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“全面禁止出入總部設施？”總指揮室內，伊吹拿着一杯熱咖啡一臉驚訝道。
“啊，說是要保持第二級戒備。”日向無奈道。
“爲什麼？碇君。。。最後的使徒不是被消滅了嗎？”
“啊，所有的使徒都應該已經消滅了。”青葉說着。
“這麼說，世界不是應該和平了麼。”
“那，這裡呢？eva要怎麼處理？”伊吹嚼着餅乾詢問道。“前輩也不在這裡。。”
“大概，我想會被解散吧。至於我們以後怎麼樣，只有天才知道。”略帶遺憾，青葉看向了整個指揮大廳。
“啊，大概在補完計劃之前，我們都只能靠自己撐下去吧。”
人類補完計劃。將人類這種已走上絕路的殘缺羣體用人工進化的方式使其變爲完全的單生物體。是的，nerv在消滅了最後的使徒後，這個就開始試行，雖然知道這個計劃，但是所有人卻不知道這個事情的真相，而唯一知道真相的，只有碇源渡和冬月，當然，還有得到加持情報的美里。而此時的美里已經被軟禁在了自己的公寓，在沒有進一步計劃之前，她除了前往nerv外剩下的外出行動幾乎都有人監視。
距離真嗣死亡已經有一週之久，這一週來，不僅是她，就連麗和明日香都也一起活在陰影中。如果不是勉強的因爲真嗣一句話而努力活下去，相信現在的明日香和麗，早就崩潰了。
而真嗣的死十分的可悲，被n2地雷炸的屍骨無存，唯一留下的是真嗣一直掛在脖子上的一串水晶項鍊。對此，就連技術部門也很吃驚，那樣的爆炸，竟然沒有把這區區水晶炸碎。不過對此，美里沒有說什麼，只是十分強制性的將項鍊回收。衆人也沒有因此而反駁，官小的管不了，官大的沒時間管，此刻冬月和碇源渡正忙着施行自己的補完計劃，哪有時間管一條項鍊。
“第三適格者的消失，朗基奴斯槍也還在月球未回收，老人們計劃的兩大重要組成因素都被我們破壞，老碇，這一次不會善罷甘休的。”辦公室內，冬月藉助微弱的燈光自顧自地下着將棋。
“啊，差不多要發展總攻了吧。”碇源渡坐在自己的巨大辦公桌前一臉冷漠道。“去把駕駛員們叫來吧。
“嗯？要做最後的抵抗嗎？”冬月手中的將棋停頓了一下。“但是，二號機駕駛員此時的狀態可不太好啊。”
“沒關係。”碇源渡的話語絲毫沒有情感。“只要不讓輕易得到二號機就夠了。”
“那麼，麗呢？”
“。。。。。。”
“這樣嗎？呵，真是可悲呢。”
當夜，美里的公寓，房間裡很安靜，只能聽到少女的抽泣聲，是的，哭泣的人是明日香。真嗣的死對她來說是一個致命的打擊。對於明日香來說，真嗣的出現彷彿是將她的生命劃入了另一個軌跡般。但是真嗣的死，就像是希望之光的破滅。不論真嗣身份與否，在明日香的心裡，真嗣永遠是那個可以讓自己依靠的人。可是如今這個人消失了，明日香心中的那抹溫暖的陽光也被陰霾所遮蔽。哭喊，瘋狂，絕望，再到沉寂。明日香在一週內將自己的心完全的封閉了起來。而另外一邊。真嗣的死對麗的影響也非常大，不說別的。只是那從新掛滿冰霜的俏臉，看着就令人感到陌生。漆黑的房間中，麗並沒有開燈，而是靜靜的趴在牀頭，看着眼前的水晶項鍊。沒有說一句話。
叮鈴鈴。。叮鈴鈴。。。
沒過多久，麗手機的鈴聲便打破了房間中的寧靜。接起電話，另一端傳來了一個異常冷漠的聲音。
“想要再見到真嗣麼？”一句冷漠的話語卻讓麗紅色的眼眸微微收縮。“那就來我這裡。完成契約。”
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次日凌晨五點五十五分，早就來到nerv的美里，此刻正坐在網絡線路的狹小隔間裡用鍵盤敲打着什麼。在昨晚接到nerv的命令後，美里帶着麗和明日香一起來到了nerv，並同時被命令從此刻開始，nerv總部設施開始嚴禁出行。似乎是聞到了真相的氣息，美里並沒有在自己的房間等待，而是拿着加持給她的芯片，來到了網絡傳輸線路室，將芯片插入了電腦中，開始調查第二次衝擊的真相。經過了一晚的忙碌，終於，在這個時間的時候，美里將所有的真相盡收眼底，也明白了自己該怎麼做，更是連同真嗣計劃的後續操作，也一同知曉。
是的，真嗣的死的確意外，但是他在之前留給自己的信息，以及加持留給自己的情報告訴她，此時此刻，來到這裡是正確的選擇。
“原來是這樣啊。第二次衝擊的真相。”寒冷的線路室，美里黛眉緊蹙。眼前屏幕上出現的信息讓美里的思緒徹底明朗了起來。第二次衝擊的真相，以及第三次衝擊的預測，還有le，以及真嗣的計劃，都瞬間擺在了美里的眼前。
滴滴滴！！！！
“被發現了！”一陣急促的警報聲響起。剛剛還滿是信息的電腦，此刻已經變成了滿屏幕的警告標示，驚得美里蹭地站了起來，手裡的手槍也上膛完畢。隨時迎接敵人的到來。但是久久，房間裡沒有任何迴應，而後美里才反應過來。並不是被發現了，而是，開始了！
