孫奇以爲曹皇后不同意，趕緊說道：“微臣也覺得這個方子不合適，當時就是用了這個方子，二皇子就死了，但是，知秋國舅說過，家父這個方子正是治療逆傳心包的方子，只是，爲什麼沒有效果，他也不知道。”
曹皇后苦笑：“因爲當時我們給二皇子服用高麗人蔘燕窩等溫補的藥，而且，還有附子！而知秋說，溫病不能溫補，高麗人蔘等溫補藥擾亂了方藥，導致進一步的變證，同時，他說我們加的附子炮製不對，有毒！所以孫老太醫的方子纔沒有效果。”
孫奇驚訝得眼睛都瞪圓了，可是，他不敢建議那就用父親的這個方子，畢竟，這是給皇帝治病！而父親的這個方子是不是這個原因纔沒有效果，誰也說不清。便只是垂手而立，等着皇后自己決定。
事關用藥問題，皇后自己也不敢亂拿主意，還是詢問專業人士的好。曹皇后立即將侍御醫林憶、蘇頌叫來，把孫奇的建議說了。問他們兩的意見。
用孫用和治死二皇子的方子？兩人一聽就傻眼了。
林憶捻着鬍鬚半晌才說道：“這個……，二皇子的誤治病案已經證明了這個方子不對，再用，只怕還是一樣。如果明明知道這個方子不能治逆傳心包，卻還是用的話，只怕……
曹皇后便把葉知秋指出的溫病誤用溫補和附子炮製不好有毒這才導致方子無效的看法告訴了他們。
蘇頌喜道：“如果知秋國舅的確這麼說過，那他應該不會是亂說的，說不定真的有效！”
林憶卻搖頭道：“這也難說，或許只是知秋國舅爲了救孫用和太醫才故意說他的方子有效，找了這樣一個藉口，如果是這樣，那這個方子用了只怕會出問題！”
蘇頌急了：“現在這是最後的希望了，不用這個方子，又用什麼？莫非你有更好的選擇？”
“我沒有，但是，就算是沒有更好的辦法，也不能用未經證明的方子！這是死的規定！否則就是不如本方！”
蘇頌也傻眼了，他知道林憶說的是對的，給皇帝治病，你可以平庸治不好，但是絕對不能憑自己的經驗用沒有經過檢驗的方子，否則孫用和就是他的榜樣！
他們可以明哲保身，曹皇后不能，病危的是他的丈夫啊。這時候只有她可以決定是是否使用這個方子，但是，一旦失敗，想起當初二皇子慘死在自己懷裡的情景，她全身顫慄，絕望地望着孫奇，想從他那裡找到可以下決心的依據。
孫奇道：“這個方子，微臣聽家父說，他曾經用過，治療過一些類似的病人，療效是滿意的。不過，我沒有親眼見過，因爲有些方子，家父並沒有傳授給微臣，所以不知道他治好的病人中，那些是用了這個方子治好的。
曹皇后瞧着孫奇：“你果真聽過知秋說過這個方子可以治逆傳心包嗎？”
孫奇點點頭。
“你能肯定他的確這麼說過？”
“我能肯定！”
旁邊林憶也道：“微臣也聽知秋國舅說過。微臣可以證明！”
曹皇后自己也聽葉知秋說過，不明確，現在有兩個可以證明，她臉上浮現出了希望。又問孫奇：“你確定聽過孫老太醫說過，他用這個方子治好過類似病人？”
“這一點微臣可以用腦袋擔保，家父的確是這麼說過的。當時舍弟和犬子也聽見了的。”
曹皇后在屋裡轉了幾個圈，終於站住，毅然道：“用！孫太醫，由你來下方！你給官家主治！”
孫奇嚇了一跳：“我？”
“嗯！放心，出了問題，本宮恕你無罪！”
孫奇這才鬆了一口氣，隨即立即明白，這個方子在二皇子的病案裡是現成的，爲什麼曹皇后不讓照方抓藥，反而讓自己下一個方子，並讓自己主治，又說明出問題恕自己無罪，那就是說，一旦有了功勞，那功勞可就是自己的，那就可以因爲救治官家有功，而請求赦免弟弟孫兆一家了。當然，如果這個方子有效，甚至可以據此證明父親孫用和無罪！
一想到這，孫奇緊張得全身都是汗，這個方子他已經爛熟於胸，當下提筆哆哆嗦嗦寫了，雙手遞給皇后。曹皇后接過，一雙柔荑也在微微顫抖，終於將方子交給尚藥局照方抓藥。
湯藥煎好，趙曙親自嘗藥，這是規矩，以防有人下毒。然後，曹皇后親自給仁宗皇帝用鶴嘴壺灌下。
接下來，就是焦心的等待了。
靜靜的等待中，孫奇不時探查仁宗的身熱，只過了兩個時辰，孫奇就驚喜而略有些遲疑地說道：“好象……，好象熱退一些了！”
曹皇后又驚又喜，緊忙過來親手在仁宗腦門一摸：“果真是的，這說明有效了嗎？”
