黃超有意學習尼奧的做法，只會改變一點細節，因爲救世主事件，實際上是造物主策劃的，他在矩陣中表現爲造物主，一個白西裝老頭，在外面則是機械大帝，完全由小型章魚組成人臉。
他沒有實體，是一種意志存在，所有模樣噁心的機器人，都可以看作他的肢體：這又是克魯蘇神話的暗示。他們操控着錫安，墨菲斯一直表現地很堅定，然而他真的是被騙了。救世主本來就是個謊言。
黃超不想表現地太強，這會讓造物主感到他失去了控制，也不能表現得太弱，否則先知那邊可能要挑選新的替代者。而萬幸的是，他知道尼奧應該做到什麼程度：他是看過電影的。
所以現在黃超複製了電影里尼奧的行動，衝進去救墨菲斯，只是多帶了幾把槍。槍支這些東西在矩陣中是“合法”的，所以他們可以攜帶。這是程序的一個漏洞，但是無傷大雅。黃超感覺自己也能編碼出核彈，但是他摧毀的建築，在一個呼吸間就可以再生，他殺掉的只有那些作爲電池的人類意識。
“我們不需要太多人，隊伍要儘量小，人數對於特工沒有意義。”黃超淡然地說道，把兩個本該死掉的醬油成員留在了外面。
他和崔妮蒂進入矩陣中，兩個人像電影一樣，襲擊了特工所在的大樓。他們引爆了電梯間，沿着纜繩直接升到樓頂。
黃超壓制實力，沒有展現飛天遁地的神奇之處，但是他手上的槍支就像死神的宣告，敵人在他面前瞬間就被爆頭。黃超咧嘴笑了笑：“這個實景射擊遊戲，玩得真是爽。”
天台上被清理乾淨，一個特工衝了上來，黃超跟他糾纏一會兒，互相躲子彈玩。這是反應能力和時間流速的共同作用，兩個人都影響了程序空間。如果在現實裡用這種速度躲子彈，衣服早就被扯爛燒燬了。
特工最後被一旁偷襲的崔妮蒂擊斃，兩個人之後開直升飛機救出了墨菲斯，他們在一個車站返回現實。墨菲斯和崔妮蒂先回到了現實，然後史密斯佔據了流浪汗的軀殼，打碎了電話機。
黃超和史密斯相對而立，坦克等人大喊：“尼奧，快跑！”但是黃超聽不到他們在說什麼，矩陣裡的黃超也沒有移動。墨菲斯欣慰地說道：“他已經覺悟了。”
在外面世界衆人的圍觀中，黃超和史密斯開始了一場大戰。這對史密斯來說是一場苦戰，而黃超完全是把實力壓制到和他一樣，然後裝模作樣地進行對抗。
黃超這次拖延的時間很長，史密斯皮糙肉厚，黃超一般的攻擊，根本不能讓他失去戰鬥力。黃超懶得再跑，一直拖到另兩個特工過來，他們開槍射擊，然後黃超一手伸出，擋住了子彈。
“我等這一幕等了好久啊。”黃超在心裡不耐煩地想道。在對打過程中，他早就看透了史密斯的程序，他衝進史密斯的程序中，把他摧毀了。
外面的人已經無法解碼，但是他們猜到一件事：尼奧消滅了一個特工！船艙裡響起一片歡呼，這意味着尼奧真的是救世主，他已經開始做出“奇蹟”的事情。
黃超的精神附着在史密斯的程序碎片，沉入了世界表象之下的大循環中。在這裡程序碎片應該消失，然而史密斯的程序碎片，卻在某種“意外因素”的作用下開始重組了。
“尼奧怎麼了，他爲什麼站住不動？”外面的人焦急地看着黃超，現在編碼恢復正常，黃超所在的地鐵站臺只剩下他一個人。
黃超站立不動，生靈空間內部的運算核心已經運轉到極限，他追蹤史密斯的殘片到達了矩陣最深處，這是程序起源的初級編碼，這是智能的起源。黃超所在的位置，空間突然發生了一陣波動，牆壁顯出水波一樣的起伏。一張破舊報紙飛了過去，下一秒，一章同樣的破報紙飛了過去。
這片空間已經不穩定了。黃超的眼中閃動着不同的神采。生靈空間中，計算核心在發出一聲輕微的爆鳴，內部有淡淡的煙霧滲出，計算核心已經失靈了。
黃超沒有停止，現在他已經不需要這個外置輔助設備。矩陣是一個共用的程序世界，這裡沒有一個完整的掌握者，造物主沒有全能的實力，否則他根本不必被“異常因素”困擾。
在大量人類精神注入後，這個世界已經有了自由不可控的特質，那是所謂“自由意志”。這完全是爲了讓主角能贏，得益於這些幫助主角的設定，黃超在程序深處，展開了自己的精神世界。
這本來就是一個虛無的空間，精神沒有極限，解放心靈就可以不受世界束縛。而黃超的能力，更是與這裡高度適應，一個史密斯正在形成，黃超分出的心神，再次改造了一個軀殼，站在站臺的黃超露出一點微笑。
他醒了過來，和外面的人取得聯繫，退出了矩陣，但是他還和矩陣世界緊密相連，他的精神跟隨代碼的轉化，一份意念把自己整容爲史密斯，而其他精神力量，開始覆蓋矩陣的世界。
黃超在頭腦特工隊曾經有過一個精神世界，現在他解放心靈，將它重新釋放出來了。精神力開始演化世界，在這個過程中，它正在吸收矩陣的營養。
現在的黃超，就像是一邊走路一邊玩手機，分心數用對他來說，太常見了，但這跟意識分裂完全不同。黃超只有一個意志，如果說普通人都在玩單人動作冒險遊戲，一次用一個人物，黃超現在就是在玩多人策略遊戲，他操控了數個人物，但玩家也不會因此精神分裂。
真實黃超再次分裂，外界黃超睜開了眼睛，他露出淡淡的笑容：“很好，我們大家都沒事。”
黃超在船上受到了熱烈歡迎，拉皮條的小子和怪聲怪氣的叛徒掛了，船上的氣氛變得比以前還和諧。
然後他們開始拯救人類，把那些意識到矩陣世界的人接到隱秘地點，然後給他們吃藥，他們就會退出矩陣，被外面的接應者接走。黃超負責處理一切意外。