斷與綱手的戀情以及斷得到了火影項鍊的事情雖然不是什麼秘密，但木葉村中知道的人卻不多，而魂葉真是這爲數不多的人之一。
自從繩樹遇襲的事情之後，魂葉就一直靠分身觀察着斷的情況，所以她幾乎將斷與綱手的感情發展完全看在了眼裡。
而當她看到斷竟然還是得到了火影項鍊的那一刻，她的心情頓時震驚不已，她本以爲自己成功救下了繩樹的性命，綱手就算與斷在一起，斷也不會再得到火影項鍊，但現在在歷史發展的不可抗力之下，斷竟然還是得到了項鍊，那他之後也肯定還會再遇到危險。
但魂葉依然沒有放棄，她如同之前保護繩樹一樣，每天都放出一個分身守護在斷的身旁，不過這次暗中的保護卻要比上一次要多了很多難度。
因爲斷如今是活躍在木葉與霧隱村的戰場上，所以魂葉要在跟蹤斷的同時，還要躲避木葉和霧隱村兩邊忍者的探查，而且斷本身就是感知型的忍者，感知能力極爲出色，魂葉好幾次都險些被斷給發現，最後只好無奈的解除分身，才避免了被發現的下場。
在這種複雜的狀況下，魂葉也無法給予斷密不透風的保護，所以斷最終還是慘死在戰場上，而他慘死的時間距離他與綱手在一起的時間纔不到一個月。
本來綱手的心情已經恢復了一些，但斷的慘死卻如同一擊重錘，還不容易將她心中建立起來的信念全部摧毀，綱手一瞬間就跌入了更深更黑暗的痛苦深淵，不僅心情再次跌落低谷，還因爲斷的那血肉橫飛的屍體而患上了恐血癥。
由於患上了恐血癥，綱手不但無法再做忍者，就連她所擅長的醫療忍術在面對傷者的時候也無法再用出，綱手一瞬間從木葉人人敬仰的醫療大師淪落成爲了一無是處的廢人。
於是在失去戀人和成爲廢人的雙重打擊之下，綱手只好選擇了一走了之，獨自一人默默的離開木葉，漫無目的周遊世界，在散心的同時，也尋求治療自己恐血癥以及爲繩樹恢復雙腿的方法。
綱手走後沒多久，自來也也完成了對長門三人的教導，然後回到了木葉。
回到木葉後，迎接他的人卻只有大蛇丸一人，他當即疑惑的詢問綱手的情況，而大蛇丸則立馬一臉淡然的將綱手最近的遭遇全部告訴了自來也。
聽到綱手的遭遇後，自來也迴歸的喜悅瞬間消失不見，恨不得立馬外出去尋找綱手，爲她送去自己的關懷，但如今木葉還在與霧隱村大戰，村中正是缺人的時刻，他無法拋棄村子立刻走開。
於是他只好選擇了留下了，與大蛇丸一起進行戰鬥。
有了自來也的加入以及根組織的協助，木葉與霧隱村的戰爭很快就結束了，然後自來也也選擇了離開木葉，踏上一邊繼續寫作，一邊繼續尋找命運之子的旅途。
三忍之中的二人接連離去，只有大蛇丸一個人還繼續留在村子，也只有大蛇丸看似一切都還正常，但他其實在目睹了綱手接連痛失親人的痛苦後，心理也遭受到了巨大的衝擊，他開始恐懼生命的脆弱，還怕自己的生命有一天也會這麼脆弱的熄滅。
於是在一番心理糾結後，他毅然決然的踏上了研究長生不死的道路，而他研究的首要目標，就是扉間留下的一系列禁術。
扉間留下的禁術有許多，每一個種也都很強大，甚至其他人只要能夠學會其中一種忍術就足以成爲頂級強者，例如飛雷神之術、多重影分身之術、穢土轉生之術等。
而在這些寶貴的禁術之中，大蛇丸卻唯獨鍾愛其中的一個忍術，那就是穢土轉生之術。
穢土轉生是扉間研究出來的一種可怕禁術，可以藉助人的細胞，將已死之人的靈魂召回人世間，然後把其他人的身體獻作爲祭品，將已死之人以實體的方式復活，然後幫助施術者進行戰鬥。
大蛇丸對這個忍術感興趣的點不只是這個忍術可以利用已死之人戰鬥，還有很重要一點，就是已死之人的靈魂其實還是在某個地方以特殊的方式存活着。
研究出這些東西后，大蛇丸腦海中突然回想起一段話。
“人死靈魂不滅，人死的只是他的軀殼，但他的靈魂卻還可以重新輪迴，然後換種方式，忘記前程，繼續活着。”
這段話是當初恆飛跟大蛇丸聊天時隨意說的，現在卻成爲了大蛇丸研究不死的方向。
“只要我能研究出一種忍術，替代自然的輪迴，然後自己隨意掌握靈魂輪迴，不但可以長生不死，說不定還可以控制自己以後輪迴的身體，然後掌握世間最強的血繼限界！”想通了靈魂輪迴長生的問題後，大蛇丸又聯想到許多東西，不禁越想越興奮起來。
想到這些，十分興奮的大蛇丸便立馬展開了行動，要想研究穢土轉生之術，那就需要人體進行研究，如今木葉與霧隱村的戰鬥雖然已經結束了，但霧隱卻留下了許多忍者屍體。
而大蛇丸剛開始也沒有那麼變態，不想用活體和自己村子忍者的屍體研究，於是就小心翼翼的私藏了一些霧隱村的忍者屍體，獨自開始從事研究。
可是隨着時間的推移，大蛇丸對屍體的需求量越來越大，甚至已經開始需要活人作爲實驗體，正所謂常在河邊走，哪有不溼鞋，大蛇丸的拿屍體做研究的事情很快就被人發現了。
...
魂葉自從加入根後，先是經歷了很長一段時間的精神教育，待到所有被召進根組織的人都已經表現出對團藏堅定不移的忠誠之意後，這個精神教育才終於告了一個段落。
而後魂葉被任命爲一個小隊的隊長，帶着一個五人小隊去霧隱村執行了一次情報搶奪的任務，這次任務雖然要深入霧隱村，但以魂葉如今的實力，很快就有驚無險的完成了這次任務，成功的爲根組織帶回來一堆重要的霧隱村情報。
完成這個任務後，還不待魂葉休息一段時間，團藏又突然召見了她，然後要魂葉在深夜陪同他一起去執行一個特殊的任務。
對此魂葉自然不會拒絕，於是就在根的基地一直等到了深夜，然後約麼到了快要凌晨的時候，團藏終於展開了行動，帶着他和另一個經常陪在團藏身旁的那個帶面具名爲暗的忍者，一同悄悄的離開了根基地，然後向着村內一個僻靜的地方飛掠而去。
而待到他們來到目的地，魂葉卻不禁瞳孔一縮，因爲他們來到的地方正是大蛇丸所居住的房子。