葉知秋問段雲逸可有治療瘟疫的方子，段雲逸說了自己的用方，治癒的成功率一般。葉知秋也把自己在里弄縣治療流感的方子說了，兩人經過一番商議，共同擬定了一個方子。決定再用這個方子進行治療，看看效果如何。
段雲逸告辭走了，葉知秋用兩人商議的方子，開始給蒲老漢患病的兒孫治療。同時，他準備開始種痘預防天花。但是，用誰來作第一個實驗品，這讓他感到爲難了。
便在這時，他們遇到了麻煩！
麻煩來自於亂民，京城裡已經失控的亂民。
但凡出現災難，人們第一個想到了東西，就是糧食。正所謂手中有糧，心中不慌。於是乎，糧店就成了亂民優先襲擊的目標。
這之前，已經有亂民來準備搶糧，但是，蒲老漢已經有了準備，動員所有夥計，拿着菜刀、棍棒，進行抵禦，傷了幾個亂民之後，亂民退走，這才保住了糧店。
想不到，更大的衝擊接踵而來。
那天，葉知秋正在病房裡察看蒲老漢的生病的孩子，其中一個身患兩種瘟疫，一個是流感，一個是天花，這個基本上已宣告死刑，因爲他也不知道該如何治療天花，而另一個，得的只是流感。葉知秋給兩人都用了他和段雲逸共同研究的方子。
一個病人開始有效，但是另外一個病人的效果卻不顯著。就在葉知秋皺眉思索該如何調整用方的時候，聽到大門外面亂成一團。甚至還有喊殺之聲。
緊接着，一個夥計跑來稟報，說亂民在撞糧店的大門，要進來搶糧食。問怎麼辦？
蒲老漢跺腳道：“這還用問？敢衝進來的，給我往死裡打！”
“可是，他們的人太多了，打不贏啊！”
蒲老漢額頭冷汗直流，他知道，一旦亂民衝進來，只怕全家性命都不保。現在只能先把家人性命先保住了再說。趕緊吩咐夥計們都到前門頂着，掩護全家和葉知秋他們從後門撤走。這一天他早已經估計到了，所以早已經有了準備，金銀細軟都已經打點好了。
這時，又有一個夥計跑來，說不用擔心了，來了一隊官兵，抓了一些亂民，都跑了。
蒲老漢大喜，這個時候還有官兵出面幫忙維持治安，真是太難得了。必須好好酬謝人家，說不定後面還要用到呢。趕緊吩咐帳房封了五十兩銀子，親自捧着來到前門外，酬謝這位將軍。
葉知秋很好奇，也跟着出來，瞧見一位年輕的軍校，身穿連環鎖子鎧甲，騎着碳黑馬手中一杆大槍，定睛一看，不由驚喜交加，原來這人，正是葉知秋失散一年的三哥孫永虎！
上次孫家大難，孫永虎爲了保命，隻身逃出了京城。從那以後，杳無音信。想不到他卻逃到大理，而且，成爲了一個大理的將軍。
葉知秋高聲叫道：“三哥！”
孫永虎正要撥轉馬頭，帶兵離開，突然聽到一個熟悉的聲音。好象是自己的弟弟，急忙循聲望去，便看見一個全身穿着連體服的半大少年，全身都罩在連體衣裡，面部也蒙了一塊口罩，看不清臉。但是對方明明就是在盯着自己看。遲疑片刻，問道：“你是……？”
葉知秋一把扯下自己的口罩，上前兩步，道：“三哥！是我啊！我是永澤啊！”
“老四！”孫永虎終於認出了葉知秋，大喜過望，翻身下馬，將大槍扔給追隨的親兵，跑了過來，砰的一把抓住了葉知秋的胳膊：“老四，你怎麼跑到大理來了？還穿成這個樣子！”
葉知秋道：“說來話長，走，咱們到裡面說去。”葉知秋介紹了蒲老漢。蒲老漢一聽，率兵前來解救自己一家的，竟然是恩人葉知秋的親哥哥。更是心中大定，連聲稱謝，送上銀子，孫永虎也不客氣，吩咐親兵收了。拉着葉知秋的進了蒲老漢家大院。兵士們則在大院外警戒。
來到大堂，範妙菡也上前相見，見到小師妹，孫永虎也是十分親熱。雙方互說了離別之後的情景。
卻原來，孫永虎逃出京城之後，知道只要自己留在大宋，就難逃官府的緝拿海捕。所以乾脆一口氣逃到了大理。
正好趕上大理朝廷招兵，孫永虎便化名參加招考，因爲武功不錯，直接當了小旗。在征討南邊叛亂的倒臺皇帝的黨羽時，因爲作戰勇猛，又帶兵有方，所以提升很快，才一年時間，就已經當上了把總。
