1906年底到1907年初的這幾個月裡，趙東雲回到關外奉天后就是把主要精力都放在了內部區整頓上，軍事上把三師五旅齊裝滿員，並利用有限的兵力佈防東三省，整編巡警部隊編成了十二個巡警團近兩萬人，同時還對東三省境內的大量土匪進行剿殺，爲部隊增加實戰經驗的同時也是肅清地方匪患。
政務上，他組建了東三省巡閱使府，裁併了大量行政機構的同時，也順應時局建立了一批新式行政機構，從而奠定了東三省的現代化軍政行政機構，以東三省巡閱使府爲首，東三省陸軍司令部和政務院並立，再有秘書處充當中樞、督察處充當司法監察，形成了由軍方、文官、中樞、司法共同組成的行政體系。
經濟上，趙東雲組建奉天銀行，推出奉天銀元以及奉天*的同時，也是大力扶持民間金融業，推動傳統的票號、錢莊進行現代化銀行改革。
而在工商上，除了繼續發展葫蘆島工業區外，他還籌辦了營口工業區，喊出了打造‘世界級大豆產業基地’的口號，以東北的大量土豆爲基礎，深入發展大豆加工業，並且把大豆的兩個主要加工產品：豆粉、豆油出口到日`本、歐洲，爲東三省換取極爲寶貴的外匯收入。
除了深入發展大豆產業外，趙東雲自然也不會說放棄或者輕視其他產業，比如說紡織業，這個產業過去兩年來一直都是東三省重點扶持的產業項目，工商局那邊已經是制定了兩大目標，一個是重點發展安東地區的生絲產業，安東地區的生絲產業雖然不如南方浙江、江蘇這些地區的規模，但是在北方地區也算是勉強過得去了，而且生絲是中國當代少數幾種能夠大量出口創匯的產品，所以甭管規模大小，先發展了再說，能撈多少外匯就撈多少外匯。
第二個就是重點發展以葫蘆島工業區爲核心的棉花紡織業，包括紡紗、織布、染布等一系列的棉花紡織產品，不過棉花產業壓力比較大，它們不但要和日`本、英國等洋布競爭外，也要和南方南通土布爲代表的南方國產紡織業競爭。
大豆、紡織這兩大產業就是趙東雲擬定的現今以及未來的東三省主要支柱性產業了，除了這兩大產業外，還有造紙、麪粉、釀酒、礦業、機械、化工等產業，不過這些規模都不大，暫時而言還無法成爲東三省的經濟支柱。
如今的東三省還不是後世的重工業基地，而是一個非常典型的農業經濟地區，其最主要的產品實際上並不是鋼鐵和煤炭，而是小麥和大豆，而工業的發展實際上也是主要依靠這兩種農產品。
趙東雲倒不是不想弄出來幾個超大型的鋼鐵廠，搞什麼重工業，但問題是他沒錢投資啊，退一步時候就算有錢投資，這練出來的鋼鐵他賣給誰去啊？
任何工業生產都是必須有市場支撐的，不可能說趙東雲張張嘴，揮揮手建起來一大批的工廠，然後這些工廠就能夠生產出產品給他製造稅收了，這些工廠生產出來的產品還得有市場呢。
就拿人們最熟悉的布匹來說，這生產出來的布匹不是說賣就能賣出去的，你還得和洋布、國產其他商家的布匹進行競爭呢。
再說鋼鐵，這年頭國內的鋼鐵消費主要集中在兩方面，一個是鐵路，一個是軍工，至於其他的民間鋼鐵消費幾乎可以忽略不計，軍工方面用不了多少，福元機器廠的附屬鋼鐵廠，也就是唐山鋼鐵廠完全能夠滿足福元機器廠的鋼鐵消耗，之所以說福元機器廠還需要進口不少的鋼鐵材料，那是因爲需要進口的這些材料都是高品質的合金鋼，比如炮管用料，國內包括唐山鋼鐵廠在內都無法煉製這些炮管用鋼。
而鐵路所需的鐵軌方面，目前國內修建的鐵路並不多，南方的京漢鐵路以及粵漢鐵路這些鐵路的鐵軌都是被漢陽鋼鐵廠包攬了去，而北方的京張鐵路以及東三省的兩條直線鐵路則是唐山鋼鐵廠佔去了。
民間用鐵上，東北方面情況還算比較好的，趙東雲大力開發的葫蘆島共和區和營口工業區都是需要不少的鋼鐵用量，不過這些用量唐山鋼鐵廠就已經能夠滿足。
唐山鋼鐵廠，也就是福元機器廠的附屬鋼鐵廠，投資規模可不小，歷盡數年投資，福元機器廠以及累計投資三百多萬兩銀子，產能目前雖然還不如漢陽鋼鐵廠，但是也算是中國第二大鋼鐵廠了。
