回國之後蔣介石在中國遠征軍所轄的空降部隊與兩棲登陸作戰部隊的主官問題上產生了猶豫，國內太多人削尖了腦袋往裡面鑽，託人情走門路的更是比比皆是，就連一項穩重的陳誠都顯得也些動心，多方找人打探，進來夫人宋美齡也突然過問起了此事，蔣介石有些頭疼不已，手心手背都是肉，但是這個空降部隊與兩棲登陸作戰部隊到底是幹什麼的？有什麼戰術特徵自己還真不知道，不過他可以從高飛當初在開羅向羅斯福提出空降部隊與兩棲登陸作戰部隊的武器物資清單上看得出來，一個師能夠頂國軍普通三個師的消耗，這是一支精銳部隊，憑心而論他也想讓躍躍欲試的蔣經國去擔任其中一個師的主官，現在國軍主力匯聚南京城下，正在外圍與日僞軍進行要點的爭奪戰，當年日本人怎麼進攻南京的，今天國軍部隊就調換一個方向攻打過來，不過此番中國軍隊已經佔據的空中優勢和地面炮火、裝甲坦克部隊優勢，而日本人已經是久戰疲憊之師，中國軍隊士氣高昂戰鬥意志極高，青年軍整編的第一批五個軍的部隊已經全部開赴作戰一線，前線不斷士氣如虹，此消彼長之下，南京一戰似乎勝負已定？
前線有前線的苦惱，後方有後方的煩憂，連續昆明鬧出的舞弊之案涉嫌盜賣美援軍需物資，涉及之廣令人震驚，高飛的青年軍是總預備隊，說白了就是蔣介石把美援的武器物資都分給了下面的雜牌部隊，也該你們在南京買命了，日軍鋒芒以挫之後纔是第五軍、第八軍、第十軍、第七十四軍等等這批主力部隊投入攻擊，一旦全部合圍日軍，日軍華北方面援軍一動，高飛的青年軍主力的五個軍就勢如破竹給予日軍援軍雷霆一擊，掃蕩華北日僞軍殘部之後，迅速轉向平津地區直逼山海關，讓日本人爲了顧其後路被迫撤出北平，以免北平古城遭戰火塗炭毀於一旦。
可以說從計劃上看這就是典型的高飛式的作戰，否則以國軍將領的中規中距是萬萬不敢進行如此跳躍式的作戰方式，高飛的戰略設想是在擊潰殲滅日軍華北方面的機動兵力之後，亦斷絕了日軍對南京的增援，上海、杭州等地日軍的兵力不多，硬性進攻還有一定海空軍實力駐守的上海對於中國軍隊來說非常不划算，而且讓繁華的上海灘變成血腥的大戰場，畢竟仗是在自己家裡打的，高飛在之前制訂作戰計劃的時候還有是諸多顧慮的，況且複雜條件下的巷戰不利於火力佔據優勢的中國軍隊發揚火力優勢，現在中日部隊尤其是青年軍的火力已經遠遠超過同比的日軍部隊，重炮進城轟擊的話，戰後即便收復了上海，得到的野史一片瓦礫和廢墟，日本人歹毒到了幾乎不疏散中國老百姓，這也讓高飛多了許多的顧慮，如果此戰放在日本人家中打，高飛連毒氣彈都敢公然投放使用。
作戰計劃雖然是高飛制訂的，但是對外卻稱是參謀總部制訂的，在外人眼中看似危險重重的作戰計劃，高飛看來卻是微不足道，戰爭本來就是一場大冒險，戰爭的最大收益本身就在於冒險的程度，中國軍隊在總體戰略上進取不足的主要原因還是由於一些人刻意保存實力所致，導致各部隊之間尤其軍一級根本談不上什麼戰役配合與戰術協同，所以此番蔣介石在高飛制定的作戰計劃上又改動了一些，搞了個督戰隊的架勢，打得好兵員、武器優先補給，打不好直接撤銷番號，整編部隊就沒你的份了。
如果是以往蔣介石只能用懷柔的手段，不敢激化與雜牌部隊的茅盾，免得他們投敵叛國，現在形勢不同了，開羅會議之後，整個國家與民族都如同被點燃了一般，到處都流動着愛國的激情，國家的強大不是一日形成的，但是這種民族精神意志卻在一夜之間宛如一陣春風吹遍了華夏大地，中國軍隊上上下下精神氣勢爲之一振！
更爲主要的是蔣介石現在手裡有了資本，自然可以大批大批的給武器，給兵員，下面的雜牌部隊也沒有後娘生的感覺，而且絕大多數雜牌部隊的各級軍官都是非常愛國的，以前徵兵需要開槍圍捕抓壯丁，而現在徵兵點幾乎被擠爆了，尤其是青年軍的徵兵點，每次都會發生因爲插隊引發的拳腳相加，以往憲兵和兵站的徵兵隊都是防着跑了壯丁，現在是維護秩序，以前臭大兵丘八被人看不起，現在弘揚愛國主義精神，各個仰頭挺胸。
而且增設兵站補給站，可謂是一環連着一環，青年軍後勤部統管戰役作戰各部的運輸和分配，基本做到一碗水端平，杜聿明、廖耀湘、鄭洞國、王耀武這些高飛的老相識總合計多吃多佔，高飛無非從青年軍的份額中分出少許即可，對此其他部隊也毫無意見，少了軍政部物資供給處等等一系列的環節，前線官兵能吃飽了，貪腐事件也少了很多。
本質上是對軍政部起到了一個警示的作用，蔣介石的整軍整編工作也準備由此打開突破口，治理貪腐亡黨，不治理亡國，蔣介石也只好趁此東風良機準備清肅地方吏治，以軍管形勢暫時接替，蔣介石也清楚自己的行徑是在冒險，清黨豈能是一件容易之事，但是共產黨的先進作風與人民擁護的程度讓他嫉妒不已。
不過，此番昆明的美援物資大案還是牽動了蔣介石的神經，這種緊要關頭出這種問題，實在影響中國在國際上的形象，誰人能去查，蔣介石思前想後唯有交待給高飛，也只有高飛纔敢痛下殺手，自己也樂得清靜，最爲主要的是當前的戰局還不需要高飛這個青年軍總司令官兼遠征軍司令官親抵指揮，不過在高飛離開重慶之前，蔣介石還有一件非常重要的事情要與高飛商議。