黑暗之珠重現人間，埃及彷彿回到了幾百年前與阿佩普大戰時的情景。
很快，舒神他們就發現了人間永遠的黑暗，陽光灑不到土壤上，許多動物因此而死，本來就稀少的植物在短期已經死亡殆盡。
瑪特自從得到黑暗之珠後就不能再控制自己的力量，因爲阿佩普爲黑暗之珠注入了對埃及神祇的仇恨。
當瑪特得到黑暗之珠的剎那，她就已經變成了和阿佩普一樣的邪神。現在她的心裡只有一個使命，推翻拉神統治。
所以瑪特守在拉神每天必經的道路上，拉神已經因爲黑暗之珠突然重現人間而變得憂心忡忡。
他們普遍認爲是被放出去的阿佩普所爲，誰也沒想到黑暗之珠竟然在瑪特手裡，直到拉神在他每日巡遊的路上見到了瑪特。
瑪特一直處於黑暗中，她的眼睛已經適應了黑暗。現在拉神身上的光芒反倒刺激到了瑪特。
“是你？”
拉神驚訝地望着瑪特，他發現瑪特已經妖化了。她的頭髮凌亂地披着，眼睛裡透露出一股邪惡的殺氣。
瑪特現在已經把拉神當成最大的敵人，所以當她看到拉神時，便迫不及待地向拉神發動進攻。
黑暗之珠的力量讓瑪特的神力增強數倍，她朝拉神怒吼一聲，聲波就讓拉神難以忍受。
拉神見瑪特如此厲害，於是一邊向瑪特射箭一邊逃跑，但瑪特根本不放過拉神，她在後面緊追不捨。
瑪特眼見追不上拉神，於是她將黑暗之珠扔在空中，黑暗之珠迅速將周圍籠罩，拉神的太陽船在空中動彈不得。
和拉神在一起的神包括西亞、赫卡和胡，西亞幫助他洞察，赫卡爲他提供魔力，而胡則爲他發佈命令。
不過現在拉神和三個陪伴他的附神加起來都不是瑪特的對手，瑪特利用黑暗之珠將他們囚禁，隨後黑暗之珠放出了蘊含在其中的惡念，這些惡念將拉神等擊落在地。
瑪特本來想殺掉拉神，但是拉神作爲至高神明是永不死的，除非命運認爲拉神已經活到了盡頭。
瑪特殺拉神而不得，於是殺了他身邊的三個附神。現在，瑪特已經親手染上同胞的血，但她渾然不知。
她將拉神囚禁在了黑暗之珠裡面，變成了鴕鳥的樣子，在天空中飛翔。
她有一個明確的目的地，但只有她自己知道。
瑪特飛到了一處杳無人煙的地方，這裡就是曾經被瘟疫過的城池，現在已經變成了一座荒城，連沙鼠也不願意走進這座城。
但瑪特不受控制地來到這裡，因爲她要將黑暗之珠還給她的主人。
“主人，我已經將拉神囚禁在黑暗之珠裡。”
瑪特將黑暗之珠獻給他的主人，這時候拉神透過黑暗之珠認出了眼前的這位怪物，他正是阿佩普！
阿佩普對着黑暗之珠裡的拉神說道：“老朋友，沒想到吧，現在該你淪爲階下囚了。”
阿佩普在得到黑暗之珠之後便帶着瑪特永遠隱去了，他們藏身在這座荒城底下百丈深的地方，很久沒有露面。
而埃及那些正義的神祇在拉神失蹤之後都希望由舒神先接掌拉神的權力。
但是另外一些神祇則希望伊西斯的兒子荷魯斯接掌拉神的權力，因爲拉神曾和荷魯斯合併，使得荷魯斯也有了和拉神相通的屬性。
兩派人爭執不下，舒神擔心埃及神域因此而大亂。
“諸位神明，我們的心裡只有一個埃及。現在拉神失蹤，我們急需要一個神明成爲埃及諸神暫時的領導。不管那個人是我，還是荷魯斯，我認爲他都能夠很好地執掌埃及。”舒神說道，“所以我願意將這個位置讓給荷魯斯。”
衆神爲舒神的決定而震驚，但是舒神既然這樣說了，衆神也無法反抗。
於是衆神一起將伊西斯和奧西里斯的兒子荷魯斯推上了埃及神王的位置，哪怕只是臨時的。
伊西斯爲舒神的深明大義而感動，因此她決定只要荷魯斯坐穩埃及神王的位置，她便不再針對那些曾經忠誠於拉神的神明。
爲了保證荷魯斯的神王位置千秋萬代，伊西斯派了許多神祇去尋找拉神的屍體，但是他們都沒有找到。
不過，荷魯斯的妻子哈托爾在冥府之眼附近發現了拉神的太陽船和死去的三位神祇，她將這些屍體和太陽船帶回萬神殿時，伊西斯有了主意。
“現在，哈托爾已經找見了拉神的遺物和三位忠誠的神明的屍體。”
“可是並沒有拉神的屍體。”泰芙努特說道。
“因爲拉神變成了羊的樣子，所以他的屍體被一位誤靠近冥府之眼的獵人給拿走了。他們已經將拉神的屍體吃掉了。”
衆神仍然很懷疑伊西斯的話，但是伊西斯馬上提供了證據，她拿出一塊公羊的骨頭說那是她從獵人那裡拿來的。
“我們仍然不相信，除非我們聽到那個獵人親口說拉神的屍體已被他吃掉。”蓋布說。
於是伊西斯帶着衆神來到人間，他們來到一個獨居的男人的院落。
“我是伊西斯，我們之前見過的。你說你前不久撿了一隻死去的公羊，它的旁邊還有三個人的屍體，對嗎？”
“對的。”
“那三個人長什麼樣子？”蓋布追問道。
“這我哪記得，我看到死人冰冷的臉就害怕。我只能記起來其中有一個女人，即使死了也不斷閃出五顏六色的光。”
“西亞。”蓋布反應道。
現在，衆神儘管仍然有些懷疑，但是他們已經有些相信了。
當衆神回到萬神殿時，伊西斯便向衆神提議說：“拉神已永遠離開我們，不如讓荷魯斯成爲正式的埃及神王。”
“你不要着急，伊西斯，再過一段時間吧。”
蓋布依然不相信拉神已經死去，因爲他不願意輕而易舉地將王位讓給荷魯斯。