雖然王保保在第一時間就收到了皇太子愛猷識理達臘下達的反攻元大都的命令，不過王保保直到至正二十五年（公元1365年）三月才率主力北上。
是什麼事兒讓王保保耽擱了近一個月的時間呢？
那是因爲他的生父賽因赤答忽剛剛在洛陽病故。
元朝的丁憂制度是受漢人影響，雖然沒有漢人當政時那麼嚴格，但祖父母、父母亡故，一個月的假期還是必須要有的。因此，王保保的生父病故，他處理完後事再出兵，皇太子愛猷識理達臘也不能說他什麼。
由於王保保的大軍加入戰鬥，皇太子愛猷識理達臘組織的聯合部隊迅速攻佔了元上都（今內蒙古自治區錫林郭勒盟）、大同等戰略要地。孛羅帖木兒的大軍迅速陷入了被動的局面。
緊接着，對孛羅帖木兒更加不利的事情接踵而至地迅速發生了。
首先是對孛羅帖木兒心生怨恨的也速再度反水，帶兵向皇太子愛猷識理達臘投誠了。
得知也速再度反水，孛羅帖木兒惱羞成怒，立即命令麾下愛將姚伯顏不花率兵前去征討也速部。
姚伯顏不花是員猛將，號稱孛羅帖木兒麾下的“金牌打手”，根本就沒將也速放在眼裡。當他的大軍到達通州（北通州，今北京通州）時，天降大雨，河水暴漲，大軍無法通行。姚伯顏不花只得下令讓大軍暫時就地駐紮，待雨停之後再繼續前進。由於對也速太過輕視，姚伯顏不花並未防備也速部會來偷襲他。
面對姚伯顏不花的輕視，也速豈肯放過這個立功的大好機會。他立即率兵偷襲姚伯顏不花不部，不僅大敗其兵，還擒獲了姚伯顏不花。
皇太子愛猷識理達臘得知也速擒獲姚伯顏不花，並大敗其軍，十分高興。爲了從心理上打擊孛羅帖木兒，皇太子愛猷識理達臘命令也速將姚伯顏不花就地斬首。
得知愛將姚伯顏不花被殺，孛羅帖木兒大爲震驚，他親率大軍前來討伐也速，欲爲愛將姚伯顏不花報仇。誰知大軍行至通州，再度遇上連日暴雨。
由於顧忌元大都內有人圖謀不軌，孛羅帖木兒不敢在外多作停留，只得撤兵。回到元大都後，孛羅帖木兒迅速收縮兵力，決心憑藉元大都的城堅池深，與皇太子愛猷識理達臘的聯軍決一死戰。
可是上天沒有給孛羅帖木兒與皇太子愛猷識理達臘的聯軍決一死戰的機會。就在七月，已對孛羅帖木兒深惡痛絕的元順帝終於出手了。他安排心腹死士刺殺了孛羅帖木兒，並將其腦袋割下來裝在一個匣子裡，派人送給了皇太子愛猷識理達臘。
元順帝這一舉動，無疑是在向皇太子愛猷識理達臘示好。
對於父親的示好，皇太子愛猷識理達臘自然是有自己的打算。他決定利用這個難得的機會，讓自己的戰略合作伙伴王保保迅速帶兵入元大都，控制住元順帝。是時候讓父親禪位於自己了……
當孛羅帖木兒被殺的消息傳到應天的時候，朱元璋震驚了。雖然王保保與自己達成了停戰協定，但那個停戰協定之所以能夠順利達成，是因爲王保保要將主要精力放在對付孛羅帖木兒身上，無暇顧及南邊的起義軍。
現在，孛羅帖木兒死了，王保保最大的政敵被除去了。他是不是又可以騰出雙手，轉頭來對付自己了呢？
想到了這些，朱元璋立即展開了行動。他讓徐達率兵到淮北一帶、常遇春率兵到皖東一帶，做好元軍南下進攻的各項防禦準備工作。
再來說說王保保這邊。當奇皇后和皇太子愛猷識理達臘找到了王保保，說出了讓他帶兵入元大都，逼迫元順帝禪位的計劃後，王保保陷入了沉思。
王保保從孛羅帖木兒的下場中看到，自己跟孛羅帖木兒一樣，無非也就是元順帝父子宮廷鬥爭中的一枚棋子。如果真的答應了奇皇后與皇太子，不管這事兒能不能成功，自己都得背上一個弒君篡位的千古罵名。
從好的方面想，這事兒成功了，自己即使成了皇太子愛猷識理達臘篡位的首席功臣，很可能將來也會遭到愛猷識理達臘的清算。因爲愛猷識理達臘一旦登上帝位，必然會想辦法洗白他的名聲，將自己給殺了，然後把一切罪責都推到自己身上。
如果從不好的方面想，這事兒失敗了，元順帝肯定會滅了自己的九族。
正是因爲基於這個考慮，儘管奇皇后和皇太子對王保保許以右丞相的官位，王保保也沒有心動。
