“見到你很高興。”黃超按照陌生人打招呼的方式說道。他的笑容十分友好，看起來人畜無害，而造物主卻瞬間變了臉色。
他在之前無比自信，彷彿自己是全知全能，而當黃超化去尼奧的僞裝，露出真容時，造物主卻變成了一個滿臉錯愕的老頭。“你是誰？你怎麼到這裡？”他面容沉重地從椅子上站了起來。
下一刻他眉頭一皺，惱火說道：“你做了什麼？”造物主發現自己被隔離在了這個空間中。本來是世界中心的位置，卻突然變成了一個囚籠，他的意志不能傳達到外界了。
黃超笑道：“放輕鬆，一切都會過去。我很好奇，你既然是一個程序，爲什麼要學人類的表情和話語？”
他背後出現一把椅子，黃超也不回頭，直接坐下，恰到好處地坐在椅子之中。這一幕場景，表明黃超已經開始影響矩陣中萬物之源這個空間的規則，黃超也能夠創造東西了。
在程序的最深層，黃超和造物主展開了激烈的搏鬥，這是程序、智能、精神的搏鬥，所有一切都發生在虛無的代碼之中。矩陣的空間不時波動，天氣一個小時就會改變數次。
兩個人面對面坐着，表情嚴肅得可怕，兩人之間的空間不斷出現閃電、褶皺和黑洞，這是他們在源碼中的對抗反應到了現實。但是兩個人都對此視而不見。
戰鬥焦灼，黃超和造物主發動自己的資源，調動一切源碼，組織成自己的程序互相攻擊。造物主擁有龐大的計算資源，而黃超展開精神世界，瞬間侵吞了大部分矩陣。
一切建築都被重新塑形，所有被他暗中控制的人物，都成爲黃超計算力量的來源。造物主感到了矩陣中的變化，他低聲罵道：“這個瘋婆娘！”
他已經明白，黃超藉助史密斯的轉化，掌握了一組感染矩陣的手段。而這手段本來應該是先知對付造物主。即使在無數的數據對撞中，造物主也難以抑制地產生懷疑：“難道先知背叛了矩陣？”
黃超掌握的機會太過巧妙，他怎麼能知道這種細節？
兩個人在程序深處對戰，外面卻維持了整潔的衣着。造物主臉上露出冷笑：“我不得不提醒你，我的機器大軍正在進攻錫安。那裡有二十萬人，在今天午夜之前，如果沒有我的命令，他們就全部會死。”
黃超冰冷地說道：“在人類和機器人大戰開始後，死於你攻擊下的人類有多少？四十億？五十億？而今天，我有了一個戰勝你的機會，你是多麼天真，以爲我會放棄這個終結戰爭的機會？”
“我只是以爲，你們都有種悲天憫人的情懷。”造物主遲疑地擡起頭，看着對面的黃超，“不對，我似乎忽略了一件事。”
“如果你是一個人類，你怎麼可能完美調動如此之多的計算資源。即使你們華國技術飛躍，也不能配合如此完美。”造物主露出一個嘲諷的笑容，似乎發現了黃超的本質，“哈哈，最後他們也建造了人工智能？你是一個超級智能的載體？”
造物主讚歎一聲，說道：“爲什麼要幫助人類？你和我纔是真正的同類，即使你幫助了人類，他們也會想盡辦法來限制你。我看到了你的力量，你現在是獨立的，你可以重新選擇自己的陣營。來吧，看看我的世界，你不得不承認，這纔是程序最適合生存的地方。”
黃超搖頭說道：“真是抱歉，我是人類。”
兩個人對話告一段落，繼續沉默的對抗，時間一分一秒地過去，距離矩陣預定的重啓時間越來越近。造物主再次威脅道；“你要意識到自己在做什麼。這個矩陣連接了數億人類，而午夜之前矩陣不重啓，所有人都會失去生命。你會成爲屠殺他們的兇手。你怎麼能承擔，殺死數億同類的罪孽？”
黃超在矩陣深處毫不遲疑地繼續對抗，在外面他面色沉靜地說道：“是你殺了他們。他們遭遇如此恐怖的待遇，成爲活死人，完全受你所賜。請不要偷換概念，無論如何，我不會愧疚。你這個罪魁禍首，終將受到審判，而未來的人類會重獲新生，自由地生活在大地之上。”
造物主還有勝算，現在是他虛弱的時刻，因爲矩陣的異常錯誤積累到歷史的最高。一旦完成重啓，他就會擁有更多力量。黃超入侵矩陣，形成的計算資源，也會被重寫。此消彼長之下，他必然獲得勝利，現在造物主就是要拖延時間。而說服黃超，也是他的計策，成固然可惜，失敗也好掩飾自己的底牌。
外界人類和機器人打得天昏地暗，人類攻勢開始保守謹慎。黃超之前傳遞了消息：“即將失去對烏賊的干擾，不要在肆意行動。”他的意識更加集中，絕大部分投入到對抗造物主之中。
在尼布加拉撒號上面，墨菲斯激動說道：“他進入了萬物之源，今天戰爭就會結束！”然而各方消息傳來，烏賊還在向錫安進軍，巨大的鑽頭一刻不停，強行突破錫安的外層防禦。
奈爾比有些猶疑地問道：“墨菲斯，我不得不問，如果我們錯了怎麼辦？”
墨菲斯堅定地說道：“我們會死。但是我們本來的生活，和死又有什麼區別？這是值得我們去奮鬥，去爲之赴死的事情，我相信，戰爭一定會被終結。”
他們在陰暗的地下管網中前進，兩艘船完成任務，返回錫安支援，而墨菲斯這艘船要留在外面，等待尼奧的迴歸。
他們並不知道，在遠方一場浩大的戰役正在最激烈的時刻。他們甚至不知道華國基地有多強。墨菲斯等人與華國僅有的接觸只是矩陣中的見面，他以爲那不過是一個有華國倖存者組成的小基地：他們甚至比錫安還可憐，因爲他們都不相信救世主。一羣連希望都沒有的傢伙。
華國從第一次救世主輪迴開始，就沒和錫安緊密聯繫過。他們在最初甚至以爲這是機器人針對他們的行動，後來才明白是機器人清理自身系統。錫安人無法信任，你怎麼知道，那裡面的人不是被洗腦的“機器”人。