與力天使交戰後的第一天：
“。。。eva零號機以及二號機的損害程度已經遠超過實驗室數據的極限。”
“這樣麼。。看來要修復需要多花不少的時間了。”nerv指揮室，瑪雅和律子有一句沒一句的談論着。
“不過所幸的是這裡並沒有收到攻擊，magi系統也可以運轉。”瑪雅慶幸着。
“但是，地表的建築就不能倖免了。”青葉接過話語。“初號機與使徒的戰鬥，導致整座金字塔都被摧毀了。想要修復不知道又要花上多少時間和金錢。”
“那種東西就算都被摧毀了也可以很快建好。”律子沉聲道。“然而關鍵問題是。。初號機如果不能再使用的話。。。就只能使用老人送來的玩具了。”
同一時間，初號機的機庫：
“就這麼拘束在機庫，應該不會再有問題了吧？”機庫內，還打着繃帶的美里盯着已經破損不堪的初號機蹙眉道。
“啊。現在這傢伙裡面完全沒有任何熱能，電子能，化學或者電磁能量反應，就連s2機關也處在了完全停止的狀態。”
“就算如此。。。這臺初號機也已經自主動過了很多次。不要因爲現在的狀態看上去不會動就隨便的去碰它。更何況裡面還有。。。”話至此。美里的眉頭皺的愈加緊了一分。
“是啊，隨便亂碰的話不知道會有什麼樣的後果。”日向迴應着。“不過，關於那天的事。。。”
“不用在提了。”美里打斷了日向的話。“那個孩子。會有人去處理的。”
“那麼那臺新的eva呢？”
“如果初號機不能在下次使徒出現前使用的話。。。”
“真嗣君又要怎麼辦？”
“。。。。。。”
“抱歉，我似乎問了不該問的話。”
“不，沒關係。”美里轉身向着機庫的大門走去。“我相信那個孩子，一定會回來的。”
於此同時，一個昏暗的房間中：
“eva系列不可能天生就擁有s2機關。”
“但是，誰也沒想到初號機會通過那樣的方式來自己獲取。”
“這和我們seele的劇本相差的太多了。這可不太容易修正。”
“碇源渡。。。把nerv交給那樣的男人是不是一開始就是個錯誤呢？”
“但是。。如果沒有這個男人，我們就無法做到這一步。一切計劃就無法進行。”
“可現在眼下不只是初號機的問題。”
“沒錯。三臺eva同時嚴重受損，本部半毀。就算我們派過去了六號機。如果出現使徒的話，也不一定能只靠亞當的分身來完成殲滅戰。”
“嗯，就光是損失與修復eva來看，我們的開銷就要是個天文數字了。”
“哼。這就是當時沒有在他的身上系下鈴鐺的後果。”
“不，鈴鐺已經系下，只是沒有響而已。”
“不會響的鈴鐺又有什麼用。”
“所以。。。我們纔派出了他，目的就是要撥動碇源渡身上的鈴鐺！”
另一邊，總司令室：
“誒呀呀，真是不得了。”辦公室的窗前，加持一副輕鬆的姿態看着窗外已然成爲廢墟的地下都市。“事情發展到這個地步真是出乎意料之外啊。委員會。。。不，seele那邊你打算怎麼說呢？”
“初號機完全不受我們的控制，這是個意外事件。”站在碇源渡身邊的冬月冷靜道。
“因此。在委員會有命令前將初號機凍結。”
“不錯的應對方法。”加持笑道，“但是，就算是你的兒子在裡面也無所謂嗎？”
“。。。。。。”
“啊拉。我似乎問了不該問的話。”加持攤了攤手。“那麼，我就先走了。”不在停留，加持得到自己想要的答案後就離開了碇源渡昏暗的辦公室。
