜於大木博士的神奇寶貝研究員，而且還跟大木博士有交情。
聽到大木博士的話後作爲主人的正輝博士變得熱情不少，等到羅飛與正輝博士見面後才發現對方是一隻化石盔，不對，是穿着化石盔布偶的人。
由於化石盔的胳膊太短，正輝博士夠不到打開布偶的開關，正被關在裡面（你是怎麼進去的呢？），還是小智幫忙按下開關纔將正輝博士放出來。
通過正輝博士的介紹說，他是研究神奇寶貝存在的研究家，通過研究神奇寶貝的生存意義來聯繫人類的生存意義（好高大上的感覺！）。
正輝博士還展示了已在關東地區發現的151種神奇寶貝，同時說明了神奇寶貝訓練家收復神奇寶貝的意義：是爲了加強人與神奇寶貝之間的交流溝通。
擁有的神奇寶貝種類越多瞭解的神奇寶貝的情況也就越多，作爲新手訓練家的小智只擁有其中的六種，羅飛亦不過是擁有十幾種。
羅飛現在收復的神奇寶貝進化前和進化後的同一個品種都要收復一隻，只有經過青蓮世界的演化才能瞭解完整的信息後進化型神奇寶貝和《寵物小精靈》世界裡的進化型已經有本質的不同，所以羅飛要收復全部151才能收集完關東地區的神奇寶貝資料信息。
正輝博士在這個海邊的懸崖上建立了這麼一座燈塔當然不是爲了替船引路，而是利用燈塔傳播聲音吸引一隻巨大的獨一無二的神奇寶貝。
正輝博士拿出一個電子設備播放了一段錄音，羅飛聽着像是鯨魚或海豚發出的聲音，正輝博士還解釋了這段聲音是神奇寶貝在呼喚同伴。
正輝博士還專門製作了一段迴應的聲音放了出來，卻沒想到這時恰巧巨大神奇寶貝收到聲音趕了過來和這段聲音相呼應，兩段聲音彷彿帶有神奇的魔力讓人心情舒暢。
羅飛沉浸在這悠揚的像是音樂一般的叫聲中，心情也變得愉悅起來，小剛還要請小霞一塊跳舞，讓歡樂的氣氛徜徉耳邊。
可是這個世界上總是有人喜歡煞風景，“轟、轟”的爆炸音傳來，而後就是火光從巨大神奇寶貝身上亮起。
“吼”，感到疼痛的巨大神奇寶貝發出憤怒的吼叫四處發泄，一下將燈塔的頂部打飛，辛虧羅飛他們感到危險提前下來了，要不讓恐怕除了羅飛外的人會有生命危險。
等到羅飛他們從塔中出來的時候，爆炸聲已經消失了，天邊隱約還看到有流星閃過，巨大神奇寶貝也已經離開了。
沒見到巨大神奇寶貝真容的正輝博士遺憾不已，表示會繼續等待巨大神奇寶貝的到來，羅飛“等到掌控了這個世界就滿足你的願望”。
收拾一番後，羅飛就公佈了對小智的訓練計劃，除了被傳送到大木博士那裡的大鉗蟹外其他的神奇寶貝訓練計劃，第一步羅飛運用樹果製造的能量方塊改造神奇寶貝的體質、提高它們智慧以便它們學會更多的技能。
羅飛還偷偷的將小智的神奇寶貝們傳到青蓮世界裡溜了一圈，順便夾帶點私貨，隨後神奇寶貝們的成長速度變得飛快，只用了三天時間就掌握了所有現階段能掌握的技能。
小霞和小剛看到效果這麼好也要求加入訓練，羅飛自然是來者不拒，青蓮世界中又多了幾樣神奇寶貝樣本信息，等到擁有創造法則後就能通過這些信息自己複製神奇寶貝了。
不過要說讓羅飛不滿意的地方就是，只要不是羅飛的神奇寶貝就不能一次性將神奇寶貝的技能威力提到最大，也就是不能直接將技能升到“滿級”。
還好能通過練習提高熟練度的方式來增加威力，技能也能達到最大，只是多了一個練習的過程，即使如此技能威力的增加速度也超出了小智的想象。
等到神奇寶貝的訓練按部就班後，羅飛等人就重新出發前往枯葉市，途中小智、小霞、小剛三人不斷地訓練神奇寶貝，羅飛則是看看是否有新的神奇寶貝收復。
一月後，枯葉市外圍，難民一般的羅飛一行人。
小霞：“現在好想去洗澡！”
小剛：“趕快去洗衣服！”
羅飛：“既然已經到達了枯葉市，小智你就去枯葉道館檢驗一下實力吧！”
小智：“好，我們這就去枯葉市道館拿到徽章！我們走吧！”
皮卡丘肚子“咕嚕嚕”
小智肚子“咕嚕嚕”
小霞、小剛“??????”
