對於西班牙的審判進行的極爲順利，早在拿下馬尼拉後，大明就收集了許多西班牙人的罪證，何況還有通事處之前就蒐集到的一系列證據。此外，倖免於難的華人和明人也是這場大屠殺的人證，再加上馬尼拉城中還有不少非西班牙人存在，這些人同樣可以作證。
還有普通的西班牙人中也有良心未泯者願意當證人，甚至一些在殖民地政府有着官職的西班牙人，爲了減輕自己的罪責也成了當庭證人。
其實這並不希奇，因爲西班牙人根本就沒想過他們會丟失呂宋，畢竟西班牙人在呂宋經營了上百年，勢力根深蒂固，在西班牙帝國看來，呂宋早就是西班牙人的天下，在自己的殖民地幹這些事根本不算什麼。
畢竟，西方國家在新大陸和非洲等地沒少幹過這種事，對於當地人的屠殺行爲更是比比皆是。僅說新大陸吧，自大航海時代發現新大陸後，原本生活在這片土地的印地安人在極短的時間內就被屠殺上千萬，之後的屠殺從未停止過，導致人口急劇下降，等到十九世紀後期和二十世紀初期，印地安人甚至成了少數民族面臨消亡，那時候西方各國才陸續出臺了對印地安人的保護法律，就算這樣至二十一世紀時，美洲大陸的印地安人總體人口數量依舊不多。
所以在西班牙人看來，只要不是西方人，殺上一些是理所當然的。再者他們在呂宋搞這種屠殺不是頭一回了，前後幾次不都是沒受到任何指責麼？甚至當年任職的官員還因爲屠殺有功回到本土後受到了西班牙國王重用。
正是因爲這些原因，這一次西班牙人雖然表面上和之前稍有些不同，從一開始就躲藏在後面遙控，把土人推出來當成替罪羊，以圖撇清自己的關係。
可是這都是自欺欺人，在強大的聯軍面前，西班牙人最終無奈投降，由於戰敗的太快，丟失馬尼拉後這些相關證據是一找一大堆，當這些證據呈上法庭的時候，所有人都看得觸目驚心，西班牙人的罪狀簡直就是罄竹難書。
在此，不能不提一個人，那就是在這場屠殺中爲保全華人和明人，組織力量奮起反抗，之後又爲法庭提供許多實證的功臣包德榮。
作爲通事處在呂宋的最高官員，包德榮此次可以說是立下了大功，不僅是他，他的幾名下屬，比如羅素、姚亮、劉華幾人同樣立功不小，還有那些通事處的其他人員，這些功勞王東作爲聯軍的總司令和大明軍機大臣已寫了奏摺送至北京，朝廷很快就能爲他們授勳嘉獎。
包德榮在最後一戰中身負重傷，幸好後來搶救及時，這把他從死神的懷抱中拉了回來。
不過這次重傷後，包德榮左臂殘了，身子也落下了毛病，再也無法在通事處繼續任職。由於包德榮的這次表現讓王東很是欣賞，所以在徵求包德榮個人意見後，王東決定把包德榮從通事處要來，讓他暫任馬尼拉知府一職，至於正式任命他也寫在奏摺送了出去，如不意外的話朝廷很快就能批覆。
當人證和物證送至法庭後，出乎意料的是最爲憤慨並要求嚴懲兇手的並非是大明和葡萄牙、英國三國法官，反而是那位年長的意大利傳教士。這位傳教士憤慨地在法庭發言，聲稱這是違背了上帝意願，爲上帝所不允許的殘忍行爲，這些西班牙人根本就不能自稱上帝的子民，他們已經完全投入了撒旦的懷抱，因爲只有魔鬼才會做出這種事來。
在法庭上，呂宋都督里維拉到是保持了作爲軍人的氣質，對於一系列的指控並不否認，同時坦然願意接受任何審判結果。反而檢審庭庭長薩爾瓦多卻垂死掙扎，極力狡辯屠殺事件並非出自他的意圖，而是那些土人所爲，他這個檢審庭長僅僅只是未能及時察覺，並且在之後應對失當，從而釀成了這個慘狀。
不僅如此，薩爾瓦多還矛頭一轉，當庭指責聯合艦隊在毫無理由的情況下出兵呂宋，攻擊西班牙艦隊和馬尼拉城。這種行爲是不宣而戰，不僅是對西班牙帝國的挑釁和侮辱，同樣也是對整個西方世界的挑戰。
