初號機想要覺醒就必須先擁有s2機關（能量之源），也有人猜測初號機本身就有s2機關，吞噬十四使徒的s2機關只是爲了激活自己體內的，不過是它本身就有還是需要激活都不重要，因爲葉雲是不會讓他得到十四使徒的s2機關的。
……
碇真嗣的父親爲了繼續自己的計劃，提前將渚薰找回了本部，且使徒一個又一個接着出現，而爲了避免造成出現意外，銘煙薇的出場機會被極大的減少了，到了最後更是讓銘煙薇成爲了替補。
銘煙薇爲了這事去找過碇源渡，最後碇源渡居然直接撤掉了銘煙薇的駕駛員身份，那架原本屬於銘煙薇駕駛的eva也被改爲了傀儡控制系統，也就是無人駕駛。
銘煙薇的不公遭遇自然受到了衆人的質疑，畢竟怎麼說銘煙薇也是立下過不少汗馬功勞的，可是現在卻直接被撤除了駕駛員的身份，這讓很多人都不服氣，不公即便不服氣，在衆多高層的強壓下，他們也沒有辦法。
不過這也並不是沒有後遺症的，明日香就因爲這件事跟碇真嗣鬧得很不愉快，因爲碇源渡是碇真嗣的父親，而明日香想讓他去跟他父親求情，但碇真嗣卻因爲怯懦而不敢，於是兩人鬧掰了。
這件事只是持續了幾天就沉寂下去了，因爲使徒接連不斷的出現，基本上平均每個星期都會出現一個，有時甚至是連着出現的，那個才被消滅，下一個使徒就被發現了，這讓他們疲於奔命，根本就沒有精力再去想其他的東西。
隨着一個個使徒的倒下，很快就輪到第十四使徒了，這第十四使徒是力天使，也是碇源渡爲初號機選擇的目標，不過葉雲可不會讓碇源渡如願，於是他在所有人都準備備戰使徒的時候，他先一步進入了之前銘煙薇駕駛的EVA機體當中。
eva的控制是依靠lcl這種類似於羊水的物質讓駕駛員跟eva連接並控制的，不過葉雲的精神何其強大，他根本就不需要這些東西的連接，他用自己的精神力就直接控制了這臺EVA。
EVA才啓動，控制檯那邊就發現了，不過葉雲控制的eva跟他們控制的可不一樣，所以他們那些改變lcl濃度，切斷神經元連接，切斷電源之類的統統沒用。
發現這臺eva無法控制，碇源渡當即下令，啓動其他的eva，一定要控制住他，而初號機則前去迎戰第十四使徒。
碇源渡的這個想法也不能說有錯，但他太低估了葉雲，僅僅不到半分鐘，零號機，二號機，以及新到的四號機就被葉雲打趴下了，而此時初號機才彈射到地面。
擊敗其他機體的葉雲沒有停留，而是直接衝出了基地，然後以一種華麗的方式從天而降，一腳將正在單方面吊打初號機的十四使徒踢飛，再然後直接用AT立場將十四使徒擠爆了，而那S2機關自然是被葉雲控制這EVA吃掉了。
這東西就是EVA的能源核心，有了它葉雲就不用再找其他的能源供給EVA了，而當在指揮部的碇源渡看到這一幕的時候，臉上陰沉的幾乎能滴出水來，因爲他的計劃已經是失敗了一大半。
碇源渡握緊了拳頭，深吸了口氣，平靜的說道：“給我連接二號機?改，我要跟他通話。”
工作人員聽到他的話，連忙接通了二號機?改的通訊。
“葉雲，亞當是不是在你的手上。”
碇源渡的話相當的直白，而且他的話中充滿了肯定，他相信，亞當確實就在葉雲的手上。
葉雲看着前面顯示屏當中面沉如水的碇源渡，笑道：“亞當確實在我手裡，不過也不在我的手裡，他在一個非常安全的地方，最危險的地方就是最安全的地方。”
說完這話，葉雲直接切斷了跟碇源渡的聯繫，控制着二號機?改急速往海邊趕去，並很快就擺脫了他們的監控，消失在茫茫大海當中。
其實葉雲並沒有深入，他擺脫了碇源渡他們的監控之後就將eva收進了人種袋當中，自己則悄然回到了第三冬京市，不過他沒有回到原來的住處。
在葉雲做這些的時候，另一邊的銘煙薇並沒有離開，而因爲這段時間刻意疏遠，且主神給他們安排的身份也僅僅只是同事兼鄰居，所以銘煙薇並沒有收到什麼牽連，只不過現在她是別想接觸EVA了。
銘煙薇之所以沒有受到牽連，其實還跟葉雲之前說的那句話有關，碇源渡從葉雲那句中推斷出，亞當可能還在地下基地，所以他只是隨便審問了一下銘煙薇就算了，他現在最想做的其實是找到亞當，這纔是他心中最重要的事情。
沒有了人種袋的屏蔽，渚薰靠着跟亞當肉身的聯繫，很快就找到了那個放在訓練室的箱子，而得到箱子之後，碇源渡一刻也不想停留，直接將亞當移植到了自己的身上。
已經回到第三冬京市的葉雲並不知道碇源渡因爲他的事，一找到亞當就迫不及待的要將亞當移植到自己的身上，他此刻正在跟系統溝通，對於系統入侵這個世界到達那個地步了，他還是非常關注的。
然而就在此時，葉雲突然感覺到腦袋傳來一陣眩暈感，當眩暈感消失之後，他感覺到一股股能量不斷的從他的身上衝出，而如果他沒猜錯的話，剛纔那陣眩暈感就是因爲系統瞬間的能量的輸出太大，讓他一下子無法適應。
“系統，發生什麼事情了？怎麼能量的輸出一下子提高了這麼多？”發現這種情況，葉雲當即就像系統詢問，他想知道剛纔到底發生了什麼。
“碇源渡死了。”系統的回覆很簡單，但這句話蘊含的信息卻太震撼了，震撼到葉雲都有點不敢相信。
許久之後，葉雲才緩緩呼了口氣，暗道：“怎麼死的？”
“移植亞當的時候被旁邊的渚薰殺死了。”
葉雲：“……”
這是什麼操作？居然被渚薰殺死了，這渚薰不是碇源渡這邊的嗎？不過居然當着本人的面將別人的身體移植到自己的身體上，而且還計劃要殺死對方，好讓自己成神，這也真是做得一手好死。