進入崇禎十六年以後，李自成、張獻忠的實力越來越大，明軍已完全沒有力量撲滅農民軍燃起的熊熊大火。
崇禎皇帝是個非常勤奮的皇帝，在位期間換了五十一個內閣大臣，殺了袁崇煥、陳奇瑜、陳新甲等朱明大臣，但國事越來越糟糕，眼看着李自成的大軍掃平陝西、甘肅、寧夏、山西，一步步向北京逼近，而北京爆發了一場大規模的瘟疫，死掉的人填滿了整個北京的街道，明軍三大營本來就空缺嚴重，現在更是成了空營。
崇禎幾次想調用旅順軍去對付李自成，但是在劉澤清事件後，劉澤清暗中收受了滿清的銀兩支持，在京中大肆賄賂官員，成羣的官員在朝堂上喋喋不休地上奏說旅順軍不但有反骨反心還有實力反叛，根本不能調來拱衛帝都。
一直到崇禎十六年十二月初，在臺灣的朱明向北京遞來一份奏章，稟報說從荷蘭紅毛夷人手中收復臺灣，並開始大規模向臺灣移民，現已在臺灣設立七個縣，從移民中選舉出七個縣令，希望朝廷能予以認可。
“什麼？一個小小的總兵，竟然敢擅自設立縣衙，並自立縣令，反了，反了！”
“謀反！這是謀反！”
“此反賊居心叵測，比李闖逆賊還要可惡！”
崇禎皇帝還沒說話，那些接受了劉澤清賄賂的朝臣們便跳起來大吵大鬧，甚至有人不顧根本沒兵可調的現實，嚷着說：“出兵，立即衝動王師大軍去征討，蕩平那旅順軍！”
崇禎本來打算不管怎麼樣都好，先將旅順軍哄好。再調來和李闖逆賊拼命，至於臺灣那個鳥不拉屎的偏僻地方，那個朱明愛怎麼搞就怎麼搞。他捏着鼻子承認算了。但朝臣們這樣一嚷，崇禎心裡嘆了一口氣：這條路又斷了。
雖然是這樣。但崇禎知道旅順軍並沒有打算造反，如果要造反的，以旅順軍橫掃清軍八旗韃子的實力，誰能擋得住他們？因此，崇禎心中一角還是留有一個礙於皇帝的面子而不想說出來的念想：到萬不得已的時候要將旅順軍調來打李闖！
但是，到了十二月底時，情況有了新的變化。
儘管旅順軍和鄭芝龍刻意封鎖，但還是從福建傳出不少的風言風語。說什麼旅順軍和鄭芝龍在海上狠狠地打了一仗，鄭芝龍大敗，被迫向旅順軍賠付千萬兩白銀、兩千多艘大海船。
千萬兩白銀？
崇禎聽到這個傳言，摸了摸自己身上已打了補丁的龍袍，再看看陳舊的大殿，想起早已空空如洗的國庫，並想如果自己現在有千萬兩白銀，就能立即編練出一支十萬人的強軍來，先掃平李自成、張獻忠，再出塞外蕩平滿清韃虜。
不過。作爲皇帝也只能想想罷了。
令人想不到的是，旅順軍又遞來第二份奏章，這份奏章很長。半文半白的語句足足有五萬字之多，在這個時代算是超長的奏章了。
而奏章中的內容可以用驚世駭俗來形容。
內閣大臣們只看了第一遍就不敢再看第二遍。
奏章的主要是建議改革大明王朝的政治制度，提出要設立大明帝國的憲法，皇帝與士民共同遵守憲法、共治天下，並逐步在各省、府、州、縣實施長官選舉制度，主要的細節是由當地的成年民衆通過投票選舉，在有秀才功名以上的人羣中選出長老，組成各地的長老院，再由長老院投票從有進士功名的人中選出知縣、知州、知府、巡撫等主要官員。再通過朝廷予以確定任命。各地長老院可以監督彈劾各地的官員，一旦通過彈劾。再通過朝廷予以罷免。
