９月１日，蕭天下令對南京展開總攻！
晨。在大炮的支援下，北洋軍在朝陽門一帶挖地道進去，用炸藥將城牆轟塌兩丈有餘後，北洋軍隨即蜂擁而入。
這時，太平門、通濟門、神策門也相繼被攻破，何海鳴等人率領士兵們在鐘樓、內橋、鴿子橋、花牌樓等處與北洋軍展開殘酷的巷戰。
１號整整一天，北洋軍以軍事進攻加上政治進攻，不斷壓迫討袁軍在南京的生存空間。南京，逐步掌握在了北洋軍手裡。
次日上午，何海鳴率領最後討袁軍在雨花臺和北洋軍進行決戰，傷亡殆盡的情況下才最終潰散。
何海鳴等人在武定橋下乘小船逃走。
就在蕭天收復南京的同時，日本國駐南京領事館卻在悄悄地注視着這一切的發生。
蕭天，這個名字不光響徹中國，而且也早已經成爲了日本人最頭疼的一個人物。
此時蕭天再克南京，一路過來如同風捲殘雲，必然再度名聲大噪，而這也是日本人最害怕看到的事情。
但是，日本人目前似乎沒有找到更好的解決辦法......
南京光復之後，所有人的目光都盯在了江蘇都督的位置上。
但是，這一戰最大的功臣是蕭天，總指揮也是蕭天！在進入南京之後。蕭天沒有任何遲疑，向北京政府推舉吳佩孚出任江蘇都督！
從徐州會戰到南京攻克，吳佩孚所指揮的獨立旅表現得實在太突出了，蕭天的舉薦，讓人沒有任何反駁的藉口！
次後，袁世凱下令吳佩孚擔任江蘇都督之職。
在加入“小北洋系”之前，吳佩孚不過是個炮團團長，但自從被蕭天招攬，一路青雲直上，先是獨立旅旅長，接着根本讓人意想不到的脫穎而出，成爲江蘇都督。
對於蕭天的感激，吳佩孚已經無法用語言表達。也正是這一天起，奠定了吳佩孚對於蕭天忠貞不二的忠誠......
南京戰事結束後，“二次革命”也就基本差不多了。在上海，儘管陳其美已經宣佈獨立，並屢次進攻製造局，但終究因爲不是正規軍而一再遭到失敗。等到南京的蕭天騰出手來，擺出進攻上海的架勢之後，上海的討袁軍也就風吹雲散，完全瓦解。
安徽的獨立，從一開始就是“假獨立”。柏文蔚雖然是名義上的安徽討袁軍總司令，但軍隊實際上被師長鬍萬泰和民政長孫多森所控制。等到北洋軍的倪嗣沖部及張鎮芳部大兵壓境，??安徽那些搞假獨立的人也就立刻撕下面紗，宣佈擁袁，這就是柏文蔚率衛隊等前往南京的原因了。
至於福建，都督孫道仁本就是在師長許崇智等人的脅迫下宣佈獨立的。當許崇智提議出兵援贛及北伐時，孫道仁總以餉械缺乏爲由，加以拒絕。等到大局明朗，孫道仁自然發出通電，向袁世凱陳述“冤情”，宣佈取消獨立。
在廣東，袁世凱的手法也非常成功，他不僅安排了龍濟光和陸榮廷兩個楔子迫使廣東討袁力量無可動彈，還用金錢收買了廣東的將領，使得胡漢民和陳炯明失去了對軍隊的控制。無奈之下，陳炯明特意派人去上海請了專門與袁世凱作對的前清官僚岑春煊來廣東，試圖利用他之前與龍濟光、陸榮廷的部屬關係緩和局勢，但岑春煊這個老領導在龍、陸面前已經過氣，這兩人非但不聽岑春煊的勸告，反進兵廣東，最後將陳炯明逼走。
湖南的情況和福建差不多，也都是陽奉陰違、見風使舵。在江西和南京的討袁軍失敗後，湖南都督譚延闓也就宣佈取消獨立。但是，袁世凱對湖南並不放心，他隨後又派出北洋軍曹錕等部進入湖南，最後由海軍中將湯薌銘接任湖南都督。
至於四川方面。熊克武在８月９日宣告獨立，一個月後便自己宣佈解職下野了。
在各地的討袁軍相繼失敗後，袁世凱指“黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊”五人爲這次戰亂的一等犯，其餘如“孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明”等人也都在通緝之列。
在此之前或之後，孫中山、黃興、李烈鈞、柏文蔚、陳其美、居正等人也都先後亡命日本，重新開始了他們的流亡生涯。
隨後，袁世凱下令撤銷孫中山籌辦全國鐵路的全權，並稱黃興、陳其美、柏文蔚爲“叛徒”，黃興和陳其美還被懸賞十萬和五萬元加以捉拿。在此之前，黃興的陸軍上將銜也被剝奪，
這些心懷天下的革命黨人弄到最後不過是竹籃打水一場空，爲袁世凱做了嫁衣裳。
最令這些革命黨人人悲哀的是，由那些信念最堅定的革命黨人發起的這次革命，大部分的國人對此都不予理解也不予支持。在辛亥革命後做記者的老同盟會員梁漱溟，他曾在一次公開演講中說：
“現在很清楚擺在外面的，就是武人勢力的局面。至於說到助長這種武人勢力的原因，卻不能不責備革命先輩，他們無論如何，不應用二次革命那種手段。二次革命實在是以武力爲政爭的開端。從此以後，凡是要爲政治活動的，總要去奔走武人的門下......”