“老碇，真嗣的事情要怎麼處理。”
“讓那個孩子去做。”碇源渡冷聲道。
“可是。。。現在就讓他們接觸嗎？”
“啊，否則seele不會甘心的。”碇源渡的嘴角露出一抹冷笑。“我們的劇本不需要更改，那個孩子會爲我們修正的。”
“這樣麼。。。連這一步都算到了啊。”
同樣的時間。在nerv的醫療室中同樣發生着一幕情景。
“嚶。。。”一聲嚶嚀過後，躺在病牀上的藍髮少女睜開了寶石般的紅眸。昨日戰鬥的重創讓少女皓月般的臉頰上添上了一抹蒼白。
“哦哦。你醒了啊。”麗的耳邊響起。微側過頭，在她旁邊的病牀上，一個手腳打着石膏，頭上綁着繃帶的女孩正笑眯眯的對她打招呼。
“真希波。。。小姐嗎？”麗回覆了意識。輕聲道。
“嗯嗯~看來你清醒了呢。”真希波笑笑。“感覺怎麼樣？”
“我嗎？恩，我沒事，這裡是。。。”
“醫院哦。戰鬥之後你就被送到這裡了。”
“醫院？這樣啊，我活下來了嗎。。。”麗恍惚道。不過很快就回想起來。“戰鬥呢？真嗣怎麼樣了？”
“贏了哦。汪汪君最後把那個使徒幹掉了。”
“是嗎。。。太好了。”麗懸着的心放了下來。“那麼。。真嗣呢？”
“。。。。。。”
“真希波小姐？”
“嗯？啊，汪汪君他。。。”真希波的言語有些推脫。感受到了真希波的糾結。麗剛剛放下的心再次提了起來。“他。。。”
“他怎麼了？”麗追問着。
“麗。。。”病房的門被打開。一位同樣身穿病號服的少女走了進來。在她冰藍色的眼眸中充斥着無盡的悲傷。
“明日香？你醒過來了。”麗的眼眸微微顫抖。
“嗯。”明日香輕聲道。“麗，真嗣。。他被吸進eva裡面了。”
“。。。什麼？！”麗不敢相信明日香的話，“怎麼會這樣。。。”
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時間前移至交戰當天。
“塞路爾！我要你死！”
憤怒已經不足已形容真嗣現在的情緒了。在零號機被塞路爾打穿的剎那，真嗣原本黑色的左眼在一瞬間就被渲染成了一抹猩紅。瘋狂，不止是真嗣，與其相呼應的還有初號機。就在真嗣異變的瞬間，初號機的眼中也迸然發出了赤紅色的腥芒。一聲震天的怒吼，破碎的身軀猶如離弦的箭一般向着使徒衝去。
見狀，塞路爾急忙開啓了數十層a.t.field抵擋。卻被初號機一拳將所有光牆轟碎。僅僅是一擊，塞路爾胸前的骨刺就被盡數被轟斷。就連燃燒狀態的紅色核心也被打出了一道巨大的裂痕。
一拳轟飛塞路爾。初號機抓住並扯斷了使徒還未收回的刃帶。展開光之翼快速飛回了零號機的面前。抽出了零號機體內的刃帶，被砍斷的左腕處即刻畫出一條由a.t.field組成的手臂按在了零號機的頭上，瞬間切斷了零號機與駕駛員的神經連接。雙手齊動，將零號機後背載有麗的插入栓拔出。張開光之翼飛向了nerv剛剛被撞成廢墟的總部。輕輕地放下了麗的插入栓低語着。。。
“美里姐，照顧好麗。”
“真嗣。。。你。。。”
“沒關係，我就回來。。。”不再多說，真嗣回過頭，再次朝着戰場飛去。
“真嗣。。”看着初號機仿若戰神般的姿態。美里的心動搖了。殲滅使徒已成必然之局，但是她的心裡總覺得惴惴不安，聽了真嗣的那句話，美里心生躊躇，似乎真嗣這一去。就再也回不來了。
