闡截兩教教義本就不同，元始天尊看重根腳與天資，而通天教主則是有教無類，故而截教弟子遠比闡教弟子要多得多，大有萬仙來朝之勢，如今歷經三代人皇，截教自然會發展得更爲壯大，這便讓闡教在人闡截三教變成了墊底的存在。
元始天尊極好臉面，如此境遇自然會讓他覺得很不舒服，但當初是他看重三皇的功德，搶先選擇了三皇的最後一位和五帝的第一位，如今想來，實在是有欠考慮，可是如今大局已定，元始天尊也根本沒有機會再改變什麼。
但要元始天尊看着闡教在人族建立的根基隨着截教的壯大而慢慢凋零，他顯然也做不到，於是他便讓自己門下的弟子出山，在人族之中繼續傳播闡教教義，算是穩固闡教在人族的根基，並讓門下十二金仙在洪荒之中各自選擇洞府，傳播闡教教義。
元始天尊如此做法，通天教主自然看在眼中，但元始天尊畢竟是他的兄長，而闡教也只是傳教，並沒有插手人皇之事，故而通天教主也是睜一眼閉一眼，並且告誡門下弟子，不能與闡教弟子發生矛盾，但可惜，事與願違。
闡截兩教同時在人族之中傳道，自然免不了磕磕碰碰，畢竟他們誰都想在人族繁華的地帶傳道，而且闡教弟子秉承了元始天尊的傲氣，甚至有些看不起截教弟子，這讓截教弟子如何能夠接受，自然矛盾越來越大，甚至還動了手，若非有所顧忌，恐怕都會出人命了。
事情發展到這般地步，通天教主自然也不會一味地遷就元始天尊和闡教，只是稍微約束了一番門下弟子，便不再理會，而截教弟子也在人族之中大肆發展截教，不斷地蠶食闡教的根基，截教的有教無類與闡教的精英政策，顯然截教的教義能夠在人族之中發展得更好。
等到了大禹時期，闡教在人族之中的根基已然變得十分薄弱，相比之下，截教則是如日中天，即便是人教都無法與之相比，一時之間，截教一躍成爲洪荒之中氣運最盛的教派，萬仙來朝之勢更盛，在人族之中也算是根基深厚，即便三皇五帝結束，恐怕也沒有哪一教能夠撼動截教的地位。
大禹，三皇五帝之中的最後一位人皇，在舜在位的時期，人族境內突發天災，大雨連綿不絕，此乃天定之災，即便是聖人也不敢輕易地改變，這是天道對人族的一個考驗，也是爲了讓大禹這最後一位人皇順利地登上人族共主之位。
舜在求教其師父無當聖母無果的情況下，不得不在人族之中尋找大賢來治理氾濫的河水，最終選定了大禹的父親鯀，而鯀在治水這一方面確實也有些才能，他採用圍堤堵截的方式來治理水患，初期還是頗有成效的，但好景不長，人力豈能與天災相抗。
原本建好的堤壩紛紛被洪水沖垮，人族之中的水患變得更加的眼中，舜得知之後，不由爲之大怒，下令將鯀處死，而鯀死後，他的屍身內竟然誕生了一個嬰兒，爲截教大弟子多寶道人所救，並收爲弟子，並給這個嬰兒起名爲禹。
大禹跟隨多寶道人修行仙道，但卻一直沒有忘卻人族水患之事，再想修仙的同時，他也在不斷地想辦法來治理人族水患，以爲其父雪恥，在大禹成年之後，他終於想到了治水之法，父親鯀採用的是圍堤堵截的治水之法，治標不治本。
而大禹想出的方法乃是堵不如疏，既然圍堤堵截無法根治水患，那不如開闢河道，將洪水引入大海之中，如此人族的水患自然就解決了，爲此，他特意尋了一副臨近大海而又患有水患的地帶，開山鑿石，開闢河道，將洪水引入了大海之中。
隨着大禹的成功，附近的人族紛紛請求大禹幫助他們治理水患，大禹自然沒有拒絕，一來二去，大禹的賢名也漸漸地在人族之中傳播開來，最後更是傳到了人族共主舜的耳朵裡，舜在得知大禹是鯀的兒子之後，心中也頗爲糾結。
但舜畢竟心繫整個人族，豈會爲了一己私心而放任水患爲禍人族，於是舜便親自去相請大禹前來治水，大禹也沒有推辭，在舜的幫助之下，他開始治理整個人族之中的水患，這可是一個巨大的工程，與此同時所面臨的的困難也是今非昔比的。
爲了幫助大禹治水，多寶道人特意爲他煉製兩件後天法寶，一爲開山斧，可以幫助大禹開山劈石，二爲定海神針，可助大禹測量水深水淺，鎮壓肆虐的水患，當然，開山鑿石，開闢河道，這還並不是最大的難事，真正的困難乃是妖族。
妖族多生活在深山水域之中，如今人族如此動作，自然讓他們大受影響，好在截教之中諸多弟子都是妖族出身，交流起來也方便，能動口解決的自然不會動手，更何況還有地仙道在，幫助人族解決水患，這可是一個獲取大功德的機會，地仙道的妖族又豈會錯過。
有了地仙道的幫助，大禹治水自然變得更加順利，足足花費了近百年的時間，才終於平定了人族的水患，這也讓大禹在人族之中擁有了足以比擬人族共主的賢名，然而大禹在證道之後，卻並沒有將人族共主之位傳給大禹，而是傳給了自己的兒子商均。
商均成爲人族共主之後，大禹爲了避嫌，便躲到了陽城，然而商均在人族之中並無聲望，人族之中那些部落的首領自然不服商均，於是便紛紛棄商均而前往陽城朝見大禹，在如此情況之下，商均只能無奈的退位讓賢，將人族共主之位讓給了大禹。
大禹上位之後，分封商均於虞，改定曆法爲夏曆，與此同時也在人族之中大興改革之風，漸漸形成了以夏族爲中心的格局，這也是王權最初的形態，並且大禹重新劃分天下，改爲冀、兗、青、徐、揚、荊、豫、樑、雍九州，自此，三皇五帝真正進入了尾聲。