廈門被獨立軍光復後，日本陸軍弘前師團的師團長立見尚文中將算是比較聰明的一個，戰鬥纔開始沒有多久，他也不知怎麼地，在衛兵地護送下高舉白旗，居然讓他摸到了一師二旅的旅部，直接向二旅旅長投降，避免了被殺的命運。
至於侵華日軍的總指揮，山澤靜吾大將就沒有那麼幸運了。日軍崩潰後本也想自殺效忠的他，刀刃才橫切到腹部，突然一顆炮彈打中了他的指揮部，讓他當場就昏了過去。後來打掃戰場的獨立軍士兵，從他的肩章上發現撿到個大官，也不管是大將、中將、還是豆瓣醬，反正往師部一送就算了事。
至此，從１９０４年７月１１日到８月３日，歷時二十三天的廈門戰役結束。二十三天的戰鬥，日本侵華日軍兩個師團２４０００人，被我中國軍民打死打傷１４０００人，俘虜１００００人。民族獨立軍方面，傷亡３３５８人。
自鴉片戰爭起，中國軍隊首次在對外作戰中取得了一場輝煌的勝利。
爲了配合中國軍事盟友在廈門取得的大捷，俄國旅順守軍在局部展開反擊。決意先打好對俄戰爭的日本政府，打定主意要從福建戰場抽身，將中國問題暫時放一放。８月６日，原日本駐上海領事館總領事小田切萬壽之助被撤除總領事職務，改由日本原駐漢口領事永瀧久吉接任，希望能儘快與軍政府達成和談，營救出被俘的山澤靜吾大將和一萬多日軍。
經過一個多月拉鋸式的艱苦談判，雙方終於在９月１２日達成了《九一二協議》。協議規定，軍政府歸還日本軍艦“秋津州”號，並允許日方派人接收，必須於１０月底前駛離上海；同時釋放被俘日本官兵，歸還陣亡日軍將士骨灰。日本則以軍艦保管費，俘虜飲食生活費的名義，象徵性地給付軍政府白銀五萬五千兩。
對於這種變相性質的賠款，是李國勇必爭的，哪怕只賠一兩銀子他也要！中國與列強歷來的各種條約，從來只有賠款、割地，喪權辱國，這種讓中國人蒙羞的事情，李國勇決意要從自己這裡廢止。
當《九一二協議》傳回日本國內的時候，日本政府勃然大怒，認爲賠款這一條嚴重損害了大日本帝國的尊嚴，雖然對已經生效的協議無可奈何，但還是當即又免除了永瀧久吉的領事職務，再次改由山野吉明接任。一個多月的時間接連撤換兩位領事，也算是開創了各國外交之先河了。
在李國勇的授意下，協議內容很快傳遍了國內，繼廈門大捷的喜訊之後，民衆再次沸騰起來。多少年了，從來只有咱中國給洋人大把大把地賠銀子，幾時見過外國人從口袋裡掏出銀子來賠給中國？這時候的李國勇和他的軍政府，威望達到了一個新的高峰。
李國勇恪守承諾，協議生效的第二天，立刻指示歸還了日艦“秋津州”號，並開始分批釋放俘虜。但日軍俘虜中以立見尚文中將爲首的三千多人，卻因害怕回國後受到軍事法庭地審判，而死活不願意回去，這正中李國勇的下懷，三千多日軍被李國勇集中在了一起，由軍政府派出的政教人員對他們進行洗腦運動。
對於這些日軍的去向，山野吉明數次對李國勇提出了抗議，但總是被李國勇以各種藉口推託了過去。而立見尚文爲首的三千日軍，在未來數年後爆發的中日大戰中起到了很大的作用。
中日廈門之戰的意義，其實遠不止協議中的賠款那麼簡單，民族獨立軍經此一戰，積累了大量的實戰經驗，推動了軍官戰術水準地發展，更重要的是初步消除了士兵們對於外國軍隊的心理障礙，爲將來多次的對外戰爭打下了良好的基礎。
至於李國勇，中日戰爭地爆發很大程度上是他一手促成的，戰爭前的準備並不充分，戰爭結束後的協議也不讓他滿意，但對於民族獨立軍的戰鬥力卻讓他有了一個新的認識，對於國際盟友在此次事件中的態度，也令他在日後更加堅定地傾向到德國一方。
喜事總是一樁連着一樁，中日協議簽署完沒有幾天，李國勇家裡居然傳出了兩位如夫人王青顏和傅馨萍同時懷孕的特大喜訊，這讓李國勇開心得快發瘋了。來到不屬於自己的這個時代已經整整六年了，對於能不能讓老婆懷孕，李大帥是很持懷疑態度的，現在突然有人告訴自己就要當爸爸了，這讓他開心得大擺宴席，和廈門大捷的慶功宴乾脆來個雙喜歸一，凡是能請的一個個都請到了。
那些文職官員們倒還規規矩矩，但打了勝仗的軍官們可就不太客氣，倆位大帥夫人他們是不會怎麼爲難的，可大帥那是萬萬不能放過的，你方敬罷我來敬，到後來連一貫嚴謹的蔡鍔張孝淮也加入到了敬酒的大軍，一碗碗酒象白開水一樣倒入了大帥的肚子裡。
喝的已經有了八分醉意的李國勇，舉起一大碗酒大聲說道：“讓我們爲勝利乾杯！讓我們爲終於報了那麼一點點甲午的恥辱乾杯！讓我們爲偉大的民族獨立軍乾杯！”
一片鬨然聲中，不管酒量大的，酒量淺的，都喝光了面前的酒。
李國勇又滿滿地倒上了一碗：“這一杯，讓我們爲英勇的戰鬥工兵團乾杯！爲犧牲了的獨立軍官兵乾杯！爲死難的中國老百姓乾杯！”
這時的場上突然一下子安靜了下來，不知怎麼的，李國勇竟然流下了眼淚，他把滿滿的一碗酒慢慢地灑在了地上，直起身子吟唱道：“怒髮衝冠，憑欄處瀟瀟雨歇。擡望眼，仰天長嘯，壯懷激烈。三十功名塵與土，八千里路雲和月。莫等閒白了少年頭，空悲切。靖康恥，猶未雪；臣子恨，何時滅！駕長車踏破賀蘭山缺。壯志飢餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血。待從頭收拾舊山河，朝天闕！”
他淚流滿面，注視着場中的每一個人，緩緩地說道：“壯志飢餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血。待從頭收拾舊山河，朝天闕！我李國勇在此發誓，有朝一日，我要壯志飢餐列強肉，笑談渴飲倭寇血！我要收回屬於中國的每一寸土地，我要打造一個強大無比的中國！我要讓天底下的每個國家，從此後都在中國的腳下顫抖！若違此誓，天誅地滅！”
說完他將碗狠狠地砸在了地上，碎聲中，他的聲音感染着在場的每一個人。
見大帥已醉，楊度急忙使眼色將李國勇連拖帶拽拖了出去。