“瑪，瑪雅。”律子顫抖的呼喊着。“初號機的數據呢。。。”
“。。。。。。”
“瑪雅？”律子見瑪雅沒有回答，低頭向瑪雅看去。只見座位上的瑪雅雙手不斷地顫抖着，眼中瞳孔已經收縮到了極致，顯然是被眼前的數據驚呆了。伸手拍醒了瑪雅，律子有些慌忙的問道。
“啊。。前輩。”瑪雅回過神。。“對，對不起。。初號機的數據。。。”瑪雅緊張地吞了吞口水開始報告了起來。“同，同步率400%。駕駛員神經連接無法檢測。。。插入栓內部混亂。無法檢測。但，但是。。。”
“怎麼了！”美里急忙回過頭。
“插入栓在不斷深入。超過臨界值-180。已經接近核心了！”
“什麼！？真嗣！快回來！”律子近乎嘶喊起來。“你會失去人形的！”
“。。。人形？那又如何。”操控着初號機一步步向前走着。真嗣猩紅的雙眼充滿了冷漠。“我變成什麼樣都可以，但是，敢傷害我最重要的人。我一定要讓他不得好死！”拉緊操縱桿，初號機再次化作一道閃電向着使徒衝去。被打飛的塞路爾再次開啓a.t.field抵擋，卻起不到絲毫的作用，彷彿就是數十層薄片一般的被初號機一拳打碎。一記直拳印在了使徒扭曲的鬼臉上，剛剛復原的臉再次被打的變形。沒有給塞路爾喘息的機會，緊接着就是一腳，塞路爾整個被踢飛了出去。還沒有落地，只見初號機的雙眼迸射出一道炙熱的光芒掃向了塞路爾，頃刻間，塞路爾的身體被一分爲二。即使是燃燒了生命果實，也無法將它此刻的重創恢復。
“塞路爾。。。你還有什麼遺言嗎？”初號機中，真嗣冷冷地質問道。
“桀桀桀。。。”塞路爾的生命已經走到了盡頭。但是臨死前，卻留給了真嗣一段詭異的話語。“碇真嗣。。。歡迎。。。你加入。。。我們的行列！”
“。。。提到臨頭還鬼話連篇！”真嗣劍眉緊蹙。
“桀桀。。也許連你自己都沒發現吧。。。生命果實的成熟遠比你想象的要來的早。這樣，你會控制不住體內的力量的。”塞路爾的語氣突然變了。變得好像和一個朋友聊天一般。儘管他的聲音極度的刺耳。但是那股語態已經不再是針鋒相對了。“再過一會兒。。你就會流失在生命之水中了。難道你一點感覺都沒有嗎？”
“什麼？唔！嗚哇啊啊啊啊！”話音剛落一陣劇烈的疼痛就席捲了真嗣的大腦。裡面有數十種聲音在不斷地盤旋。不斷地對真嗣訴說着。僅僅是幾秒鐘，真嗣的大腦就完全失去了控制，昏厥在了插入栓中。。。身體，也慢慢地融化，直至消失。”
嗚嗚嗚嗷嗷嗷嗷！！！！
相反地，真嗣的消失換來了初號機的瘋狂，在初號機的頭頂。一個天使的光環逐漸低現在人們面前。眼中猩紅的光芒不斷綻放。仿若來自地獄的死神一般衝向了使徒，開始不斷地撕扯起來。霎時間。血流成河。
“桀桀桀。。。歡迎你，碇真嗣君。”頻臨死亡的塞路爾再次發出了難聽的笑聲。“莉莉絲的分身已經覺醒了。你的靈魂已經成爲了祭品。接下來就差能量了，對，莉莉絲的分身。將我未燃盡的生命果實奪去吧。這樣你就能成爲新的神了。來吧。來吧！！！哈哈哈哈！我們的使命就快要完成了！一切爲了迴歸亞。。。”
聲音戛然而止。初號機並沒有給塞路爾繼續嘶鳴的機會。直接伸手抽出了他的紅色核心。放在嘴裡，咬碎。至此，塞路爾徹底沒了生命氣息。而初號機則是仰天長嘯。周身的裝甲不斷地粉碎。露出了醜陋的肌肉。胸口處的s2機關也暴露在衆人面前。下一秒，靈魂之扉開啓。天空爲其崩塌，大地爲之顫抖。巨大的a.t.field羽翼直衝雲霄！