孫奇想點頭，可是，這個判斷太重要了，重要到讓他沒有了自信，望向侍御醫林憶和蘇頌。
兩人忙也過來摸了摸，蘇頌歡喜得白鬍子亂抖：“真的！真個退燒了！開始好轉了！”
林憶也欣喜萬分，連連點頭。
屋裡守候的嬪妃們都是喜極而泣。
等到半夜，不僅高熱進一步退了，而且，深夜裡，還嘟噥了幾句誰也不知道什麼意思的話，不過這已經讓屋裡的人歡喜得又哭又笑了，因爲連續幾天仁宗都是高熱昏迷不醒，連胡話都沒有了的。
深夜又服了一次藥之後，到了黎明時分，仁宗竟然睜開眼，說了句——“朕還活着？”
聽到這句話，屋裡一片歡騰！
也正是有了這一句，三位太醫終於敢確定，孫用和太醫的方子有效！
孫奇禁不住落淚，只可惜自己的老父親看不到這一幕。
又用藥數次之後，終於，仁宗高熱盡退，神志完全清醒，能吃能拉了，只是高熱灼津，孫奇又跟兩位侍御醫商議之後，下方生津養液。身體進一步康復。聽了仁宗說了救治經過，聽說自己一條性命竟然老太醫孫用和當年給二皇子治療同樣的病的方子，仁宗怔怔出神半晌，潸然淚下。
仁宗到不是一個固執成見的昏君，他知道自己錯了之後，立即下旨，將孫兆一家無罪釋放，官復原職。並下旨給孫用和平反。
這時候，持續在成外四處搜尋葉知秋他們的御林軍終於根據葉知秋他們的煙火找到了他們。
葉知秋先把可馨送回家，然後回到家裡。王妃、岳氏和範妙菡等人是喜極而泣。葉知秋得知仁宗已經下旨將孫兆他們一家無罪釋放，官復原職，並給爺爺孫用和平反了，非常的高興。特意跟母親岳氏到孫家探望。
孫兆已經從之兄長孫奇那裡得知這這件事的前因後果，知道如果不是葉知秋傳授了逆傳心包的溫病知識，同時又指出了孫用和的方子能治療逆傳心包，孫奇不可能治好仁宗皇帝的病，又聽說葉知秋爲了拯救他們作出的種種努力，一家人都十分的感動。所以見到葉知秋，孫兆拿拉着他的手，是聲淚俱下。以前對他不好的孫永轅，知道自己一家的性命都是弟弟所救，慚愧得無地自容。
葉知秋問起給皇帝治病的經過，雖然皇家醫案都是絕密的，但是這個成功醫案主要得益於葉知秋的指點，葉知秋的特殊身份也可以知道這個病案，所以孫奇還是告訴了他經過。
葉知秋聽了大喜，說道：“這下可以證明溫病不同於傷寒了吧？證明我說得是對的吧！”
孫奇好孫兆互看了一眼，這個問題他們已經商討過了，眼看葉知秋興高采烈的樣子，也不好掃他的興，便打折哈哈沒有接話。
葉知秋有些奇怪，問道：“難道不是這樣嗎？”
孫奇想了想，道：“知秋，我們很感激你爲拯救孫家而想出的這個辦法，而且老天爺有眼，也實現了這個目標，但是，具體說道溫病與傷寒，我們還是覺得，兩者沒有大的不同，當然，你發現了溫病之處用辛溫可能會出現的逆傳心包的治法，這非常好，但是，這也只是溫病傷寒治療中出現的一種變證，而不能就此把溫病獨立於傷寒之外。這一點，已經經過千百年無數醫者治療驗證過的，是《黃帝內經》等經典確認的，不能因爲一個或者幾個醫案就全盤否定。”
葉知秋傻眼了，他想不到孫奇他們到現在還是不相信溫病不同於傷寒，原因很簡單，千百年的東西，想用幾個病案就全部推翻，缺乏說服力。他不想再爭辯，爭辯也沒用。
孫兆見他沮喪的樣子，還以爲他認識到自己看法的錯誤了，忙笑着扯開了話題，問他在王府的情況，又說了很多感激鼓勵的話。
葉知秋的心情不可能一下子好起來，原以爲皇帝的病案能證明自己原本正確的理論，但是卻想不到這個結果，由此也知道，當初溫病跟傷寒脫離出來是經歷了何等的艱難。
鑑於孫奇在這次的功勞，和對孫用和的愧疚，仁宗下旨提升孫奇爲侍御醫，填補了孫用和原先的職位。孫家自然是歡喜異常。
葉知秋和可馨回來之後，葉知秋本來是想告訴王妃他們兩人的事的，但可馨不讓，說要等他成親之後再說。
而吳王和王妃已經從解救他們出來的將官嘴裡得知了他跟一個青樓女子掉進地洞，一起在裡面呆了半個月，估計兩人關係不同一般，但是，兒子既然不說，他們也不問。
可馨回來之後，果然閉門謝客。很快，葉知秋在吳王府外不遠處租了一套住宅，可馨搬出來可馨樓，住進了他們的金屋。葉知秋平素沒有事情的時候就去和可馨相聚。兩人好得如膠似漆似的。