地府之中，后土的臉色變得十分難看，神色沉凝，怒而不發，周邊殺機若隱若現，通天教主突然插手，讓他的大弟子多寶以淨世白蓮破了蚩尤的玄陰大陣，以致於戰局被瞬間逆轉，原本即將落敗了軒轅氏一方一下子成了即將勝利的一方。
后土如今雖然已非祖巫，但她的性格卻從未變過，即便她是十二祖巫中脾氣最爲溫和的一個，不過那也是相較於其他祖巫而言，在多寶出手的那一刻，后土便有些忍不住想要出手，人皇之爭，三清竟然聯手針對於她，后土豈能不怒。
但后土終究還是沒有出手，並非她忍了下來，而是就在她殺機顯現的那一刻，三道氣機同時鎖定了她，她自然明白這三道氣機的由來，必是那三清所爲，雖說此次輔佐軒轅氏的乃是闡教，但三清情誼未斷，仍爲一體，豈會放任后土出手。
這一刻，后土才覺得自己實在是有些勢單力薄，若她有人相助，這場人皇之爭的結局絕對不會如此，如今蚩尤敗局已定，回天乏術，后土只能選擇放棄，再拼死相搏下去，只會損失更多，如今巫族可經不起什麼損失了。
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涿鹿戰場，九鳳、風伯、雨師等人在收到后土的傳音之後，便果斷開始組織巫族勢力的撤退，不過蚩尤卻紋絲未動，九鳳見此，不由開口說道：“蚩尤大哥，后土祖巫已經下令讓我等撤退，你不必再繼續戀戰，他日或有東山再起之日。”
蚩尤聽後，慘淡一笑：“是嗎？此戰因我而起，也該由我結束，事已至此，我蚩尤雖無力迴天，但卻不會選擇逃避，九鳳妹子，你們速速返回百萬大山，若是有緣，日後或許還有再見之日，接下來，就讓我來結束這場戰爭吧！”
九鳳一聽，本還想說些什麼，但腦海之中突然又想起了后土的傳音：“九鳳，你們速速回來吧！至於蚩尤，既然他心意已決，就隨他去吧！他生機未決，或許還有其他機緣，生生死死，緣起緣滅，天道無常，誰又能算準一切呢！”
九鳳見此，看了一眼蚩尤，一咬牙，便帶領着風伯、雨師和那些從百萬羣山中出來的巫人戰士離去，而蚩尤則奮力一戰，拼死擋住了軒轅氏和闡教衆人，爲九鳳他們的離去爭取到了一點時間，但寡不敵衆，蚩尤終究還是被軒轅氏等人生擒了。
蚩尤雖然被軒轅氏和闡教衆弟子生擒了，但如何處置卻也是一個問題，蚩尤背後畢竟站着后土聖人和整個巫族，闡教弟子雖然生性高傲，但卻也並不想因此得罪后土聖人，於是乾脆將蚩尤交給軒轅氏處置，畢竟軒轅氏是人族共主。
軒轅氏雖說對洪荒不甚瞭解，但對於后土聖人的事蹟他也是知道的，故而也並沒有趕盡殺絕，只是斬下了蚩尤的頭顱與四肢，連同軀體，封印在了六處地方，至於蚩尤的元神，則被封印在了虎魄刀中，而虎魄刀則被封印在另一處，如此，蚩尤倒也還有歸來的可能。
而九黎戰敗之後，軒轅氏也並沒有選擇趕盡殺絕，而是對九黎一族寬大處理，讓其返回了九黎族地，休養生息，九黎族人感念軒轅氏的仁德，自此臣服於軒轅氏，如此，軒轅氏纔算是徹底地平定了人族內的戰亂，聲望大漲。
而那些原本在觀望的人族首領見此，也紛紛前往陳都朝見軒轅氏，表達自己的投效之意，雖說軒轅氏對人族還是沒有什麼可敬可嘆的貢獻，但他有聖人支持，闡教輔佐，又擊敗了蚩尤，自然沒有人敢再挑釁軒轅氏，軒轅氏的人族共主之位也算是徹底坐穩了。
自此，人族進入了軒轅氏的時代。
平定戰亂之後，軒轅氏便開始大規模地在人族推行自己的政策，首先便是劃分疆域，結束人族不明地理、不分疆域的時代，按照軒轅氏的政策，八家爲一井，三井爲一鄰，三鄰爲一朋，三朋爲一里，五里爲一邑，十邑爲都，十都爲一師，十師爲州，總有九州。
九州是爲冀、豫、雍、揚、兗、徐、樑、青、荊，重定國都，以冀州爲九州之中心，是爲國都，設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德，共一百二十個官位管理國家，人族一下子變得井然有序起來。
與此同時，軒轅氏還大開教化，鼓勵麾下的臣子和民衆積極參與到改善人族生活的改革當中，制禮興樂，發明各種器具用物，方便日用，還有大臣曹胡發明了上衣，伯余造了下衣，於則做了鞋子，百姓們從此不再穿獸皮樹皮。
不僅如此，軒轅氏還效仿樹葉漂於水上之理髮明瞭舟船，又根據轉蓬的道理髮明瞭車輔，便利了交通。黃雍父發明了舂，軒轅接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸飯烹粥，以後又造屋室，築城邑，使百姓不再巢居穴處。
除此之外，在政治、用人、農業、時令、交通等諸多方面都進行完善與改革，使得人族的生活變得越來越好，也讓軒轅氏在人族之中的聲望越來越高，那些原本迫於軒轅氏威勢而臣服的人族首領也漸漸地真正認可了軒轅氏人族共主的地位。
在不斷完善人族制度、改善人族生活的過程中，爲了更好地瞭解人族之中的改變以及尚且存在的問題，軒轅氏便開始巡遊天下，遍遊所有的人族部落，而廣成子、燃燈等闡教弟子自然欣然跟隨，一路上傳播闡教教義，使得闡教在人族迅速興盛起來。
而在巡遊天下的同時，軒轅氏也向廣成子等人詢問修道養生之法，從而著下了《陰符經》、《黃帝太乙八門入式訣》、《黃帝太一八門入式秘訣》、《黃帝太乙八門逆順生死訣》等書，以全人族仙道傳承，自此，軒轅氏也幾近功德圓滿之境，證道在即。