當然，王保保也不可能硬生生地拒絕奇皇后和皇太子，畢竟他們是自己的戰略合作伙伴嘛！王保保只是告訴他們二人，這事兒事關重大，他得仔細琢磨。
對於王保保的這個答覆，奇皇后和皇太子愛猷識理達臘基本還是很滿意的。因爲他們相信，有右丞相這個官位的巨大誘惑，王保保一定不會拒絕的。
九月初，奇皇后和皇太子愛猷識理達臘在王保保大軍的護送下，離元大都只有約三十里了。就在奇皇后和皇太子愛猷識理達臘認爲王保保即將率大軍入城，幫助他們逼迫元順帝禪位之時，王保保自編自演的一出好戲上演了。
就在此時，王保保忽然收到多封緊急軍報，說是南邊的農民起義軍分三路北上，目標直指信陽、穎州（今安徽阜陽）、嶧州（今山東棗莊）三地。
接到三地告急的緊急軍情，王保保迅速命令大軍南返去抗擊農民起義軍。大軍掉頭開撥之後，王保保立即去請示奇皇后和皇太子愛猷識理達臘，他將與大軍一道南返。眼下離大都已經很近了，他就不繼續護送二位了。
奇皇后和皇太子愛猷識理達臘一時也無法分辨消息的真假，眼看着好事就要成了，忽然出了這麼個意外，二人當然是十分不爽。
大軍已經南返了，眼下去追回來也不現實，而且也沒有道理。但是奇皇后和皇太子愛猷識理達臘不想就此放王保保南歸，他們堅稱要王保保送他們入城，並請示元順帝好好犒賞他。
想想大軍已經南返了，即使自己入了元大都，也沒有兵力去幫助奇皇后和皇太子愛猷識理達臘發動政變了，王保保就答應了送他們二人入元大都的請求。
入朝之後，元順帝封王保保爲左丞相。雖然王保保得以加官進爵，但他在大都過得並不開心，因爲奇皇后和皇太子愛猷識理達臘在不久之後便得知了事情的真相，農民起義軍根本就沒有任何北上的舉動。
自此，奇皇后和皇太子愛猷識理達臘開始怨恨上王保保了。
本來，在皇權的爭鬥中，王保保是皇太子愛猷識理達臘一派的。雖然元順帝封王保保當了左丞相，但擁護元順帝的朝中勢力並不待見王保保，畢竟大家是敵對的雙方嘛！
而由於奇皇后和皇太子愛猷識理達臘的怨恨，擁護皇太子愛猷識理達臘的勢力現在也不待見王保保了。就這樣，王保保落得了一個裡外不是人的局面。
到了十月，王保保多次請求元順帝，讓他回河南。因爲朱元璋的勢力越來越強大了，必須迅速將其打壓下去。
元順帝雖然不是一個好皇帝，但他並不是傻子，相反他精明得很。不久，他也知道了王保保在入大都之前，將大軍遣返的真實內幕。元順帝認爲，既然奇皇后和皇太子愛猷識理達臘恨上了王保保，那我就得支持一下王保保。
就這樣，元順帝不僅答應了王保保的請求，還封他爲河南王，讓其迅速南歸，統領兵馬肅清江淮。
當王保保回到河南之後，發現朱元璋早已有了應對，想攻取朱元璋的地盤兒已是非常困難了。
關鍵是現在他夾在元順帝與皇太子之間非常難受，眼下自己能加官進爵得益於自己手中有強大的兵力保證。如果自己跟起義軍拼命，把老本兒賠得差不多了，估計元順帝和皇太子都會想法子收拾自己了。
也就是說，眼下自己最好的辦法就是擁兵自重，保存實力。如果能夠再兼併一些其他地方勢力，那是再好不過了。
正是基於這些考慮，儘管元順帝多次派人來催促王保保與朱元璋開幹，但王保保總是雷聲大、雨點兒小。
爲了達到不斷兼併其他地方武裝的目的，王保保將主意打到了關中。
當時的關中有李思齊、張良弼、孔興、脫列伯四支地方武裝力量。王保保便拿出自己左丞相、河南王的身份，說是奉皇上之命肅清江淮，要求這四支地方武裝立即開赴到河南來，配合他作戰。
既然王保保經過對天下局勢的分析，有了擁兵自重之心，那這關中四人肯定也能相通這番道理。王保保藉着肅清江淮的口號，企圖吞併他們的兵力，他們自然是不會幹的。
雖然這四人的實力無論是那一個，都比王保保差很多，但是他們四人聯合起來，又佔了地利的優勢，王保保一時也拿他們沒辦法。