當賀人龍押着土謝圖汗回到營地的時候，這場戰役已經徹底結束，土謝圖汗部落的士兵除了潰散逃跑的，嚮明軍投降的以外，死傷並不算太多。除了攻取第一個營寨時，爲了起到震懾作用外，對另外的兩個營盤衝過來的騎兵發射迫擊炮只起到了打亂隊形的作用，真正被炸死的並不多，再加上賀人龍彪悍的斬首出擊行動，讓他們失去了作戰意志，最終收降的俘虜有四萬多人，死亡人數不超過兩萬人。
土謝圖汗屬於被俘虜的敵人，他失去了談判的機會，孫傳庭也沒有殺他，而是把他交給了謨囉唄瑪，謨囉唄瑪按照遊牧民族的習慣，作爲戰勝者他有權利接受失敗者的一切財產，但是還是根據孫傳庭的意見，釋放了所有俘虜，並且告訴他們自己已經接受了大明的談判條件，將來要按照大明的管理方法管理大草原，不會再像以前那樣無條件收取個人的任何東西，不過將來要實行牛羊馬匹的圈養，在這一帶開始定居生活，修建民房，不得隨意遊牧，免得破壞牧場的生態平衡。其實有些道理他自己也不明白，什麼不得破壞生態平衡，他自己也覺得原來不也是這麼過來的麼，反正孫傳庭說了，就這樣說下去慢慢再理解好了。
謨囉唄瑪和孫傳庭商議是不是讓他和奧巴一起去會見哲布尊丹巴活佛，讓哲布尊丹巴活佛接受大明的建議，開展佛教活動自由，但是必須接受朝廷的管理，要像烏斯藏那裡的活佛一樣，可以成爲民間團體，但是不得干預政治事務。
孫傳庭同意了謨囉唄瑪的要求，並且答應他可以讓哲布尊丹巴活佛可以以住錫地爲中心，建設一座講經誦佛的寺院，並且給予一定的土地最爲生活來源，如果還有什麼別的要求，也可以提出來，要儘量滿足他的合理要求。
事情有時會發生意想不到的變化，謨囉唄瑪和奧巴還沒有出發，就傳來了意外的消息。就在孫傳庭和謨囉唄瑪商議這件事情的第二天，大廳外面有人通報，說是有哲布尊丹巴活佛的弟子求見。孫傳庭見用到的是求見的詞語，就判斷髮生了不太好的事情，因爲正常的詞語應該是會見，就是打算商量事情。於是，就立即名人將來人請到大廳詢問。
事情還是因林丹汗引起的，原來林丹汗把土謝圖汗推到自己前面做擋箭牌，自己就帶領部落直奔哲布尊丹巴活佛的住錫地，他的目的是讓哲布尊丹巴活佛幫他說服札薩克圖汗，還有附近的逐漸接受佛教的部落，擴大自己的勢力。哲布尊丹巴活佛可不是普通的活佛，它是後世藏傳佛教的四大轉世活佛之一，幾乎和後世西藏地區的達賴、班禪活佛齊名，尤其哲布尊丹巴活佛還是第一代活佛的前身，他肯定是一位務實的智者，不然的話作爲一個外地人，他是無法融入當地生活的。據後來的記載，哲布尊丹巴活佛是四川理塘的藏族人，受四世達賴喇嘛的委託前來喀爾喀蒙古傳教，而四世達賴喇嘛卻是土默特蒙古達延汗的孫子，這是一種比較複雜的權力鬥爭互相妥協的結果。
哲布尊丹巴活佛從烏斯藏地區來到這裡已經十多年了，對於這裡的複雜勢力瞭解的比較充分，再加上他崇高的地位，對於外界的瞭解也是絕對多於普通的蒙古人，無論是朱有孝帶領下的大明快速的興旺擴張情況，還是李信的兵不刃血迅速取得烏斯藏大方式，這些情況哲布尊丹巴活佛多做了仔細的形勢分析，以他那高超的智力肯定會偏向於和大明合作，林丹汗不會是大明的對手。所以在孫傳庭向喀爾喀三部出兵的時候，他就打算出面協調，不料明軍進軍速度太快，還沒有來得及溝通，已經被孫傳庭收服了兩位，而林丹汗的到來，讓事情發生了以外的變化。本來他還想說服林丹汗接受明朝的統治，沒想到林丹汗卻憑藉正統嫡系的名義要求他協助對抗大明。哲布尊丹巴活佛自然不會聽從林丹汗的要挾，於是便被林丹汗劫持西行，好歹還有弟子逃脫，這就有了向孫傳庭求救的事情發生了。