“初號機。。。竟然吞噬了使徒的s2機關。”美里緊握着胸前的十字架。盯着屏幕的雙眼不住地收縮着。“天空的崩壞，大地的顫抖。還有。。。那些翅膀，和十五年前一樣。。。”
“完了。。。”律子放棄了顫抖，但是眼神中卻充滿了絕望。“限制體型的拘束器被解除。被禁錮在人之境地的eva初號機正在恢復本來的姿態。擺脫了人類的束縛。變成超越人類，接近神一般的存在。與天地萬物相互糾纏。將自己變爲了能量的濃縮體。因爲人類與使徒的共鳴。靈魂之扉被開啓了。
“什麼意思？”美里回首
“你還不明白嗎？”律子冷眼看向美里。“真嗣被使徒化了。當他與初號機融合後。超越這個世界常理的生命就會誕生。作爲代價。舊的生命就會滅絕。繼第二次衝擊的延續，第三次衝擊即將開始。世界將要終結了。。。”
“怎麼會這樣。。真嗣。。到底做了什麼。”屏幕上，大地開始出現巨大的裂口。無數的岩石碎片飛向了天空，大地開始瓦解，天空開始崩塌，仿若末日般的黑暗籠罩了整個世界。絕望，不滿了所有人的臉龐，唯獨三個人。面對這樣的事態顯得鎮定自如。
“呵呵，初號機的提前覺醒。碇司令，seele不會做事不管的哦。”戰場的某一個角落，一個充滿磁性的聲音帶着一絲玩味的氣息念道。首席檢察官，加持良治，在消失了一段時間後，再次出現在這裡，而且這一次，他將帶來一個全新的消息。一個足以影響到整個劇本的消息。而另一邊絲毫不亂的兩個人就是坐在指揮台前的碇源渡和冬月二位司令了。因爲，初號機的覺醒就在他們的意料之內。
“果然，初號機因爲真嗣而覺醒了。”冬月平靜道。“接下來要怎麼辦呢？老碇。”
“沒關係。”碇源渡冰冷的聲音傳來。“seele送來的玩具馬上就會到了。”
“哦？被命運選中的第五個孩子麼。”冬月挑了挑眉。“被命運束縛的孩子啊。。太可憐了。”
正如碇源渡所說的。就在天地即將崩塌的瞬間，從蔚藍的星空上閃爍出了一抹鋒利的光澤，一把巨大的長槍朝着初號機筆直的飛去，隨着金屬的衝撞聲，瞬間穿透了初號機的身軀。巨大的翅膀陡然消失，靈魂之扉戛然而止，化作漫天光點消失在了夜空之中，天空恢復了安寧，大地恢復了寧靜。星空下，一臺與初號機極爲相似的eva機體緩緩而落，在機體的內部，一個銀髮紅眸，溫文爾雅的少年淡淡的笑看着眼前的一切，充滿無盡溫柔的聲音傳進了nerv每一位工作人員的耳朵。
“初次見面，碇真嗣君。”少年的笑容仿若天使一般。“這一次一定要，給你一個人幸福。”
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“什麼？第五適格者？”時間拉回到現在，在聽了明日香與真希波兩人的解釋後，麗明白了眼前的狀況。並且得知，第五適格者已經正式地加入了nerv的總部。
“是的。”明日香有些不悅地說道。“而且，他也來了。”說話間，明日香轉過頭看了看門口的位置，緊接着，一位身穿校服的銀髮少年緩緩的走入了病房。帶着自然的微笑，看着眼前同樣與自己眼眸相同的女孩兒。
“初次見面，第一適格者。”簡單的一句話語，彷彿是在面對一個許久未見的老友一般的柔和。“我是薰，渚薰，請多指教。”