這次皇帝帶着重臣逃避瘟疫，逃出來京城，爲了保護京城裡的皇城還有大臣們的府第，就從各地調動軍隊進京維持治安，保護家財。孫永虎所在的軍隊也奉旨進京。想不到跟弟弟不期而遇。
葉知秋把自己這一年的經過說了，孫永虎這在知道自己的這個弟弟已經成了國舅爺了，又聽說爺爺已經病死，當下悲喜交加，禁不住落下淚來。
說到這場瘟疫，孫永虎也是心存恐懼，聽葉知秋說了有辦法防止天花，只是找不到適合的人進行測試，不由笑了，道：“這些天，我抓了不少亂民，有好些是殺人越貨的死囚，何不用他們來測試？”
葉知秋大喜，當即答應。
孫永虎將親兵叫進來，讓他們去從抓獲的犯了死罪的亂民中提十個人帶來。
親兵答應走了。
死囚很快帶到，葉知秋從街上死亡的天花病人身上痘痂提取膿液，移植到死囚身上，又找了一頭奶牛，進行牛痘栽培移植。
經過十多天的實驗，以幾個死囚染上天花死亡爲代價，終於培養栽培成功。
經過他種痘之後的死囚，在與天花病人密切接觸之後，沒有染病，而作爲對照組的沒有種痘的死囚，染上天花而死。
葉知秋終於掌握牛痘的接種技術。
而就在這時，浦老漢派着等在驛站的兒子，也終於等到了逃回來的林億、孫老太醫、範純佑等人。
派去其他地方的太醫則始終沒有回來，後來才知道，這些太醫都已經染病埋骨他鄉了。
大家見面，驚魂之下又復高興，都有劫後餘生的感覺。
葉知秋準備所有醫者召集在一起，將自己探索成功的種痘技術無償傳授給大家，但是，得知他這個想法之後，老三孫永虎阻止了他，並把他單獨交到了屋裡，跟他商量重要的事情。
孫永虎關上門，低聲道：“老四，千載難逢的機會來了！搞得好，咱們就能成就一番霸業！”
葉知秋不明白，望着他。
孫永虎道：“現在瘟疫流行，只有你懂得預防瘟疫的手段，咱們就以這個爲聚集兵馬的手段，就說你就是神仙的弟子，神仙派你下凡治病，凡是願意跟隨你的，就不會感染天花。這樣一來，我敢保證，一定會有越來越多的人蔘加到我們隊伍中來，那時候，爭霸天下，便指日而待了！”
葉知秋搖頭道：“治病救人是我們醫者的本份。怎麼能用來爭霸天下呢？我沒有這分野心。
“不需要你管別的，你只需要給他們種痘，別的事情都交給我好了。”
“那也不行！”葉知秋道：“現在百姓已經被瘟疫搞得很苦，我們不能再起兵造反，天下大亂，可不是什麼好事！我必須儘快撲滅這場災難，要達到這個目的，就只有讓更多的醫者掌握這項技術。”
孫永虎黑着臉道：“老四，你這樣大公無私，有什麼好處？”
“治病求人，病人能康復，能挽救大多數人的性命，這就是我們醫者的好處！”
孫永虎瞧着他冷笑，緩緩道：“老四，這次的機會太難得的，我不能讓你把我的計劃打亂，所以，對不起了，我只能把你軟禁起來。”
孫永虎一揮手，幾個親兵圍攏過來，將葉知秋團團圍住。
葉知秋怒道：“你就算把我軟禁，也休想讓我幫你！”
孫永虎道：“你會幫我的，我之所以提議讓你幫我，只是因爲你是我的弟弟。最好不要讓我用強，免得傷了和氣。”
葉知秋笑了笑，道：“人算不如天算！——雪奈！”
話音剛落，從房樑上飛出一道黑影，在孫永虎還沒有來得及反應的時候，一柄怪異的蝦夷刀已經架在了孫永虎的脖頸上，同時，身上數處穴道被點中，全身痠軟，動彈不得。
直到這時，親兵們這才反應過來，但是，將軍已經被人制住。制住他的，當然是蝦夷女雪奈。
孫永虎又驚又怒，瞧着葉知秋道：“老四，你，你要殺我？”
“只要你不亂來，就不會殺你！”葉知秋對那幾個親兵道：“如果你們不想讓你們的將軍死，就把武器放下！”
孫永虎急忙命令親兵把武器放下。葉知秋又讓一個親兵把其他人都綁了，最後這個則被雪奈點倒綁了。
葉知秋對孫永虎道：“現在瘟疫已經把天下搞得大亂，絕對不能再讓你給天下添亂，給百姓帶來更多的災難，所以，我只能把你帶回大宋。不過現在，還不到時候，我還需要你的士兵保護我們。”
“老四！這是一個可以一統天下的絕好機會，你要是錯過了，會後悔一輩子！”