滴！滴！！滴！！！
巨大的警報聲與早上六點正瞬時響爆了整個nerv總部。
“第六網域無法通訊，強羅防衛線直通線路無法接通，外部通訊無法接通。”工作人員緊張的報告着。
“左側切換到藍色的緊急通訊模式，就算打開衛星也無所謂，沒錯就這樣下令，右邊的情況呢？”司令臺上，冬月看着狀況不停地指揮着。
“鏈接外界的整個網絡數據線路都已經被單方面截斷。”
“目標。。。是magi麼。”冬月面色凝重。
“所有的外部終端機都有數據入侵。目標直指magi。”
“果然嗎？入侵者是鬆代的magi二號機麼。”冬月一臉果然如此的表情，可惜，答案並不是他想的那樣。
“不，只要有五組magi型機組。可以確定的有來自德、美、中、三國的入侵。”
“看來是全力出擊了啊。一比五的實力差距，形勢極其惡劣啊。”
“第四防火牆被突破。主數據庫封閉。。。不行，無法阻擋入侵。”
“與此同時，外殼部也被入侵，備用迴路無法阻止。”
“棘手了啊。。佔領了magi就相當於佔領了總部。要怎麼做。。。老碇。”
“。。。叫她來。”只是簡單的一句話，碇源渡就給了這次的的命令。
很快的，傳令兵就帶着文件向着nerv的囚禁室走去。而另一邊，從線路室逃出的美里也來到了指揮台。
“狀況呢？”
“早安，前不久第二東京已下達號命令，既廢除特務機關基於特權所獲得的法律保障，以及將指揮權移交給日本政府。就在剛剛，已下達了最後通牒。magi也開始遭到入侵。我們的處境十分惡劣。”日向彙報着當前的情況。
“magi的防禦工作呢。美里詢問道。
“律子博士剛剛進行了防禦作業。”伊吹報告着。
“律子？”美里詫異，順着指揮台向下望去，只見人格已經升起，一條條線路正向內連輸着。“還要多久？”美里沒有多想爲何此刻律子會被從囚禁室放出來。只是淡然的問道。
“兩分半，真不愧是律子博士，很快就將防火牆完善到如此地步。”
正說着，沒有一會兒，已經被入侵了99%的magi就恢復了系統，被666號防護所凍結。入侵nerv總部的前哨戰也算正式結束。
“但是，入侵magi也僅僅是剛剛開始。的目的應該是佔領總部以及裡面的四臺eva機體吧？”司令臺上，冬月和碇源渡討論着。
“啊，如今莉莉絲和亞當都在我們的手上。”
“呵呵，也難怪老人們會着急，畢竟他們已經沒有任何籌碼了。”
“嗯，相信他們馬上就要全面入侵總部了吧。”
嘶嘶。。。
話音剛落，碇源渡耳朵裡就聽到了一陣細微的聲響。擡眼看去，只見監控雷達的屏幕已經逐個的熄滅。
“第8至17號雷達失去響應。特科大隊正從強羅防衛線方面入侵。御殿場方面也有兩個大隊正在接近中。三島方面也偵測到3支航空部隊接近中。”
“果然，人類最後的敵人還是人類啊。”冬月不由得嘆了一口氣。
“全員，第一戰鬥部署。”碇源渡下命令道。
“戰鬥部署？”伊吹甚至懷疑了自己的耳朵。“可是。。。對手又不是使徒。”
“沒辦法啊，敵人可不是這麼想的。”日向安慰道。“不管怎麼說。開始吧。第三東京市進入武裝狀態，熱導彈開啓。對敵做出反擊！”不同於伊吹，日向反而果斷的多，或許是因爲此刻美里在身旁，亦或者，是因爲他也只是想活下去罷了。
但是，雖然做出了迴應攻擊，沒有多久，一陣陣的警報再次傳入了大家的耳朵。
滴！滴！滴！！！
“臺嶽隧道使用不能，西側五號運輸通道發出火警。入侵部隊已經攻破第一層了。南部中繼站封閉，戰鬥人員請將入侵部隊誘導至第七通道。”警報響起，工作人員們立即進入了緊張的對敵工作。一項項工作命令與報告傳進了美里的耳朵裡。
“西館的部隊只是幌子，如果真正目的是要搶奪eva對方就會鎖定駕駛員！”美里定奪道。“馬上讓明日香乘上二號機待命。一旦機庫被入侵就立即發射到地下湖裡。六號機插入傀儡栓後立刻發射到進行防禦工作。”
“是，但是，二號機不協助六號機嗎？”伊吹問道。
“六號機的傀儡系統命令是破壞眼前一切事物，二號機很有可能成爲被攻擊的目標。”美里蹙眉的說道。“而且，現在明日香的情況。。。算了，不說這個，麗去哪裡了。”
“行蹤不明，無法確認位置。”青葉盯着屏幕，卻找不到麗的所在。
“什麼？！”美里心驚，雖然真嗣的死對麗造成了很大的影響，但是麗絕對不會是那種在這樣關鍵的時刻玩消失的人。肯定是有什麼事情造成了她無法第一時間聽從命令，而那原因。。。
“多半又是他搞的鬼吧。”美里目光陰沉地向着司令臺瞟了一眼。
“大概投入了三個師團的兵力吧。”冬月聽着下面的報告，表情絲毫沒有動容的說道。“佔領看來只是時間問題了。”
譁。。。
話至此，坐在椅子上一動不動的碇源渡突然站起了身，用略帶歉意的話語說道。“冬月老師，後面就拜託你了。”
“。。。我知道了，替我向唯問好。”