數日之後，第一批戰兵到來。
讓玉明震略感意外的是，楊屹首先讓克隆戰士接受改造。雖然都是人類，但是玉明震沒把這些克隆人當成同胞。對楊屹做的安排，玉明震不敢說三道四，只能相信讓克隆戰士首先接受改造，只是因爲楊屹還沒有完全掌握相關技術，存在很大的風險，所以先拿克隆戰士做實驗。
玉明震沒有猜錯，不過也不是全對。
不是說楊屹沒有把克隆戰士當回事，畢竟人類遠征軍中就有克隆戰士，而且始終跟隨楊屹左右，立下了汗馬功勞，也證明了他們配得上人類的身份。主要是，改造涉及到了意識層面上的問題，而克隆戰士較爲單純，因此更有把握應付改造時產生的影響，而人類戰士顯然做不到。
第一批接受改造的克隆戰士只有一千名，不算很多。不是說楊屹不想改造更多的克隆戰士，而是暫時做不到，即在這幾天之內，他只弄出了一千套改造設備，一次只能對一千名克隆戰士進行改造。
所謂的改造設備，其實跟飛船上的那套設備差不多。
飛船來之能源模塊，因此飛船上的所有物品都來自能源模塊。在獲取了能源模塊裡的信息之後，哪怕掌握得並不是很全面，瞭解也不夠徹底，但是足夠楊屹製造用來進行改造的設備。如果說要有什麼問題的話，就是這些設備太複雜，就算楊屹不休不眠，其實他也不用休息，在短短几天之內也只弄出了一千臺。
所幸的是，改造過程並不複雜。
在北阿爾法星系，楊屹已經讓楊二對林鳳等多名戰士做了改造，而且全程旁觀。雖然沒有直接參與改造工作，但是楊屹對改造的過程一清二楚，也知道該重視什麼，因此在改造克隆戰士的時候是輕車熟路。
理論上，利用來自能源模塊的技術，楊屹還能對自身進行改造，也就是讓自己成爲傀儡級別的存在。
只不過，現實中根本辦不到。
不是說沒有這樣的技術，而是沒有這樣的能力。
所謂的改造，其實也跟傀儡有關。
能源模塊本身就跟傀儡存在密切關聯，可以說是傀儡的根本所在。在能源模塊裡面，存在大量跟傀儡有關的信息，比如傀儡的基本形態。楊屹對克隆戰士所做的改造，其實就是利用了這些信息，爲克隆戰士打造一具全新的軀體，讓克隆戰士獲得了遠遠超過普通生命的強大實力。只要能夠充分利用這些信息，楊屹完全有能力打造出一具傀儡的軀體，也就能獲得傀儡的實力。問題是，楊屹還沒有獲得全部信息，而且改造涉及到更深的層面，對改造過程中的控制要求非常高。能做到的只有一個人，即楊二，可是他沒跟隨楊屹回來，也就無法幫助楊屹完成改造。更重要的是，就算楊屹獲得了全部信息，也無法在接受改造的同時控制改造過程。
當然，對克隆戰士進行的改造不需要楊屹親自動手。
在這幾天裡，他不但製造了一千臺改造設備，還對玉明震提供的一個智能程序做了一些改動。
這個智能程序，其實也是楊屹的“熟人”，即“暗影”號上的阿倫。
雖然“暗影”號早已在戰爭中損毀，但是阿倫的基礎程序保存了下來，只是因爲沒有合適的戰艦，所以一直儲存在軍部的數據庫裡。楊屹所做的，也只是讓阿倫具備基本的情感因素。雖然遠遠無法跟楊二相比，但是控制一千臺改造設備，對一千名克隆戰士進行改造，顯然難不倒阿倫。
事實上，像阿倫這樣的智能程序，最大的價值就是代替人類做一些繁雜的工作。這些智能程序能夠控制最大的戰艦，而主力艦上有成千上萬的設備，還需要及時處理衆多信息，相對而言，一千臺改造設備根本不算多，而且所有克隆戰士的改造工作同時進行，因此處理的信息也不算複雜。
做好一切安排之後，楊屹就把改造工作交給了阿倫。
當然，他也沒閒着。在對一千名克隆戰士進行改造的同時，楊屹動手製造了更多的改造設備。如果需要對兩千萬名戰士進行改造，那麼別說是一千臺，就算是十萬臺，甚至一百萬臺改造設備也不夠。雖然沒有把握製造足夠多的改造設備，但是這個時候，楊屹也只能走一步看一步了。
十日後，第一批克隆戰士的改造工作完成。