孫傳庭瞭解到這些事情的來龍去脈，自然要派兵相助，更何況西邊的札薩克圖汗勢力需要解決，如果哲布尊丹巴活佛能夠說服札薩克圖汗，事情就簡單多了，不用流血的征服，更會讓民衆心裡容易接受。暫且讓謨囉唄瑪和奧巴、宰桑*布和管理這裡的政事，曹文詔管理軍事，孫傳庭自己就帶着賀人龍、碩壘一起去追趕林丹汗部落。
再說毛文龍和朱由檢他們，自從出兵以後，二人根據地圖所指定的地方建起了兩座城堡，建設的主力軍就是那幾萬倭國俘虜。要依照毛文龍的想法，這些俘虜隨便給他們吃點，只要餓不死就行，不幹活就使勁揍，折騰死拉到。朱由檢卻發現這些俘虜比較聽話，而且只要指定出任務，他們都可以認真的完成，從來也不講什麼條件，這可是極大的優點，良好的服從性可不是一般的民族所具有的習慣。朱由檢因此決定要善待這些俘虜，不但要讓他們吃飽喝足，而且還給他們提供了比較好的生活條件，爲了讓他們不騷擾附近的女人，還特地給在朝鮮的熊廷弼寫信，讓他送來一千多倭國的女人，除了留一些作爲軍妓，餘下的就獎賞給幹活最賣力的人做老婆，朱由檢這一招還真不錯，整個城堡的建設就有了非常大的進展。
安排好這兩個城堡的建設以後，毛文龍、朱由檢就帶着五千山地步騎營士兵直奔北海西側的地方，到了後世的伊爾庫茨克城，這裡是兩個河流的交界處，地理環境非常好，兩人決定在這裡建一座城堡作爲基地，這座城堡就起名叫鎮北城，就又調集過來兩萬倭國人俘虜開始建城，仍然是以石頭爲原料的堅固城堡。
附近還有不少當地的居民，毛文龍、朱由檢按照孫傳庭的命令，和他們開始友好的相處，收購他們的皮毛，交易給他們需要的食鹽、糧食、鐵器等比較先進的東西，雖然言語上不是太通順，但是大概意思還是能夠互相明白，也有從科爾沁草原西部出身的士兵迅速掌握了和本族有些類似的這種方言，開始做起了翻譯，逐漸的和附近的人交流越來越多，偶然之間還發現了一些金髮碧眼的西方人，他們也來做皮毛生意，這就引起了毛文龍的注意，便命令山地步騎營的士兵悄悄的打聽他們的消息。
經過一段時間的接觸，毛文龍就開始向西、向北派兵偵查，也向薩彥嶺以南的圖巴人發出友好邀請，加強聯繫，因爲現在的圖巴人屬於札薩克圖汗的領地範圍，毛文龍的任務是堵截林丹汗，所以他只能耐心等待南路的進展。
終於在五月底的時候傳來了消息，林丹汗帶着部落從南部匆忙帶着部落衝向了圖巴人的領地。原來孫傳庭派出的賀人龍和碩壘帶領親衛隊，採取猛虎掏心的戰術，就是類似後世的斬首行動，以迅雷不及掩耳之勢攻擊了哲布尊丹巴活佛的住錫地，解救出了被林丹汗扣押的活佛，失去了活佛的林丹汗被逼無奈，只好放棄了那裡，帶着部落衝向了圖巴人領地，準備搶佔這一片的地盤。
毛文龍就帶着四千山地步騎營士兵，留下朱由檢看守修建鎮北城堡，按照偵查好的地形前去伏擊林丹汗。這是一塊山間盆地，在盆地的入口處毛文龍設下埋伏，等到林丹汗的殘兵敗將老少只有不到三萬人進入盆口以後，毛文龍帶着手下的驕兵悍將直接就殺了上去。林丹汗也不是傻子，看到兇猛的毛文龍直接就向回逃竄，根本就不和他照面，氣的毛文龍大罵。
走投無路的林丹汗後有追兵，前有攔路虎，他就做了最聰明的選擇，向孫傳庭投降去了，放棄了掙扎，結果反倒要比土謝圖汗的要好，沒有撈上仗打的毛文龍氣急敗壞，只盼着札薩克圖汗進行抵抗。