的確，正是這些革命黨人，開創了以武力解決政治爭端的先河！
這是一個很惡劣的開始！
就連雲南都督蔡鍔，也毫不含糊地公開聲明：
“宋案應以法律爲制裁，故審判之結果如何，自有法律判判。試問我國現勢，弱息僅存，邦人君子方將戮力同心，相與救亡之不暇。豈堪同室操戈，自召分裂!誰爲禍首，即屬仇讎。萬一有人發難，當視爲全國公敵。”
國民黨內的那些激烈派萬萬沒有想到的是，他們的行動竟然遭到了社會各界的普遍反對，有人甚至直接指斥他們是以反袁爲藉口，實質上是爲了權力之爭，有人甚至罵他們用革命的名義綁架全國人民，所謂的“二次革命”根本不配叫革命。
不管怎麼說，孫中山發動的所謂“二次革命”失敗了！
在這次對政權的爭奪中，最大的受益者除了袁世凱，就是蕭天了。
身爲直魯豫三省巡閱使的蕭天，不光控制住了河南、山東二省，現在由吳佩孚出任都督的江蘇，也牢牢的控制在了蕭天手中！
“小北洋系”，藉着這次“二次革命”，將自己的勢力進一步延伸！
江蘇已經在自己控制之中，從此河南、山東、江蘇連成一片，背靠上海繁榮之地，窺視安徽等地，蕭天風頭之勁，無可匹敵！
更加重要的是，藉助這次討逆機會。蕭天軍事力量得到進一步加強。
此時的蕭天，代理第六軍軍長，下轄第十九師、第五師、武衛前軍、巡防營，南京攻克之後，袁大總統既沒有下令蕭天正式出任第六軍軍長，也沒有撤消這個職位，因此蕭天這個軍長也就順理成章的代理下去了。
對於第五師的靳雲鵬，蕭天採取了最直接的辦法，招商銀行的銀行本票！
靳雲鵬是個聰明人，知道眼下“小北洋系”風頭大盛，自己的第五師就在蕭天轄區範圍之內。不和蕭天合作，只怕將來日子不會好過。
在銀行本票面前，靳雲鵬選擇了全面合作。
至於將來自己會不會得罪蕭天，會不會被剝奪第五師耳朵指揮權，就不在考慮之中了......
武衛前軍是個問題，張勳素來以滿清忠臣自居，這次又沒有被蕭天委以攻克南京，一雪前恥之任，未免心帶怨憤。要想讓他聽命蕭天，只怕不太可能。
但這個時候的蕭天，已經下了殺張勳之念，只是早晚事情，因爲武衛前軍的事情也就被暫時放了下來。
那些大量投降的討袁軍部隊，也都開始有條不紊開始進行改造。
從軍官學校畢業出來的中低級軍官，被大量充實進這些部隊之中，蕭天要一點一點剝奪那些指揮官的兵權，最後把這些部隊牢牢的控制在自己手裡。
對被俘的討袁軍士兵，蕭天下令一律釋放。
不願意再當兵的，請回，願意繼續當兵的，被分配到了各個部隊。
這些士兵，原本就有豐富作戰經驗，並且作戰勇敢，是當兵的最好人選。更加重要的是，蕭天對待他們的態度。
在這些士兵眼裡，蕭天是軍人的楷模，並且爲人寬厚，革命既然已經失敗，加入到蕭天的隊伍中未嘗不是一個明智選擇。
短短兩個月裡，蕭天手裡經過改編的軍隊已經到達三萬八千之衆，一躍而成爲北洋軍中最大勢力。
但蕭天對此似乎並不滿足，提出了在年底前擴軍至八萬人的計劃。
同時，南京軍事學校也在籌建創辦之中，這是繼安陽軍官學校之後，蕭天創辦的第而所軍事院校。
源源不斷的人才，將是自己最可靠的基礎！
江蘇魚米之鄉，河南、山東用兵之所。上海經濟繁華之地，有了這些支持，蕭天的翅膀硬了！
１０月，北京來電，召蕭天回京授勳，並特別註明，調集一隊精銳士兵回京參加檢閱。
蕭天選擇了剛剛擴充的衛隊營，以蔣介石充當衛隊營營長，又破格提拔在徐州會戰中表現出色的阮傑爲副營長。