根據聯盟協議，原駐紮在杭州的三千新軍組成的革命軍即日啓程南下溫州和台州，因爲新軍起義前，認定童保暄爲起義最高將官，所以朱瑞自動讓位，讓童保暄當了革命軍的最高指揮官，革命軍隨後便效仿振國軍和歐洲兵制，將浙南的清兵整合在了一起，建成了一個七千人的師團，下轄三個團，原新軍三千人爲一個團，舊軍分成兩個團，新軍隨後便離開杭州南下溫州、麗水。
振國軍控制的杭州軍政府在杭州被攻佔後第二天即宣告成立，頒佈的各項政策全部參照上海軍政府法令和規章來擬定，包括行政制度，政府下屬部門結構，公務員編制等。軍政府設立主席一人，由馬朝雲兼任浙江軍政府主席，管理浙江軍政要務，行政院的主要官員由軍政府負責安排和任命，由湯壽潛、沈鈞儒任行政院院長和副院長，下屬教育、司法等部門官員從原浙江地方官員之中選拔任用。
浙江省的稅收、財政政策也實行上海軍政府的新制度，減免稅收的條款大體一致，以儘快安定民心，恢復生產，減輕農民負擔，使農民生產糧食的積極性大幅提高。
由於有了上海的經驗，浙江方面的軍政工作安排都比較及時到位，杭州城內也爲發生大規模騷亂事件，只有少股流氓、地痞和惡勢力趁亂實行打砸搶，被振國軍很快平定，整個浙江省都未出現大規模的騷亂事件。
各地部隊的改編工作正在緊張進行，對投降振國軍持反對意見的原清兵將領此時也大多閉口不言，少數繼續發表抵制言論的頑固分子則被揪出來作爲典型，驅逐出境，原清兵大部分將領都留任，部分軍職由振國軍派軍官過來接手，以方便振國軍對這些改編部隊的控制，改編部隊隨即都被強制剪了辮子，但軍服軍帽尚未更換，還需要等後方工廠生產出成批量的軍服纔可。
振國軍現在已開始逐步換裝統一的淡綠色軍裝，統一的帶前沿的軍帽、鋼盔和鞋襪、腰帶、被褥等，營地宿舍建設也要漸漸統一起來，這部分收編部隊將在半個月內完成換裝。
位於杭州的浙江軍政府機構很快就建立了起來，一週內便可掛牌上崗，目前工作的重心還在軍事上，民政工作由行政院安排。
童保暄和朱瑞率領的革命軍抵達溫州之後的第二天，福建清兵便開始集結福州和寧德等地的一萬五千兵力向北奔襲過來，這股清兵走的是福鼎境內的分水關，分水關自古以來是浙江東南沿海通往福建的戰略要道，過了分水關，福建清兵就可直逼溫州地區，但由於浙東南地區地勢險峻，多山地丘陵，所以清兵的行動比在平原地區要滯緩很多，不過一萬五千人的兵馬對上革命軍的七千人，實力顯然大大強過對方，長期對抗之下，武器裝備處於劣勢的革命軍很難取勝。
這次清廷已沒有絲毫保留，不顧福州等地防務空虛之險，將福建清兵的精銳部隊大部北調，含精銳的炮兵、工程兵、騎兵等兵種都派了出來，力求一舉擊潰浙南的革命軍，收復浙南失地，然後直抵振國軍南翼，與北洋軍一起，南北對振國軍形成合圍之勢，待北洋軍大部隊奔襲至常州、宜興等地時，再聯合展開行動，向中心壓縮振國軍的防地，將他們步步逼退到狹小的蘇南地區，再伺機剿滅。
但這只是清政府的一個戰略計劃罷了，計劃趕不上變化，振國軍也不會坐以待斃，而且振國軍並非浙南的革命軍可比，強大的炮火和輕武器裝備優勢就足夠能抵擋住數量遠大於己方的部隊進攻，而且振國軍不會坐在原地捱打，找準機會也照樣會主動出擊。隨着武昌起義的臨近，李天成並不擔心北方趕來的三萬多北洋軍精銳，他預料到時北洋軍必定會分兵討伐武昌，這樣蘇南之困便會迎刃而解，到時自己再趁亂添把火，將戰場轉移到其它省份，繼續挖清廷的牆角。
相對弱小的革命軍並非這次福建清兵作戰的主要對象，革命軍剛剛成立，羽翼未豐，而且革命軍最致命的一點就是，他們沒有自己的兵工廠，財政也相對拮据，武器彈藥的持續供給極其困難，而另外一方有清政府的財政撥款支持，清兵的武器彈藥供給充足，可以長久不懈地作戰。
