因爲水間月在羣馬呆了三個月的關係，柯南這邊的主線有了突飛猛進的發展，現在給大家貼一段這三個月被摺紙直接跳過的主線劇情……當然全都是網上覆制粘貼的……
柯南發現電視臺女主播水無憐奈（代號基爾）是黑衣組織成員，並且有一個弟弟。水無憐奈在行動中受傷昏迷，被FBI送入杯戶中央醫院控制了起來。（425）Vermouth通過事後調查得知了水無昏迷住院的消息。（462-465）同時，一位和水無長得很像的男生本堂瑛祐調入蘭的中學，一些行爲與水無憐奈相似，引起柯南注意。（429）
在《紅與黑的對撞》（491-504）中，水無憐奈和本堂瑛祐的身份揭曉。水無憐奈（原名本堂瑛海）是CIA在組織中的臥底，本堂瑛祐是她的弟弟。柯南在杯戶中央醫院（水無住院的醫院）發現了假裝患者住院的黑衣組織成員楠田陸道。不幸因FBI打草驚蛇，楠田陸道自殺身亡，屍體下落不明。Gin等人也因此推測出了水無住院的地點。在水無憐奈的住院地點暴露給組織之後，柯南、赤井和已經醒來的水無進行合作，讓FBI探員安德烈?卡邁爾開車運送水無出醫院，水無假裝襲擊卡邁爾，回到組織，以進一步取得組織信任。
另外，我們也得知赤井秀一過去是宮野明美（Sherry的姐姐）的男友，潛入組織後表現出色，可惜因爲FBI探員卡邁爾的失誤，導致赤井秀一身份暴露，宮野明美被組織殺害。
水無回到組織後，組織頭目命令她殺害赤井秀一。水無成功槍殺了赤井，並引爆其屍體。屍體燒剩下的右手指紋通過與柯南手機上留下的指紋對比，證實死者是赤井秀一。
對決之後，本堂瑛祐拒絕了FBI的證人保護計劃，推理出了柯南的真實身份，並且打算加入CIA與組織鬥爭。同時，柯南彷彿對赤井秀一“殉職”的消息並不感到驚慌。（507-508）
水無憐奈提供了新情報——一個代號Bourbon（波本）的黑衣組織成員已經出動，其目標很有可能是灰原。（509）之後，三位身份可疑的人物相繼出場——衝矢昴（大學研究生，柯南主動邀請他住進了新一的家裡，509）、世良真純（轉學到小蘭班上的女高中生，以前在外國留學，自稱偵探，646）和安室透（在毛利偵探事務所樓下的波洛餐廳打工，自稱偵探，拜毛利爲師，667）。
而時隔三個月，現在的主線劇情已經是是世良真純的剛出場了幾集，安室透還沒有出場的位置。（651）