黃超回到錫安，但是大部分精神還留在矩陣中。只有一小部分意識，以史密斯的形象出現，而大部分意識，沉入了系統深處，準備在關鍵時刻發動致命一擊。
錫安在大戰來臨前，進行了一次集會，墨菲斯發表了振奮人心的演講，毫無實際內容，然而愣是讓大家放棄了心中恐懼。墨菲斯本來就是一個忽悠大師，他沒有說出任何勝利可能，但是卻讓人以爲，他們可以戰勝二十五萬烏賊，因爲有“希望”和“奇蹟”，戰爭馬上就會結束。
這也是錫安的悲哀，他們除了相信這種話，已經沒有別的希望了。所有人開始狂歡，黃超待在自己的單獨的宿舍裡，金屬打造的陳舊的艙室，有一種鏽跡的味道。這已經是錫安很好的房間了。
有人想要感謝他的解救，有人想要請他照顧自己的親人，黃超只說道：“大家散去吧，我知道了。”這些急切的人，就被扭轉了想法，給黃超留出私人空間。
在矩陣裡，黃超對張浩說道：“退出矩陣，你的任務到了。”
張浩如夢方醒，露出明悟的神色。他對黃超說道：“這裡的成員，有另外兩艘攻擊艦的艦長，還需要其他人嗎？”
黃超點頭：“當然，叫他們來，我會佈置任務。”
36小時後，墨菲斯等人再次出發，前往廣播地點，去與矩陣中的先知聯繫。一個大坑正在露出真容：預言說，救世主進入了萬物之源戰爭就會結束，這還真沒有錯。按照機器人的謀劃，那時候錫安人類毀滅，救世主會主動自殺，然後機器人派出二十三個孩子重建錫安。果然，戰爭是結束了，這一個輪迴的人類將會全滅。
黃超面不改色地見到賽若夫，他是先知的護衛，穿着華國人的服飾。他拱手道：“我要抱歉。”黃超知道，他要攻擊自己來檢測救世主的身份。
“爲什麼抱歉？”“爲了這個。”賽若夫突然出手，黃超卻向後一跳，躲開了他的近距離攻擊。黃超高高躍起，這個動作在格鬥裡很危險，賽若夫正要搶攻，黃超卻以極快的速度落了下來。他的加速根本不是靠重力，他用心靈力量加速，以自己的身體衝擊爲武器，他重重砸落地面，賽若夫兩臂封擋，卻依然被踢得倒退幾步。
這根本不是一個物質世界，爲什麼還要遵守物質世界的格鬥規則？黃超腳尖一點地板，整個人平行地面向賽若夫衝去，他全身水平，向一支利箭，直刺賽若夫的防禦。他兩手又重又急，擊破賽若夫防禦，印在了他的身前。賽若夫向後飛出，撞在了牆壁上。
黃超彷彿被一隻無形的大手拉起，從空中變換了一個方向，現在他立在地面上，側身對着賽若夫。他左腳擡起，化爲密密麻麻的腿影，踢向賽若夫的全身各處。一般人的踢腿總有間隔和收勢，可是此時黃超一條腿不動，另一條腿已經化爲機槍，房間被破風聲充滿。
“砰砰砰！”賽若夫本來還一臉沉着，有模有樣地抵抗黃超，然而他很快發現，自己已經成爲了一個靶子。無數腿影掠過他身側，把身後的牆壁踢出粉碎的大坑：這在程序的世界裡也是很難的。黃超落在他身上的攻擊沒有那麼重。
眼看自己身後牆壁塵灰飛濺，黃超連綿不斷的攻擊已經要把牆踢垮，賽若夫悶聲說道：“停手。我知道你是救世主了。”
“真是感謝你啊，賽若夫。”黃超面無表情地說道。牆壁完全損毀，屋子裡烏煙瘴氣。賽若夫感到，如果黃超是照着自己用力招呼，他恐怕也和牆壁沒什麼區別。
賽若夫作爲先知的保安，一副華國功夫高手裝扮，然而做事也是很坑，裝酷裝得不錯，然而一路只會打醬油。這麼挫還要裝AA逼，黃超沒有踢爛他的墨鏡，完全是爲了不引起先知惡感。
賽若夫帶領黃超走入了程序的後門，兩個人沿着走廊一路向前，然後來到了先知所在的位置。黃超眼中有着獨特的意味，他誠懇地對賽若夫說道：“謝謝你帶我過來。”
程序後門都讓黃超進來了，作爲一個超級智能，黃超意識已經連接了所有後門包含的內容，他在矩陣的權限也大幅提升。按着劇情走有好處，因爲各種隱秘都會對救世主開放，他們覺得尼奧是可以控制的，然而這個尼奧，只是具有尼奧的外貌啊。
先知跟尼奧扯了一堆話，黃超直接按照電影套路回答，今天午夜，一切就會結束，他當然不會在這時展露個性。如何做一個合格演員，他在華山就學到了。
史密斯黃超過來了，先知趕緊離開。尼奧黃超和史密斯黃超，開始互相嘲諷，黃超覺得萬分蛋疼，其實他是在自言自語，然後左手和右手猜拳。兩撥人開始打了起來，一羣史密斯衝出來，圍攻尼奧。
雙方上天下地，拆牆毀樓，打得不亦樂乎，路過的特工，還被史密斯黃超感染成了自己人，然後參加到圍攻尼奧黃超。
“這個事情我熟悉啊。”黃超蛋疼地發現，這件事他小時候天天玩，“我這不就是拿了一堆玩具小人，擺在牀上開始用手來回撞擊，假裝他們在戰鬥嗎……”
因爲是一個意識，尼奧打起史密斯來的動作簡直帥呆酷斃，每一個動作都恰到好處，隨時隨地有史密斯衝上來讓他打，天空中一直有十來個史密斯在飛舞：因爲每時每刻都有新的史密斯被打飛。
黃超用史密斯感染尼奧，然後尼奧掙脫，扮演不同的角色說話，覺得差不多了，尼奧黃超破空飛走，史密斯黃超繼續“感染大業”。
矩陣的另一個地方，黃超將自己的命令傳遞了出去。華國電磁防禦圈中，三艘滿載武器的電磁攻擊艦起飛，衝進了黑暗的末日世界中。
幽州號、涼州號和荊州號，三艘最頂級的攻擊艦，船長和高級船員都已經被黃超訓練了四五個月，每個人都有着超越常人的精神意志。
“向着機械之城前進！”每個人臉上都沒有恐懼猶豫，他們信任黃超，願意爲此進行最危險的遠征。
離子流奔涌，三艘攻擊艦駛入了暗無天日的空中。