面對薩爾瓦多的掙扎和狡辯，聯合法庭用無法辯駁的證據一一展現迴應，同時又召來十幾個人證當庭作證，這些人證中不僅有華人，也有西方各國的人，甚至還有幾個就是薩爾瓦多的下屬和同僚，再加上里維拉的口供和當初帶兵攻擊莊園的馬丁內斯上校和他的部下等人證言，都證明了薩爾瓦多才是真正的幕後主使。
就算面臨這一切，薩爾瓦多依舊未肯認罪，可惜的是無論他是否認罪，證據確鑿之下一切都真相大白。
最終，西班牙王國呂宋檢審庭庭長薩爾瓦多、都督里維拉及直接參與此事的軍政雙方共計三十九人被審判犯有各項重罪以絞刑方式處死。而其餘對屠殺事件負有責任，但罪不至死的一百一十二人分別判處十年至三十五年的刑期。
當威廉.亞當斯以聯合法庭大法官的身份宣佈最終審判結果時，這些犯人個個面如土色，精神氣一下子就從他們各自的身體中被抽一空。尤其是之前在法庭上叫囂狡辯，毫無反悔之意的薩爾瓦多的表現更是不堪，直接癱倒在地，放聲大哭。
其實按照大明的法律，絞刑是最輕的死刑一種，中國人講究死後留有全屍是種仁德，也只有在特殊情況下才會給犯人留有全屍，一般來講都是處斬解決。
而在斬刑之上，什麼腰斬、凌遲、車裂這些刑法也不希奇，其他的不講就說凌遲吧，按照情節輕重還分爲幾個等級，最低的爲十六刀，再上去是三十二刀，然後是六十四刀一直到三百六十刀不等。
在歷史上被判凌遲者不在少數，其中前明一朝被凌遲者有名的就有好些人，其中比較有名的比如正德朝的劉瑾被判剮3357刀，行刑時足足被剮了三天才死。在崇禎年間，庶吉士鄭曼被剮了3600刀，至於大名鼎鼎的袁崇煥也是凌遲而死，被剮了3453刀……。
這些刑罰都是根據大明律的尺度來判決的，如果按照大明律來進行審判，薩爾瓦多這些人恐怕全部都是凌遲之罪，薩爾瓦多作爲主謀直接被判3600刀絲毫不爲過。
但考慮到聯合法庭的特殊性，之前朱怡成就想到這點，特意所以告知三法司的人員聯合法庭行刑尺寸可稍放寬，並去除了腰斬、凌遲、車裂這些比較激烈的手段，以絞刑來進行處置。
當然，就算是絞刑也不會是那麼痛快，中國人如果想要整人有的是手段，全世界玩手段哪個國家的人能比得過中國人？而且絞刑這種刑罰要做手腳很是容易。所以在絞刑當天，薩爾瓦多被帶上絞刑架，腦袋上套上絞索行刑之後不知什麼原因卻一時間未死，只見他戴着頭套吊在高高的絞架上拼命掙扎，卻始終無法掙脫。
不斷勒緊的繩索讓他一點點走向死亡，卻同時帶來了極大而又漫長的痛苦，一直等到他足足掙扎了好久，最後在所有人的驚呼聲中，薩爾瓦多的腦袋和身軀突然一下子分離了開來，失去頭顱的身軀直接就從絞刑臺上掉落下來，鮮血從摔倒在衆人面前的屍體脖腔中噴射而出，這個場面簡直驚恐無比。
“我的上帝啊！”
“上帝，這簡直太可怕了……！”
這一幕讓在場所有人目瞪口呆，有些心理承受能力差的人甚至當場就暈了過去，還有許多人控制不住直接吐了出來。
這可怕的一幕，把接下來陸續要上絞刑臺的犯人給嚇暈了，這樣的死法簡直是太恐怖了，而且所有人都目睹了薩爾瓦多死前所經歷的一切，這種痛苦恐怕沒人願意去承受。
不過之後的處刑倒再也沒發生這個問題，在行刑手重新安置了絞刑架後，接下來的行刑倒很是順利，被處決的犯人並沒有受到多少痛苦就被很快吊死。
看來，這位薩爾瓦多先生的運氣實在不好，也許這是上帝給予他的處罰吧。其實在西方國家，這種絞刑事故並非沒有，但也有發生，但像今天這樣可怕的一幕卻是從所未見的。