10月20日，取得慕尼黑大勝的拿破倫命令軍隊向維也納開進。現在的奧地利已經沒剩下多少軍隊了，只有拱衛維也納的五萬皇家近衛軍以及現在正在意大利和意大利總督歐仁•；博阿爾內作戰約翰大公的22，000人和查理大公的80，000人。雖然他們已經取得了巨大的成功，佔領了威尼斯等意大利北方重鎮。歐仁的意大利方面軍也是損失慘重。但由於拿破倫在德意志南部取得了決定性的勝利，超過二十五萬的奧軍被擊斃或俘虜，所以仍然還控制着意大利多數地方的歐仁在奧地利大軍的壓迫下還是取得了很不錯的成績的。至少他的意大利方面軍還有近五萬的主力存在。
在得知奧軍主力在巴伐利亞基本被全殲以後，約翰大公和查理大公連忙率軍撤退，非常不甘心的離開了他們費盡千辛萬苦才佔領的土地，他們必須回去參加奧地利的生死存亡大戰，如果奧地利沒了，那麼這些佔領的土地還有什麼用呢？於是在奧軍撤退以後，歐仁的大軍就隨後收復了這些地方，並積極向北挺進，威脅奧地利的南部地區。
雖然法軍取得了偉大的勝利，但目前的戰況依舊不明朗。雖然奧軍主力已經被消滅，但算上正迅速趕回的約翰大公和查理大公的軍隊，仍然還是能湊夠十幾萬的，要吃掉的話也還是要費一番功夫的。並且還有一個對法軍很壞的消息就是庫圖佐夫的38，000俄軍現在已經到了維也納20英里之外，在他的身後是整個俄國大軍總計約226，000人。這是一個非常嚴峻的問題。
拿破倫最擔心的就是俄軍。他命令繆拉、蘇爾特、達武、莫蒂埃(第四軍團的指揮官)和拉納追蹤庫圖佐夫和殘餘的奧軍以防他們和沙皇亞歷山大的軍隊會合。同時，如果沙皇軍隊和200，000人的普魯士軍會合，法軍將受到俄普奧三軍的圍攻。而經過連場大戰後的法軍現在也只有25萬人了，幸好第四軍團和第九軍團已經趕到戰場，要不然拿破倫的兵力將更加的捉襟見肘。拿破倫冷靜地判斷了形勢：即使普軍會同俄軍作戰，調動龐大的軍隊也不是朝夕能成之事；也就是說，可以在俄軍和奧軍或普軍會合之前先吃掉俄軍。拿破倫準備將俄、奧、普三軍一個一個吃掉，因此他當機立斷，力求趕在普魯士參戰前佔領維也納，切斷俄軍退路——在查理大公率領奧軍趕回奧地利之前，把這支俄軍包圍並消滅在多瑙河以南地區。
位於巴伐利亞的奧格斯堡現在成了法軍的主要後方供給地，拿破倫命令貝爾蒂埃將慕尼黑變成戰爭指揮中心。還有一個很嚴重的問題困繞着拿破倫，那就是初冬的暴風雪和嚴寒已經降臨，但是法國軍人身上穿的仍然是8月從英吉利海峽轉移時穿的衣服。由於後勤運輸不足的原因，如果不能在寒冬來臨之前擊敗敵軍的話，那麼法軍就很可能輸掉這場戰爭。
爲了迅速佔領維也納，搶佔奧地利的各種物資，10月22日拿破倫命令休整了兩天的各軍團迅速向維也納推進，並且要求歐仁的意大利方面軍進攻奧地利南部，儘可能的多牽制一些奧軍，以減輕法軍的壓力。
俄軍統帥庫圖佐夫的軍團是離查理大公和維也納最近的軍團，出乎拿破倫的預料，在法軍大舉逼近維也納的時候他卻拒絕和他的奧軍盟友一起保衛奧地利的首都維也納。在法軍還來不及展開行動之前，庫圖佐夫指揮俄軍迅速撤離，在克雷姆斯渡過多瑙河，向北實行退卻。俄軍撤退時幾乎炸掉了多瑙河上所有的橋樑，以阻止法軍的追擊。拿破倫命令繆拉、拉納和達武軍追擊庫圖佐夫軍。
俄軍北撤之後，多瑙河南岸地區的奧軍兵力更加單薄，法軍因而得以長驅直入，幾乎沒有遇到什麼抵抗。10月28日，達武重創俄軍後衛軍團(由奧軍分遣隊組成)，庫圖佐夫仍然未回頭給予救援。而繆拉，沒有和達武一起乘勝追擊庫圖佐夫，而是擅自決定攻打搶佔勝利嘉獎的珍寶——維也納。拿破倫在林茨得知了繆拉的嚴重錯誤——事實上該錯誤導致庫圖佐夫得以沿多瑙河撤至俄軍主力所在的摩拉維亞，怒不可遏的拿破倫不敢相信此事，立即給這位妹夫發了一封措辭嚴厲的信，大罵繆拉魯莽得像個瘋子，由於他的擅自行動使法軍在追擊庫圖佐夫的過程中喪失了兩天寶貴的時間。繆拉不理解法軍的戰略目標是摧毀敵軍的有生力量，而不是攻佔城池。由於他沒有執行拿破倫的與達武“密切配合”的命令，使得本來可以大獲全勝的戰役變得疑雲重重——如果聯軍殺回馬槍，也許還會使法軍一敗塗地。然而，說到底，拿破崙本來就對繆拉不滿，深層的原因無疑是繆拉曾經和約瑟芬睡過覺；加上他在這次戰役中屢屢違背拿破崙的意圖、放跑庫圖佐夫，貽誤了戰機，拿破崙對他自然更加不滿。
爲了搶佔頭功，繆拉和拉納軍越過橫跨在寬闊多瑙河上的維也納大橋攻進了維也納城。在這場戰役以及以後的戰役中，法軍暴露的一個影響戰鬥力的弱點是：法蘭西皇帝的高級指揮官之間的嫉恨和敵意。這自然使拿破倫戰略戰術的成功實施受到阻礙。
幾天之後，法軍向沙皇亞歷山大的軍隊逼近，賴伊全力追擊庫圖佐夫；巴格拉吉昂親王頑強據守奧博霍拉布魯恩，掩護庫圖佐夫撤退。俄國將軍維茨格羅德向繆拉提出了休戰的要求，繆拉竟愚蠢地同意了；這樣不僅使庫圖佐夫得以順利逃脫，而且和沙皇亞歷山大的兵力會合，這正是拿破崙竭盡全力想要避免發生的事。“我完全無話可說了！”11月10日，拿破倫對繆拉嚷道，“立即撕毀休戰協議，去進攻敵人！前進！摧毀俄軍！”但此時已經太晚了。繆拉違背了拿破崙的戰略目標和命令，使俄軍在奧洛穆茨附近佔領了有利於防衛的陣地。
到了這個時候，拿破倫仍然沒能夠和俄軍正面交鋒，法軍已經非常疲憊。拿破倫不知道繆拉到底是怎麼了？以前，他總是能夠按照拿破崙的命令行事的，並常常能使戰役發生轉機。現在，他似乎成了障礙物，成了法軍的拖累。不過，這是他被冊封元帥並且在爲王位的繼承權發生爭論之後首次出征，在這次戰役中他明顯地表現出他作爲一個軍團司令的不可靠性。
(小魚今天有些不在狀態，再加上爲了滿足部分朋友早日結束有關戰爭的描寫，所以這章寫的比較模糊，請大家見諒！）