在聯盟協議之中，振國軍並未答應必要時向新軍提供武器彈藥，而且振國軍認爲此時己方的人員大量擴充，戰事吃緊，武器彈藥儲備並無太多盈餘，無法向革命軍提供支持，革命軍還需自尋出路，實際上振國軍的武器彈藥供應也感到有些緊張，隨着戰事的日益頻繁，軍費開支逐漸加大，振國軍的消耗也越來越大，短期內只能自己自足，無法提供外援。
在革命軍感到清兵來勢洶洶，己方只能防範於一時，但不能防範長久之後，立即向振國軍發出了求援信，但他們卻同時收到了振國軍準備西出衢州仙霞嶺，進兵江西、湖南的告知信，這也是聯盟協議規定的內容，一方有重大軍事行動之前必須知會對方。
振國軍這樣做是有目的的，就是暫時不向革命軍伸出援手，讓他們感受到獨自抗擊清兵的艱難，等待他們最後撐不住的時候，只得將浙南防區交出來，拱手送到振國軍手中，這樣革命軍的地盤一旦被振國軍佔據，振國軍就會呆在浙南再也不走了，別人請自己過去的，總比強奪過來的好聽，這樣振國軍在道義上也能講得過去，只不過是在這種弱肉強食的年代，振國軍也不會心慈手軟，該出手時當出手，此時不佔浙南更待何時。
革命軍剛剛整合起來的七千人之中，有六千之衆都投入了保衛溫州的戰鬥之中，但他們爲保存實力，沒有與對手發生大規模戰鬥，採取了且戰且退的戰術，打了兩天兩夜之後，武器彈藥便已出現虧空，有幾隻部隊彈藥都打完了，只得退到了後方，由其餘部隊上來換防，但來勢洶洶的清兵不僅兵強馬壯，彈藥補充也十分充足，正在步步逼進，此時已進入溫州蒼南地區。
雙方在交鋒之後的第三天，革命軍已看出雙方交戰的大勢，分析出如此下去，不出半個月，他們便會被逼退回到浙北地區，而到時一切還要看振國軍的臉色，若是振國軍不答應，他們的命運顯然會很悲慘。
革命軍在走投無路之下，最後只得做出了一個無奈的決定，那就是將浙南的防區交給振國軍來防禦，革命軍將領經過商議認爲，與其將地盤讓給清政府，不如讓給同屬於革命隊伍的振國軍。
童保暄和朱瑞在痛苦地下定決心之後，立即急電馬朝雲，要求派胡俊毅部南下抵禦清兵的進攻，馬朝雲開始時故意以振國軍最近有重大軍事行動，不便南調爲由斷然拒絕，童保暄和朱瑞只好再次發出電文，誠懇地請求振國軍南下，電文之中又加了一條，如若振國軍南下，浙南的一切事務將交由振國軍處理，意思已經很明顯，革命軍願意放棄浙南，接受振國軍的管轄。
至此革命軍在得到浙南不到一週之後，就不得不將之讓了出來，以他們的實力，根本無法守住浙南這塊地，就算是清政府不北上消滅革命軍，長此以往，振國軍也不會容忍自己的後方存在一個割據的力量出現，遲早要讓將他們擺平，因爲振國軍最終的目標是佔領全國，消滅各地的割據力量，自然不會容忍革命軍繼續存在，但此時在政治上需要聯合他們打擊清廷，才採取了爭取人心的聯盟政策。
革命軍的短命比李天成預料的還要快，他原本計劃在武昌起義之後，再以武力統一全國，消除地方割據爲由，對革命軍提出收編的要求，那時若是革命軍不答應，自己只好在軍事上和政治上繼續對其施壓，將其逼出浙南地區，至少讓他們退到福建境內，這樣自己的大後方就會安全許多。
童保暄和朱瑞不知道半個月之後就會發生武昌起義，到時各省混亂不堪，清兵或許根本無暇顧及浙南地區，會自動撤回福建，否則他們咬咬牙、拼老命退守到麗水和台州一帶，堅持到武昌起義之後，他們的威脅便會化解，到時振國軍要趕他們走就要再費一番手腳了，此時他們只感慨敵人太強大，必須依靠振國軍這顆大樹纔可以將革命延續下去，不得不選擇做出這樣的決定。