朱有孝頭疼的財政問題還沒有結果，又一個事情出來了，兵部右侍郎兼右僉都御史熊廷弼被囚車押送回京，歷史上這個事情大概就發生在這個時候，朱由校措手不及吃了大虧。
熊廷弼，少時家境貧寒，放牛讀書，刻苦強記。萬曆二十五年鄉試第一，次年中舉人。《明史》稱其“有膽知兵，善左右射”，“性剛負氣，好謾罵，不爲人下，物情以故不甚附。”這是在明朝晚期不可多見的有文化的軍事家，這人的短處就是不通人情世故，曾經幾起幾落，但是就是改不了自己的性子，也許這就是他的宿命。但是現在的朱有孝已經不是歷史上的那個朱由校了，熊廷弼的命運再也不會像歷史上那樣幾起幾落了。
今天又是早朝的日子，朱有孝又一次坐到了龍椅之上。
羣臣參見已畢，王安喊道：“諸位羣臣，有事早奏，無事退朝。”
這時御史馮三元出班奏道：“臣，馮三元上疏彈劾熊廷弼，熊廷弼在遼東假名增稅，勒索百姓致使百姓怨聲載道，聲言築城禦敵，實是畏敵如虎，不敢主動出兵，誤國誤君，請求皇上治罪。”
“臣，姚宗文附議，熊廷弼經略遼東，不但沒有收復失地寸土，而且徒耗國帑築城修牆。臣曾經在遼東勞軍，深知熊廷弼爲人粗暴、性情怪異，經常無故呵罵下屬。而且常借出外巡視之名，實則勒索當地百姓。臣請陛下立刻押解下獄，徹查此人。”
“臣，顧慥附議。熊廷弼罪不可赦，不殺不足以平民憤，請陛下下旨嚴懲。”
“臣，楊漣持異議，熊廷弼雖無大功，但巡視遼東亦未失寸土，僅以御史之言，尚書之語，就治其大罪，臣認爲不妥，請陛下三思。”
朱有孝現在恨不得立刻下旨殺了馮三元、姚宗文、顧慥三人，就是因爲這三個人熊廷弼被撤，接下來連連丟失瀋陽、遼陽。但是御史就有聞風而奏的權利，你要是今天打了、殺了他，明天他就出名了，皇帝就成了昏君，既然有人告狀，那就得查啊。
朱有孝壓住心中的怒火道：“着東廠提督宋晉，立刻收押熊廷弼入內監，但不得動刑，請給事中楊漣負責詢問事情原委，但不得動用刑具。”
其實朱有孝這道口諭有點不倫不類，這件事本應該由刑部審理，其他人不得干預纔對，可是朱有孝要保護熊廷弼，但又不能讓別人說出藉口來，而東廠反正名聲也不好，而且也有審訊的權利，甚至看起來比刑部審訊更有力度。因此，這三位彈劾的傢伙只能叫皇上聖明瞭。
現在唯一鬱悶的就是楊漣了，自己多了一句嘴，結果和聲名狼藉的東廠攙和到一塊了，自己還是負責人，這東廠都是些什麼人，自己能指使得動麼?但是楊漣是非常聰明的，瞬間幾乎就明白了朱有孝的意圖，這就是把公事變成皇帝自己處理的私事了。
朱有孝接下來就問道：“既然遼東經絡熊廷弼被押，何人可代替熊廷弼經略遼東呢？這樣吧，朕推薦一人吧。他就是翰林院侍講，先帝的老師孫承宗。”
朱有孝不等羣臣反應過來，就接着道：“擬旨，封翰林院侍講孫承宗爲兵部右侍郎兼右僉都御史，授帝師稱號，加太子少保，賜尚方劍，代朕巡視遼東。”
爲什麼朱有孝對此事這麼快定奪呢，他就怕等下東林黨人提出袁應泰來，這樣就不好辦了。他知道在歷史上就是袁應泰接的熊廷弼，就在天啓元年三月丟失了遼東的瀋陽、遼陽，袁應泰自殺，總兵官尤世功、賀世賢戰死。袁應泰並非是個廢物，也是個人才，但是他的才能並不在于軍事策略，他的能力表現在經濟和後勤保障上，所以遼東失利的責任並不在他，而在於朝廷之上。
接下來，首輔方從哲、次輔韓爌一致推薦朱國祚擔任戶部尚書。朱國祚，朱有孝也知道此人，此人有“六部尚書”之稱。因爲萬曆皇帝多年不上朝致使官員缺額嚴重，南京的六部尚書就只有一個朱國祚在支撐着。
散朝後，羣臣都向外走，這時王安喊道：“楊大人慢行，陛下召您到內廷議事。”
楊漣一愣，心說肯定是熊廷弼的事，於是就跟着王安進了朱有孝的書房。進門一看，只見東廠提督宋晉也在這裡候着，就肯定了心中的疑惑。
朱有孝換了便裝進來道：“給楊大人賜座。”
王安就給楊漣搬過來一個秀墩，“不敢勞駕公公。”楊漣客氣道，隨着微微坐下半個屁股。王安隨後出去，屋裡面就剩下朱有孝、楊漣、宋晉三人。
朱有孝道：“我今天之所以把你二人叫來，想必二位也知道緣由。今天早朝，馮三元突然彈劾熊廷弼，而遼東總督楊淵自作主張逮捕熊廷弼，這裡面肯定有什麼不對的地方。楊漣你的任務就是悄悄的把熊廷弼接出來，安置到朕的皇莊，你告訴他，朕不會讓他受冤枉的，會給他一個公道。宋晉，你的任務是，其一不能讓任何人知道熊廷弼已經放出，協助楊大人秘密送出熊廷弼；其二秘密調查馮三元、姚宗文、顧慥三人在京的所有家庭財產、人事交往動向。這些事情非常機密，一旦泄露二位知道這意味着什麼。”
“臣，（奴才)遵旨，倘若泄密臣（奴才）必以死謝罪。”二人同聲應道。
與此同時，在北京城裡一個簡陋的小衚衕口，停下一乘小轎，從小轎裡下來的正是吏部尚書周嘉謨，周嘉謨進入一個普通的小院，裡面走出一位老者，只見此人相貌奇偉，“鐵面劍眉，鬚髯戟張”。
“恭喜孫大人。”周嘉謨進門先道喜。“今天是要來討杯酒喝的。”
就在這時只聽門外一片喧鬧，門口進來一公公，張口問道：“贖咱家眼拙，那位是孫承宗大人？”
孫承宗道：“下官就是孫承宗。”
那公公道：“孫承宗接旨。奉天承運，皇帝詔曰：孫承宗進士出身，素有才幹；曾爲帝師，自作表範；今關東有變，特敕封爲帝師，加太子少保，任命爲兵部右侍郎兼右僉都御史，賜尚方寶劍，代朕巡視遼東，以鎮宵小。欽此。”
“謝主隆恩，臣必不負陛下的恩典，鞠躬盡瘁死而後已。”孫承宗跪倒接旨，內心非常激動。也是啊，誰不盼着這官越做越大呀。
隨後孫承宗跟着太監進宮謝恩，朱有孝就在書房和孫承宗進行了被史稱爲“隆中對”的談話。從此君臣二人合作，開闢了大明朝的新天地。