第二次忍界大戰已過去近十年，五大國實力也都恢復過來，較之前又有很大的提升。各大忍國與國境附近的小國與忍者村戰爭衝突不斷，爲了各自利益，開始壓制、拉攏、滲透周邊小國，並與其它大忍村對大陸核心領土及資源展開了爭奪，彼此之間產生激烈的火拼。
彼此之間劇烈的軍事衝突，讓各村的武鬥派佔據主導權。各項禁術、尾獸兵器、忍具等科研項目都得到了巨大的經費投入。各村的野心也隨着一項項技術的開發而蠢蠢欲動。
46年底，砂隱村三代目風影離奇失蹤，整個村子陷入混亂狀態。出於對三代目風影強大實力的信心和顧及，四代風影之位一直懸而未決，全村出現了羣龍無首的狀態。支持者們傾盡全力在忍界四處搜尋，牽連着忍界隨之震動；反對者們則私下積蓄着力量，待時而動。中立派則持觀望態度，靜待事態的發展。一時之間全村人心浮動，局面波瀾詭譎，力量的過於分散讓整個村子的防禦部隊人手嚴重不足。同時三代風影失蹤的情報也被其餘四個忍村探知。
情報傳回雲忍村，主戰派振奮不已，出兵的呼聲越來越高。三代雷影組織召開了上忍會議，制定了對砂隱村發動奇襲的計劃。計劃將由三代雷影和二尾由木人兩位影級高手帶隊，突入砂隱村。首要作戰目標搶奪一尾守鶴；次要目標掠奪砂隱村戰略資源，增強自身戰爭潛力；三是攪亂砂忍村現有勢力格局，讓他們首尾難顧，陷入內亂，給木葉製造一個不安定的後方。
同時讓三代雷影之子艾和八尾人柱力奇拉比率兵在湯、音、瀧三國一線佈防，等待預定的奇襲時間，然後單方面對木葉和巖隱村宣戰，將各方力量吸引過去，保障奇襲計劃的順利進行。如果計劃順利實施，雲隱村將擁有第三個人柱力，等到將一尾完全掌控後，三個完全被掌握的尾獸在手，屆時藉此威壓忍界，進軍火之國，佔據大陸核心領土，取代木葉現在的地位。
雲忍的異動引起了周邊鄰國的不安，兵力也隨之頻頻調動。
巖隱村隨之而動，出兵瀧、草兩國，戒備着木葉和雲忍，然後開始組織人員修築着防禦工事，藉助土遁忍術，開始大範圍的改變着土之國境內和邊境線的地形。然後陳兵瀧、音忍村沿線，與木葉、雲忍對峙，做出伺機入侵兩國境內的態勢。
霧忍村也隨之對木葉宣戰，兵出渦之國舊址和湯之國邊境，對木葉呈進逼態勢。多年的修整，讓霧忍村實力大漲。在此期間，聚攏了忍界衆多的血繼家族，主要有鬼燈一族、幹柿一族、枸橘一族、水無月（雪）一族、竹取（輝夜）一族等，並且此時村中忍刀七人衆在忍界中也是聲名遠揚。孤懸海外這一獨特的地理位置避免了日常與其它忍村的對峙消耗。實力的急劇膨脹激發了他們對大陸核心領地的野望。
木葉同時三面受敵的消息傳回來，村中一片譁然，恐慌的情緒在羣衆中蔓延開來。火影智囊團根據情報迅速制訂了作戰計劃，火影辦公室下發了戰爭集結命令。三忍也被火速召回，率軍出發。
自來也統領土之國防線，陳兵瀧、音、草三國一線，主要迎戰土之國，兼顧雷之國方面；大蛇丸統領對水之國作戰任務，陳兵原渦之國舊址，與湯之國邊境，提防霧隱村海上來襲；綱手坐鎮雨、川兩國戰線，提防風之國異動。因綱手深受”恐血癥“的困擾，戰力大損。木業特意安排了豬鹿蝶隨軍輔佐。而且主要發揮她領軍才能和剋制砂忍劇毒的醫療能力，沙忍村風影處於失蹤狀態，高手對拼的機會相對較少。火影猿飛日斬坐鎮木葉村，一邊安撫着村內民衆，一邊主持着兵力、糧草的調配。巨大的壓力壓在他的身上，讓他的身軀愈加的佝僂。曾經威震忍界的“忍雄“正在逐漸老去。
五大忍村的連番動作，各小國與忍村也隨之不安躁動起來，整個忍界亂成 一鍋粥。經歷最初的緊張佈防後，各方勢力處於微妙的平衡，進入了對峙期。五大忍村開始心照不宣的清理着自身勢力範圍內的小國和小忍村的勢力，肆意瓜分着既得利益。這也導致了忍界中叛忍、流浪武士、賞金獵人、山匪數量的劇增，普通人的生活受到了巨大的影響。另一邊各自加急修建着邊境的防禦工事、陷阱的佈置和糧草的儲備。
戰爭的陰雲在忍界上空籠罩，壓在所有人的心頭。國與國、人與人，無數人的命運糾纏在一起。慾望、殺戮、貪婪、麻木、怨恨、友情、夢想、信念，無數種情感，或美好，或污濁，混雜在一起，最後終澆灌出名叫戰亂的血色之花，在忍界的每一寸土地上綻放，所有人都在主動亦或被動的去品嚐。