在佔領斯圖加特的當天，對奧地利戰爭的第三步計劃也開始啓動了。蘇爾特元帥的第七軍團的第七軍團和貝納多特的第一軍團切斷了因戈爾施塔特和慕尼黑的一切聯繫，並在隨後展開了猛烈的進攻。
在法軍的猛烈進攻下，因戈爾施塔特搖搖欲墜，隨時都有被攻破的可能。接連來的失敗，十幾萬奧軍死傷或者被俘虜，已經嚴重的打擊了奧軍的士氣。而奧軍的最高指揮官費迪南大公現在也正在逃往慕尼黑的路上，根本就不可能對他的軍隊做出正確的指揮，只得各部各自爲戰。再一次給了法軍個個擊破的可能。
繼因戈爾施塔特之後，位於奧格斯堡的奧軍也沒能及時的撤出，結果被繆拉元帥的騎兵軍團和芒克中將的部隊給圍住，面對戰力兇悍的騎兵，他們已經喪失了突圍的可能。人的兩條腿是無論如何也跑不過馬的四條腿的。於是奧格斯堡兩萬守軍只好依託城牆和有利的地形抵抗。而法軍由於大多數都是騎兵，不適合這種攻堅作戰，只有幾千步兵，所以也只是保持這種包圍的態勢，等待後續部隊到達以後在開始攻擊。
10月13日，費迪南帶領四萬軍隊進入了慕尼黑城，接管軍隊的指揮權，開始構築各種工事準備和法軍頑抗，同時派人向奧皇求援。奧皇知道奧軍在前線大敗以後非常的震怒，但他不想輸掉這場戰爭，所以還是從帝國的其他地方抽調了3萬人，然後又從拱衛維也納的十萬軍隊中抽調5萬人，日夜趕往慕尼黑，希望可以守住這帝國最後的屏障。要不然的話，法軍就可以沿着多瑙河長驅直入，一直打到帝國的腹地。
此時費迪南和奧皇想的都是怎樣堅持半個月，半個月後局勢就可以逆轉了。俄軍的二十萬人最多還有十天就可以趕到了，再經過幾天的休整，就可以投入到對法軍的戰鬥中去。雖然俄軍使用的武器是歐洲各國中最落後的，只要是由於俄國的工業在歐洲來說，算的上是倒數的，所以俄軍經常是常常兩三個人使用一支步槍。甚至是在後世的衛國戰爭的時候這種情況也沒有得到完全改變。曾經看過一不電影，蘇聯的新兵上戰場的時候只發了一些子彈，步槍則需要士兵們自己去戰場上繳獲，這就更不用說一百多年前的俄軍了。
但是費迪南他們指望的並不是俄軍的步兵，而是其另一個強大的軍種——哥薩克騎兵。號稱世界上最強大的騎兵，他們兇殘成性，燒殺搶掠，無惡不作。但他們同時也有着支撐他們衆多惡行的實力。在陸地上，幾乎沒有人能夠是他們的對手。哥薩克人在俄國是一個特殊的存在，他們對沙皇非常的忠心，他們不必向其他民族一樣要繳納沉重的賦稅，他們只需要爲沙皇打仗就可以了。這對於視生死於無物的哥薩克人來說，實在是一個非常不錯的差事。他們也不像沙皇的其他軍隊一樣有微薄的軍餉，他們的軍餉就是每次戰爭對敵國的搶掠，所以纔會使得他們像蝗蟲一樣，對他們經過的地方總是全部搶的乾乾淨淨。土耳其人，波蘭人，甚至是他們現在的盟友奧地利人，都吃過他們不小的虧。
而這次俄國爲了對付法國，也出動了3萬這種哥薩克騎兵，這確實給拿破倫帶來了不小的壓力，這也是爲什麼他急着收拾掉奧地利的原因，那樣的話他就可以專心對付俄國人了。而這對於俄國的盟友們來說那確實是一個天大的好消息。
奧地利的另一個盟友普魯士也快要完成動員了，最多十天以後，也同樣會有二十萬的普魯士士兵開向戰場，到時候在這麼多軍隊的壓迫下，就算法過人有天大的本事恐怕也無法扭轉戰爭的結果了。
10月14日，經過斯圖加特大戰後的法軍五個軍團終於全部進入了慕尼黑戰場。他們一出現，就以雷霆之勢，向因戈爾施塔特和奧格斯堡的奧軍發起了猛烈的進攻。他們可不希望在他們全力進攻慕尼黑的時候還有兩顆釘子插在他們身後。在法軍強大的攻勢下，兩處的奧軍只堅持了一天後因爲基本失去戰鬥力而不得不投降。而法軍也終於肅清了除慕尼黑以外的所有奧地利軍隊。
經過多場大戰以後，法軍也是損失慘重，差不多兩萬多人戰死，還有兩萬多人失去戰鬥力。現在拿破倫手裡也就只有不到二十六萬軍隊了。這些軍隊對付奧地利是完全足夠了，可馬上還要對付同樣強大的俄國和普魯士，說實話，他心裡還真有點沒底。而新組建的兩個軍團還沒有形成戰鬥力，只得用他們把國內的第四軍團和第八軍團換來戰場，可那樣的話法國本土的威脅就大大的增加了。要是英國人渡海蔘戰的話，法國境內除了一個戰鬥力同樣不強的軍團以外，將沒人能夠阻止英國人的進攻。
“先生們，現在已經到了最關鍵的時候了。俄國和普魯士的各二十萬大軍在十天過後就有可能到達戰場，形勢對我們很不利。如果我們不能迅速的擊敗奧地利人，那麼我們可能將會面臨三個國家的圍攻，到時候我們將沒有任何的勝算。好在通過前期對奧地利的作戰使我們已經消滅了對方二十萬人了，現在我們對面只有不到十萬人的殘兵敗將和八萬正向這裡趕來的奧軍二線部隊。我完全有理由相信我們會在五天內將他們完全的消滅，元帥們，將軍們，告訴我你們能做到嗎？”在對慕尼黑的軍事會議上，拿破倫對他的元帥和將軍們動員道。
“陛下，如您所願，我們會將冒犯您的威嚴的奧地利人徹底的擊敗。”元帥和將軍們齊聲回答道。
拿破倫非常的滿意的點了點頭，然後說道：“現在開始宣佈各軍團的作戰命令：10月15日，由第三軍團和第六軍團掃蕩慕尼黑外圍的各處據點。第五軍團進攻慕尼黑北面一點五公里左右的那處高地，據情報那裡有一萬奧軍駐守。近衛軍團，第一軍團和第二軍團從東西北三面進攻慕尼黑。第七軍團則從南面隔河駐守，必要的時候渡和參加到進攻中。騎兵軍團則從明天開始沿因河向東推進，準備組長敵援軍對慕尼黑的支援。”
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