確實如衆人所料，郭致遠把這件事鬧得這麼大，陳子貞就算有心想幫他遮掩也遮掩不住，只得如實向朝廷彙報，其實即使陳子貞不向朝廷彙報，朱恭枵也不會善罷甘休，當代周王朱肅溱在聽了寶貝兒子一通哭訴後勃然大怒，親自跑去京城向萬曆皇帝告御狀！
此時東林黨人已經漸漸從“乙巳京察”和浙黨的黨爭中恢復了元氣，在朝中的影響力越來越大，就連接替李廷機任首輔的葉向高也偏向東林黨人，這個時候的東林黨人已經完全變成了一個嚴重排他的政黨，任何非東林黨人只要被他們抓住辮子都會遭到他們的瘋狂攻擊，現在郭致遠做出這麼膽大妄爲的事，東林黨人自然不可能放過這麼好的機會，彈劾他的奏摺如雪片般飛到萬曆皇帝的案頭！
萬曆皇帝一聽此事也是雷霆震怒，氣得當場拍了桌子，把案頭上的奏摺掃落一地，怒不可遏道：“這個郭致遠太無法無天了，他眼裡還有朕嗎？還有朝廷嗎？簡直是罪該萬死！……”
那些對郭致遠印象還不錯的大臣也不好幫郭致遠說話了，郭致遠連綁架周王世子這種大逆不道的事都做出來了，這個時候還幫他說話不是給自己找不自在嗎？所以朝堂上對此事的態度幾乎是一面倒的，就是一定要嚴厲處置郭致遠！
不過在如何處置郭致遠這件事上羣臣卻起了分歧，東林黨人的意見是直接將郭致遠按叛黨論處，派大軍去東蕃，將郭致遠緝拿回京城下獄治罪！
而溫和派的大臣則認爲郭致遠此舉雖然有些膽大妄爲，但直接按叛黨論處似乎有些過了，畢竟郭致遠並沒有公然造反，而且更關鍵的是如今朝廷國庫空虛，根本沒有能力發動一起大規模的平叛戰役，派去大軍去東蕃風險太高，若是打贏了還好說，若是打輸了呢，那不就更打臉了嗎？
當然後面的話沒人敢當着萬曆皇帝的面說出來，主持兵部的幾位大臣只是說調動大軍不易，朝廷還欠着大批軍餉沒發呢，能夠不動兵戈還是儘量不動的好。
這下輪到萬曆皇帝頭疼了，現在的他已經不復當初發動“三大徵”時的雄心勃勃了，他只想當個太平皇帝，能不搞事情儘量不搞事情，看着殿下爭論不休的羣臣，他有些疲憊地敲了敲額頭，這個該死的郭致遠怎麼就不能安分一點呢，朕已經睜一隻眼閉一隻眼了，你幹嘛非要逼朕呢？
此時內閣無人，萬曆皇帝能夠倚重的就只有首輔葉向高了，所以只能把目光投向他，拖長音調問道：“葉愛卿，你意下如何啊？該如何處置此事啊？……”
葉向高雖然偏向東林黨人，但是他此時一人主持內閣，等於一個人要幹好幾個人的事，也被繁雜的朝政事務搞得精疲力竭，所以不像東林黨人那樣不當家不知柴米油鹽貴，知道此時的明朝已經是一堵到處漏風的牆，能夠維持這堵牆不倒已經是極限了，根本沒有能力派出大軍去東蕃。
葉向高本身是福建人，雖然已經離開家鄉多年，但是通過家鄉親友的書信往來對郭致遠這個人還是有些瞭解的，方纔朝堂上一面倒地譴責郭致遠大逆不道，他也不好幫郭致遠說話，現在萬曆皇帝點了他名，他也不好不發表意見了，站出來道：“啓奏聖上，老臣以爲郭致遠確實膽大妄爲，公然綁架皇室宗親，不懲戒不足以正朝綱，但若說他有反叛之心，卻也未必，這些年東蕃一直按時向朝廷繳納稅銀，而且其父郭正域向來忠君體國，如今也在東蕃，絕不可能坐視其子行反叛之事，如今國庫空虛，確實不宜輕動兵戈，不若下旨將其降職，令其進京反省，再遣一能臣前往東蕃接替其任東蕃知府，觀其反應，若是郭致遠不肯接旨，則說明其確有反叛之心，到時再論出兵平叛之事不遲……”
萬曆皇帝一聽眼睛就亮了，他還惦記着東蕃每年上貢的二十萬兩稅銀呢，要是郭致遠真的反了，朝廷不就少了一條財路？將郭致遠降職，削了他的權，只要郭致遠肯來京城，就不怕他能翻天了，再派個能幹的大臣去接替他的位子，慢慢將東蕃掌控回朝廷手中，豈不是更好？
想到這裡，萬曆皇帝興奮地一拍巴掌，高興道：“葉愛卿不愧是朕的肱骨之臣，此議甚妙！那就按葉愛卿所奏，將郭致遠降職爲六品，即刻進京反省，另着吏部甄選能臣前往東蕃接替其東蕃知府之職……”
東林黨人雖有些不甘心，不過葉向高提到郭正域，他們也不好再死咬着郭致遠不放了，郭正域可是根紅苗正的東林黨人，雖然去了東蕃以後聯繫少了，但要說郭正域也和郭致遠一樣起了反叛之心，那豈不是打東林黨自己的臉嗎？所以也只能退而求其次，同意葉向高的提議，派人去東蕃接替郭致遠任東蕃知府。
本來像這種外放的肥差，朝中各派勢力歷來是要爭得頭破血流的，不過這次要派人去東蕃接替郭致遠任東蕃知府願意去的人卻很少，開玩笑呢，郭致遠連周王世子都敢綁架，這要是再犯起渾來，只怕知府位置還沒坐穩，腦袋就搬家了，傻子才願意去冒這個險呢？
這個時候東林黨人當仁不讓地站出來了，你們不敢去，我們派人去！不得不說東林黨人中還是很有些不怕死的，像著名的“東林六君子”楊漣、左光斗等人都是出了名的硬骨頭，尤其這個時候的東林黨人更是個個以敢於向皇帝死諫自傲，拋開歷史功過不論，僅就這一點論東林黨人還是有其可敬之處的。
東林黨人攬下了這個燙手的山芋，不過他們也知道要對付郭致遠絕不容易，郭致遠如果沒兩把刷子也不可能在東蕃開創如此局面，讓朝廷都投鼠忌器了，所以這個派去接替郭致遠的人除了要不怕死外，還要對郭致遠足夠熟悉，不會輕易中了郭致遠的圈套，最後東林黨人商量來商量去，決定派郭致遠的一個老熟人去接替他。
（注：葉向高(1559年9月1日-1627年10月7日)，字進卿，號台山，晚號福廬山人，福州府福清(今福建福清市)人。萬曆、天啓年間兩度出任內閣首輔。關於葉向高是否屬於東林黨人，史上頗有爭論，在魏忠賢閹黨黨羽王紹徽等撰寫的所謂《東林點將錄》中，曾將葉向高列爲東林黨黨魁，不過筆者翻閱諸多史料，覺得葉向高雖然在政治傾向上偏向於東林黨人，但在其主持朝政期間，其作爲和東林黨還是有區別的，並不是真正的東林黨人。）