在朝廷級別，設立帝國長老院。帝國長老院由各地選出來的長老組成，通過民衆選舉的長老，需通過皇帝的認可和任命，長老院選出帝國首相，首相七年一屆，不可以連任兩屆以上，首相代表帝國實施行政，首相提出的重大政策法令，需要長老院討論通過予以頒行天下。
此外，大理寺升格爲與首相平級的一個獨立機構，各地也設立相應的大理寺，專門負責刑訴斷案判決，首相和各級官府不得干涉大理寺的判決，大理寺最高大理官也由長老院在有功名的人羣中選舉出來，實施終身制，可以對皇帝之外的任何人進行審判。
奏章最後還說，這個過程非常漫長艱難，爲了避免帝國政局震盪，可以用五十年的時間去完成，五十年以後，待條件成熟時，將實施全民直接投票大選帝國長老院的長老、首相和最高大理官，真正實現“皇帝與士大夫共治天下”。
崇禎忍住怒火看完後扔掉奏章，不顧儀態地從龍椅中跳起來：“荒唐！聖人教導的君君臣臣之道豈不就此掃地，這是要壞我國朝綱常倫理……”
千年以來，可曾有人敢說過如此的朝政改革？
這個奏章幾乎是瘋子一般的想法，如果真的付諸實施，官場中所有的既得利益將會全部失去，這是徹底大洗牌的局面，可以說是不但將皇帝得罪了，還把所有的仕林中人全得罪光了。
羣臣都眼觀鼻鼻觀心，彷彿如老僧入定般沒人敢說話，也沒有人願意說話，唯恐自己一說話，便被推去和旅順軍中那羣瘋子打交道。
出動大軍征伐吧？
大軍在哪裡來，錢糧在哪裡來？
口誅筆伐吧？
旅順軍那羣瘋子敢這樣說，還會怕你的筆桿子？
其實，旅順軍的奏章，還讚揚了崇禎皇帝是華夏有史以來最勤奮的皇帝，還在其中有很大篇幅引經據典地擺事實講道理，說華夏自秦始皇統一天下以來，每隔兩百年左右不是自己內亂就是異族入侵，必然便大動盪一次，大明立國已延續兩百七十六年，此時內患外憂，是因爲吏治腐敗、制度無力監督官員，導致百姓餓殍遍地而起事暴亂，非爲皇帝一人勤奮之力可以改變，爲了大明皇室、華夏文明永存於世，是到了進行制度變革求存的時候了。
崇禎皇帝當然有也看到了這些篇章，雖然他在朝會上大發雷霆，他卻在心裡卻默默贊同奏章中關於的一些觀點，朝會散去後，整個晚上不停唸叨着旅順軍奏章中反覆提到的一句話：“窮則變，變則通！”
但是，作爲大明王朝的最高統治者，他並沒有勇氣進行這樣驚天動地的改革，就算他敢進行改革，上天給他的時間也已不多了。
旅順軍沒有得到朝廷對此奏章的回覆，在軍事上沒有任何行動，只是將此奏章抄寫印刷了十萬份拿到各地讀書人中去散發，多數讀書人認爲這是荒唐的、離經叛道的想法，但也有很多年輕的讀書人彷彿在黑暗的現實中看到了曙光，一些人不遠千里跋涉到連島、瓊崖、臺灣去一探究竟，千方百計擠入旅順軍的團體中去，要實踐旅順軍提出的理念。
大明朝廷得知此事，命令各地立即收繳這份奏章銷燬，可是，政令連北京都傳不出去，很多人原本不知道這個奏章，反而因爲銷燬這個奏章的命令知道了這個奏章的存在，從反面爲其作了一個廣告。
趁此機會，旅順軍又上了一道奏章。
這一道奏章詞語更是犀利，不再留一點面子給崇禎皇帝，指出如果不立即進行改革，大明的民衆將會拋棄大明王朝，大明即將滅亡，異族將乘虛而入，屆時不但是大明滅亡，而是“亡天下”，所有的華夏子民將爲此付出沉重的代價，異族將強迫所有人“剃髮留辮、易服改裝”，幾千年來華夏的優雅衣冠將不復存在。()