羅飛：“既然大家都餓了，那就先去神奇寶貝中心吃飯、休整一下再去道館好了。”
等到羅飛他們來到神奇寶貝中心後，將神奇寶貝們交給喬伊照顧後就迫不及待的在就餐區飽餐了一頓，然後各自找房間洗漱休息。
在森林裡一個多月的野人生活讓除了羅飛外的人身心俱疲，正需要好好的休息一番，羅飛也趁着各個機會將之前收集到的信息統籌規劃融入自己的遊戲法則之中。
休息好的四人在神奇寶貝專用的休息室集合，在看護牀位上看到有很多受傷的神奇寶貝被主人照顧着，這個情況在羅飛看來很不正常。
要知道神奇寶貝的生命力可是很頑強的，一般的傷勢只需要治療噴霧和短暫的休息就能痊癒，只有身受重傷的時候才需要送到神奇寶貝中心治療。
小智在接收自己的神奇寶貝時向喬伊問起這個問題，“這些都是挑戰枯葉市道館時被打傷的，因爲受傷的神奇寶貝太多一時無法全部得到治療，所以纔會先在病牀上照顧。”喬伊有些疲憊的回答。
等到羅飛湊近後看到衆多神奇寶貝身上被電擊後的傷口，才發現只是神奇寶貝們只是樣子比較悽慘而已，身體上並沒有生命危險，枯葉市的道館訓練家還是有分寸的。
但是這樣的傷勢在小智等分析能力不到位的小孩子看來就已經是十分嚴重了，不一會神奇寶貝中心內又被送來了幾隻受傷的神奇寶貝，把坐在牀邊的皮卡丘嚇得失去了鬥志，怎麼也不肯去枯葉市道館對戰。
羅飛“皮卡丘的訓練還有不足，下一步要加強戰鬥意志方面的訓練了”
儘管有其它神奇寶貝的前車之鑑，羅飛、小智還是要參加枯葉市道館的對戰拿到橘黃徽章的，小智是爲了參加石英聯盟大賽，羅飛則是看中道館徽章所帶來的氣運或者說是法則，徽章越多羅飛在《寵物小精靈》世界的氣運越強，行動也更容易達到目的，正所謂運來天地皆同力說的正是這個道理。
一行人來到枯葉道館推開了佈滿閃電標誌的大門後便要求挑戰道館，枯葉市的神奇寶貝道館是電屬性道館，館主是一位黃頭髮的美國大兵式人物，名叫馬志士。
這不是重點，重點是這傢伙一上來就要擁抱小霞，羅飛怎麼能忍，直接將小霞拉到身後表示主權。
小智也上前來表示要挑戰道館，結果被馬志士連帶皮卡丘都叫成了“寶寶”，反而激發了小智和皮卡丘的鬥志，大戰一觸即發。
枯葉市道館徽章爭奪戰正式開始。
看到馬志士召喚出來的雷丘，羅飛知道皮卡丘寶寶爲什麼被會叫了，雷丘可是皮卡丘的進化型。
小智還是一如既往地魯莽，上來就讓皮卡丘使用“電擊”，羅飛用手捂臉“這個笨蛋難道不知道雷丘的隱藏特性是‘避雷針’能免疫大部分電屬性攻擊嗎？（小智：你有沒有告訴過我！怪我嘍？）”。
結果雷丘一發強力“電擊”就讓本來想訓斥小智的羅飛閉嘴了，這是在放水還是道館的考察項目裡沒有特性這一項，不管如何都等比賽完成後再說了。
羅飛的訓練成果可不是說笑的，加上“避雷針”的特性讓皮卡丘捱了一發強力“電擊”後只是喘了口氣就恢復了，但是小智下一個命令就讓羅飛想撞牆，“撞擊”。
雷丘理論上無論是等級還是體型都超過了皮卡丘，這樣裝上去的話就像皮卡撞重卡，怎麼看都是雷丘會贏，正當羅飛計劃着怎麼在戰後“炮製”小智，讓其體驗一下“地獄式”訓練時，比賽結束，小智贏了！
“碰！”，羅飛真的撞牆了。