該廠雖然是作爲福元機器廠的附屬鋼鐵廠籌建，但是其鋼鐵產量太大，福元機器廠只能消化一部分，大部分還是被京張鐵路、東三省的幾條鐵路所需的鋼軌所消化，說實話如果沒有京張鐵路和如今正在進行標準軌改造的安奉鐵路這兩大市場支撐着，這唐山機器廠就會陷入剛建成就停產的尷尬局面。
所以在市場不大，同時已經有了一個唐山鋼鐵廠的情況下，趙東雲總不能再投幾百萬兩銀子建一個鋼鐵廠和唐山鋼鐵廠相互競爭不是，所以目前來說鋼鐵產業並不是趙東雲的優先發展產業。
當然了，不優先發展鋼鐵，不代表趙東雲不發展其他重工業了，比如煤炭業他就很支持，爲啥？因爲這煤炭挖出來有市場啊，如今國內外的工業可以說是蒸汽工業，火車運行需要煤炭，工廠運行需要煤炭，船隻運行同樣需要煤炭，這國內的煤炭市場一直都是在持續擴大，哪怕是唐山那邊已經有了幾個大型煤炭廠，但是趙東雲依舊決定在奉天大規模開發煤炭，準備用來供應葫蘆島工業區以及未來的營口工業區。
其重點開發的就是撫順，日俄戰爭期間撫順由於生產大量煤炭，其煤炭被廣泛用於俄軍之中，而俄軍也是在撫順駐紮了相當多的部隊，由於遼陽前線日軍一直沒能取得突破，所以這撫順也就一直處於俄軍的掌控之下。日俄戰爭結束後，俄軍撤離，撫順各礦山恢復正常運營，而趙東雲也是在撫順設立了‘撫順礦務局’，全面管理該地區的煤礦生產。
並引進了北洋灤州礦務公司，也就是歷史上大名鼎鼎的開灤煤礦的兩個前身之一，不過該公司和歷史已經不一樣，歷史上該公司是官辦的，但是由於福元公司的加入，該公司成爲了商辦企業，只是和很多商辦企業一樣，有着一條‘洋人不得直接或者間接參股’的條款而已。這家礦務公司主要由周學熙主辦的天津官銀號、福元公司合股投資創辦。
除了引進了灤州礦務公司在撫順設立分廠外，趙東雲還指示工商部下屬的礦務處出資和福元公司以及另外幾家商人一起合股成立了撫順煤礦，並直接吞併收購了撫順原有的幾家小煤礦公司，比如王承曉主辦的華興利公司。
甚至爲了開發撫順的煤炭，奉天鐵路公司還投資建設了奉天到撫順的支線鐵路。
趙東雲如果說對煤炭產業只是有限度支持的話，那麼對於軍工產業那麼就完全算得上全力支持了。
由於趙東雲和當年的袁世凱一樣，是想要辦兵工廠但是手裡沒錢，想要辦一個和福元機器廠同等規模的兵工廠，單單是用於購買設備的硬件投入就得至少三五百萬兩銀子，而東三省財政局現在連擴軍所需的四百萬軍費都拿不出來，那裡有錢搞什麼兵工廠啊，所以還得是走商辦的老路子。
當年福元機器廠要是不搞商辦，引入大量北方資本一起搞的話，這個資產已經超過千萬兩銀子的兵工廠單憑北洋或者趙東雲自身是無論如何也搞不起來的。
所以他用行政手段來迫使福元機器廠抽調資金，人員到瀋陽設立分廠，，不過這設立分廠投資動輒數百萬以上，福元機器廠一時間拿不出來那麼多現金，趙東雲又讓那個奉天銀行給他們提供貸款支持，又牽橋搭線尋找有實力的商家一起合股。
最後形成福元機器廠佔股六成，其他各商家佔股四成的投資比例。
這費了不少勁才把瀋陽兵工廠給搭起架子來，目前已經進入搭建廠房，安裝少量設備的階段，而更多的設備已經在英國、德國甚至美國下了訂單，未來數月內就能運抵國內進行安裝調試，預計明年年初就能夠小規模試生產，至於達成設計產量，那是後年以後的事了。
除了這個籌辦中的瀋陽兵工廠外，趙東雲在軍隊內部還設立了三個修械所，分別是哈爾濱修械所，錦州修械所、瀋陽修械所。這三個修械所是接受了前清以前在東北地區的一些官辦兵工廠以及其他企業的部分老舊設備和人員，技術和規模自然不可能有多大，但是修理修理槍械還是問題不大的，總不能步槍壞了就拿到福元機器廠去修不是。
而當趙東雲在東北發展工商，擴編軍隊的時候，段祺瑞、王士珍的部隊如今卻在兩江、湖廣地區和南方聯邦打着呢。