他們原本就是戰兵，而且獲得了由楊屹提供的聖器，所以在完成改造之後，他們並不需要花多少時間進行訓練。唯一要做的，只是熟悉玉家制造的皇級戰機，因爲只有駕駛皇級戰機，這些完成了改造的克隆戰士才能跟那些擁有座架的戰皇匹敵。很明顯，硅魅聯盟的戰皇來到南阿爾法星系，其中一些肯定有座駕，而且肯定是十二級以上的硅獸，也許還是兇猛的野生硅獸。就算並不是所有戰皇都有，但是隻要有一名戰皇擁有座駕，那麼與之遭遇的人類戰士就需要皇級戰機。
當然，玉家的皇級戰機生產線一直在全速運轉，提供一千架皇級戰機不是什麼難事。隨着極境族提供的支持逐漸發揮作用，皇級戰機的產量也得到了提升。用玉明震的話來說，基本上能夠滿足武裝人類戰士的需求。等到航線打通，跟極境族取得聯繫，還能獲得由極境族製造的皇級戰機。
一切準備就緒之後，楊屹給這些克隆戰士安排了任務。
他們的使命不是去收復那些被戰皇攻佔的恆星系，也不是去找戰皇決戰，而是去搞清楚各個恆星系的情況，特別是戰皇的活動情況，以及敵人在各個恆星系裡做的事情，比如有沒有對星球進行環境改造。
顯然，楊屹沒有想過靠一千名克隆戰士扭轉局面。
只是，楊屹同樣沒有因此而放棄反擊的念頭。
簡單的說，他需要足夠多的時間來對更多的戰士進行改造，武裝一支足夠跟戰皇匹敵的超級軍隊。在此期間，最爲要緊的就是守住家園星系。因爲敵人不可能一直按兵不動，所以必須在適當的時候發動反擊，通過反擊牽制敵人，從而獲得足夠多的時間，而發動反擊需要的就是準確的情報。
因爲其他恆星系全都淪陷，所以人類聯邦的情報網絡早已癱瘓。這一千名克隆戰士執行的任務，其實就是去獲取情報。在掌握了準確的情報之後，楊屹就能組織更多的克隆戰士發動反擊。
當然，克隆戰士的行動由軍部負責，也就是由玉明震負責，楊屹沒有插手。
在送走了第一批完成改造的克隆戰士後，楊屹開始對第二批戰士進行改造，這次擴大到了三千人，而且有一千名人類戰兵。與第一次改造一樣，楊屹交給了阿倫，只是讓軍部提供了一臺性能更強大的光腦，畢竟同時控制三千臺改造設備需要處理更多的信息，也就需要運算能力更強的光腦。
因爲有了之前的經驗，所以第二批戰士的改造工作只用了七天時間。
與第一批克隆戰士一樣，第二批戰士在領到了皇級戰機之後，也被派了出去，而且同樣執行的是偵察任務。
楊屹的精力依然放在了改造上，第三批接受改造的戰士達到了五千米，而且其中有一千名極境族戰士。
顯然，對於楊屹的安排，玉明震依然覺得無法理解，畢竟人類聯邦有足夠多的能夠接受改造的戰兵，完全沒有必要動用極境族的戰兵。只不過，玉明震也不敢說三道四，畢竟楊屹肯定有他的道理。再說了，極境族一直跟人類聯邦並肩作戰，總不能只是讓極境族負責次要的事務吧。
只是，這次改造稍微麻煩了一點，對一千名極境族戰士的改造工作由楊屹親自操刀。
不是說極境人的身體構造與人類不同使得改造變得更難，而是意識上的問題。其實，改造所涉及到的也只是改造對象的個體意識，即改造對象有沒有足夠強大的意志力，能否承受改造所產生的影響。從某種方面來講，這也是對世界的認知，或者說是對自我存在價值的一種認識。相對而言，人類戰士的問題還不是很大，畢竟人類聯邦在過去的數千年裡一直生死邊緣掙扎，所有人都浸染其中，由此所產生的影響深入到了每一個人的骨髓，而極境族一直和平繁盛，如果不是這場戰爭，極境族的絕大部分人都無法認識到戰爭的殘酷性，也就談不上什麼犧牲精神。
所幸的是，極境族派來的是最精銳的戰兵，而且全都有實戰經驗。
改造工作稍微複雜了一些，不過總體來說還算順利，而且完成了改造之後的極境族戰士並不比人類戰士差。
當然，這也證明了楊屹的一個猜測，即只要符合改造的基本要求，任何一種智慧生物都能夠通過改造獲得強大的能力。甚至可以說，只要掌握了全部的信息，有合適的條件，能夠通過改造讓任何一種智慧生物成爲傀儡那樣的強大存在。
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在第三批戰士完成改造的時候，第一批戰士陸續回到了家園星系。
雖然受到人手限制，他們的活動範圍並不是很大，集中在附近兩千光年之內，但是他們獲得的情報卻極爲重要。