在這場突然爆發的戰鬥中，黃超分爲無數心神在不同地方戰鬥。
張浩所在的三艘頂級攻擊艦接到的黃超的訊息。他出現在他們的顯示屏上：“穿越戰線，立刻向機械城市進發。”
在大戰場中，有三艘攻擊艦脫離了序列，筆直衝入了烏賊羣中，上面的人提心吊膽，然而什麼都沒有發生。他們融入了機械怪物的軍團中，烏賊給他們讓開了道路。
黃超做的很簡單，把這三艘船識別爲友軍。
黃超一把掐死了一個特工，他在他手上抽搐兩下，徹底死掉了，化爲數據碎片消失。與此同時，附近一座小山山頂突然爆炸，爆炸看起來不嚴重，可是這周圍的區域都有種失真現象。
“好，去下一刻地方。”黃超飛身而起，前往另一個矩陣節點。在他身後的丘陵中，不是有爆炸的火光傳來。這個地區的特工都被他徹底殺死，這些人幹活也能快一點。
黃超的意識聯入上千只組成集團衝鋒的烏賊，一個停滯的命令發出，讓它們面前失去電磁脈衝的飛機離開。下一刻，新的襲擊者已經來到，轟，滋滋，電磁脈衝席捲了這一整團烏賊。
回航的飛行器落下，人們與自己的隊友相擁慶祝，同時搭在新的電磁脈衝準備再次出發。
“就好像老天爺在保佑我，眼看烏賊要衝到我前面，他們動作一顫，又滑倒兩邊去了。不知道他們是怎麼搞掉了烏賊的指揮中心啊。”人們互相說着自己的幸運遭遇，讓戰爭看起來也不那麼恐懼。
幸運的事情有很多，但如果每個人都能從脈衝攻擊後平安返回，那就不只是幸運了。基地中的黃超接到指揮官王傑的詢問：“每一次烏賊都讓開了人類，我們到現在還沒人傷亡。所有的那些巧合，都是你做的？”
黃超笑道：“應該是老天保佑吧。”
王傑沉默了，良久說道：“我一直覺得錫安被救世主的謊言欺騙很可笑，但是現在我開始相信了。真讓人高興，救世主也是我們自己人。”
黃超和墨菲斯等人按照計劃炸了電站，進入通往萬物起源的大樓，鑰匙人給他們打開了一扇通往後門走廊的門。
墨菲斯一臉嚴肅，當先走入潔白的走廊，黃超也是表情淡然地走了進去，一點沒有驚訝。
雖然他現在在另一邊正好碰到了先知。
另一邊的黃超猙獰一笑，與史密斯分毫不差，對攔在他面前的先知說道：“終於我見到了傳奇人物先知，真是令人高興的相會。你不是一直在躲避我嗎，是什麼讓你敢站到我面前？”
史密斯黃超是一條戰線，而這裡又有許多個史密斯黃超，他們現在還是保持着特工史密斯的相貌，學着他囂張欠揍的說話方式。
先知沒有懷疑，兩個人互相嘲諷幾句，先知說道：“動手吧。”
黃超知道先知其實是故意送死，她被史密斯感染根本不會死，史密斯會變強大，造物主無法控制，只能和尼奧妥協，答應不再消滅錫安。尼奧到時候會犧牲自己挽救矩陣，而先知成爲最大贏家。矩陣、機器人、智能程序從此將按她的路線來發展，她也幫助了人類，還可以釋放“不想待在”矩陣中的人。
黃超把手插進了先知的手腕裡，黑泥涌出，覆蓋了先知，她變成了另一個史密斯。在矩陣深處，戰鬥纔剛剛開始。所有的黃超意識，在這一霎那都有了停頓，先知在矩陣深處有着極爲複雜的佈置。
矩陣越混亂，黃超精神世界覆蓋的越多，直到現在，造物主和先知都還以爲這是時空的程序史密斯。
在走廊中，黃超有片刻的失神。墨菲斯聽到他停下腳步，回頭疑惑問道：“尼奧，你還好吧。”黃超露出一個讓人放心的笑容：“沒事。”
他們繼續前進，走廊中沒有人攔路，三人順利進入了走廊盡頭。
鑰匙人從脖子上摘下一把鑰匙遞給黃超：“這是屬於你的，你知道是哪扇門。”他又指向另外一扇門，對墨菲斯說道：“墨菲斯，那扇門，會帶你回家。”
黃超站在門前，在編碼的視野中，這扇門散發着不尋常的光芒。黃超墨鏡下的眼睛閃過一絲笑意，他把鑰匙插進門把手，緩緩擰動。從門縫中射出來白熾光芒，最後將他完全吞沒。
黃超來到了一個周圍全是顯示屏的空間，在他面前一個原本背對他的辦公椅轉過來，上面坐着一個白色西裝老頭。
“你好，尼奧。”
“對不起，你認錯人了。”黃超平淡地說道。
機械大帝計算了黃超回答可能，一一顯示在周圍的屏幕中，就爲了給黃超心理壓力。但是他竟然沒有顯示出這個回答！因爲這回答概率太小，而房間牆壁顯示器有限。
“原諒我，你在說什麼？”造物主，也就是機械大帝，他已經操作過五次“救世主事件”，還從來沒想到，救世主竟然會在他面前這麼說。
“我是造物主，我建造了矩陣。”他不給黃超回答的機會，直接介紹起自己，想以此掌握談話的主動。他正要往下說，黃超卻舉起了一隻手：“原諒我打斷你的話，這一切我都知道了。你好，我是黃超。”
自從機械大帝建造了人類電池梯田，每隔二三十年就會出現嚴重問題，這恰好是一代人成長的時間，每一輪都會有人覺醒特殊的力量。覺醒者總是尼奧那個年齡段的年輕人，帶着叛逆思想的年輕人。這是矩陣融合人類精神力造成的異常因素，也可以看作機械大帝沒有氣運、註定被推翻的預兆。
機械大帝爲此建立了錫安，引導這種異常因素，讓他最後被迫犧牲自我，迴歸萬物之源，把他從矩陣中帶走的編碼送回來。錫安就是專門爲了在這種時候威脅救世主。
每一次錫安人都會被殺光，機械大帝會按照承諾，派出二十三個人重建錫安。然後就是一輪新的謊言，機械大帝想給人類編造經歷很簡單，只是一個小虛擬世界，他會釋放裡面的人，那些人會被安置到錫安，他們會以爲自己戰鬥了很多年……
過個二三十年，新的異常就會發生了。