日軍先鋒三番隊一路勢如破竹直取朝鮮王京漢城。後續登陸作戰六大軍團卻遭到朝鮮南方各地義軍起兵反抗，原因是日軍所過之處，焚燒劫掠，大肆屠殺成性，僅晉州一地就屠殺軍民六萬。
李舜臣、元均在玉浦海戰擊敗日本水軍的首場勝利，大大振奮了朝鮮軍民抗擊日軍入侵信心。緊接着朝鮮水軍在李舜臣、元均指揮下在合浦、赤珍浦海面再敗日本水軍。
日本水軍雖受到損失，但並未喪失制海權。整個海戰中日本水軍約損失了44艘戰船，朝鮮水軍在熟悉沿海洋流海況海島地形等有利條件下也損失了不下二十幾艘戰船。
朝鮮官軍潰敗不堪一戰，朝鮮南部各道州郡義軍力挽狂瀾反擊日軍入侵。郭再祐於4月21日在慶尚道星州組織義兵，偷襲阻擊日軍第六軍團小早川隆景麾下先左大將安國寺惠瓊大軍，令安國寺惠瓊屢次戰敗，無法順利進入全羅道。
鄭仁弘、孫仁甲、金沔等義軍將領也令第七軍團令毛利輝元部無法順利佔領慶尚道。全羅道光州的金千鎰、全州高敬命也於6月1日組織義兵反抗日軍入侵。
朝鮮王廷派使臣嚮明朝告急，但並沒有請求明廷出兵救援，明廷上下也對朝鮮如此態度深感疑忌。朝鮮軍隊節節敗退，北方邊將卻對明朝遼東邊軍懷有戒心，原因是雙方邊民邊軍紛爭不斷，朝鮮更與建州女真各部矛盾重重。
大明錦衣衛掌堂上印指揮同知許茂橓早已派錦衣衛潛入朝鮮查探消息，又隨同東廠加派密探潛入朝鮮暗中查探消息。兵部尚書石星秘密派遣曾經出訪過朝鮮，看過朝鮮王李昖的使臣隨從將領宋國臣前往朝鮮辨別朝鮮國王真假。
遼東方面收到兵部尚書石星諭令派人前往朝鮮偵緝朝鮮是否通倭，遼東巡撫郝傑及遼東總兵楊紹勳派出使者崔世臣、林世祿兩人前往平壤府。
遼東總兵楊紹勳命分守遼東寬奠等處副總兵、都指揮使佟養正加強鴨綠江防線。佟養正奉命親率士卒在鴨綠江西岸建設墩臺、塹壕等防禦工事。
佟養正（遼東將門，非女真人佟養正）親自渡江趕到義州城召見朝鮮義州牧黃璡吩咐道：“爾國受兵，上國不可不救，俺當不日領兵過江，爾其以此意，急急啓知。”
黃璡對佟養正要求朝鮮及時飛報日軍情報並不以爲然，更是自吹自擂大放豪言道：“我國雖猝被兵禍，然敝境足矣當賊，豈勞大人之救乎？”
佟養正對朝鮮義州牧黃璡話語中對自己戒心甚重，想不到自己倒是多此一舉了，一臉好笑，隨即離去。遼東地區盛傳朝鮮導倭入侵謠言四起，佟養正也深感懷疑朝鮮別有用心。
崔世臣、林世祿兩人已經抵達平壤府北郊外，朝鮮王李昖派出殿前黑團領接待兩人，兩人請求覲見朝鮮王李昖，沒有得到准許。
崔世臣、林世祿兩人更是懷疑朝鮮君臣是做賊心虛，看來謠傳絕非空虛來風，十有八九朝鮮已被日本控制。兩人決定留下來進一步查探實情。
大明遼東使者一再言明要覲見朝鮮王李昖，右議政尹鬥壽讓剛當上兵曹判書的李恆福去接見大明遼東使者，因李恆福主張內附大明，李恆福卻上報給朝鮮王李昖。
朝鮮王李昖最後授命柳成龍接待大明遼東使者，柳成龍帶着李恆福接見兩人。兩位遼東使者決定探口風，提出查探倭軍動向，柳成龍李恆福兩人陪同兩人登上大同江邊的練光亭查看江東日軍動向。
大同江東岸林中乍現一名日軍身影，接着二三名日軍相繼出現，日軍第一軍團總大將小西行長先期派出物見番頭帶着偵緝兵北上平壤府江東偵緝軍情。
日軍居然在平壤府朝鮮軍眼皮子底下或坐或立，似乎根本沒將朝鮮軍放在眼中。
柳成龍指着江對岸的日軍向崔林兩位上國使者解釋道：“此倭斥候也”
四十來歲的林世祿倚柱東望見對面的日軍神色怡然，很是疑心問道：“倭何其少也？”
柳成龍回道：“倭甚巧詐，雖大兵在後，先爲偵探者，不過數人。若見其少而忽之，則必陷於賊計矣。”
“原來如此”林世祿表面稱是，心裡卻是疑心重重，不再多問。
派去明朝求援的使臣趕回來告知大明上國懷疑朝鮮導倭入侵，朝鮮王李昖忙接見崔世臣、林世祿兩人。崔世臣、林世祿兩人面見朝鮮王李昖，確認是李昖本人後告辭回國覆命去。
此時朝鮮八道多已淪陷，僅剩平安道、咸鏡道尚未淪陷，李昖君臣都知道光靠朝鮮復國無望，朝鮮君臣都在商議內附大明之事。
六月初一，日軍第一軍團、第三軍團蜂擁而至大同江東。日軍還未發起進攻，平壤城中已是大亂，日軍先鋒渡河耀武揚威前來城下挑戰，城上朝鮮軍不敢應戰。
早已是驚弓之鳥的朝鮮王李昖正在抓緊跑路，城中百姓亂哄哄的也跟着衝出城去跟着逃命，平壤城閭巷幾空。朝鮮王李昖正從大同館門跑路，自己逃跑也就算了，還下諭令要求平壤城中父老堅守當炮灰，爲自己逃跑爭取時間。
平壤城百姓一聽諭令不讓出城，一時羣情洶涌，對於不能保家衛國的朝鮮將士和朝鮮王李昖君臣紛紛一片怒罵：“棄我而去，是殺我也。寧死於駕前，毋飽賊刃。橫路縱擊，墜廟社主於路中。”
城中吏民作亂，攔路阻擊。就連柳成龍、崔興元、尹鬥壽等一衆隨駕兩班大臣也被罵得狗血淋頭：“汝等平日偷食國祿，今乃誤國欺民乃爾耶。既欲棄城，何故紿我輩入城耶。”
憤怒的平壤百姓開始攔路擋駕，跑到王宮前請願，鬧得轟轟烈烈，城中形勢更加混亂，守城的朝鮮將士更是無心守城，將領帶頭逃跑。
從山東登州府渡海前來的錦衣衛密探東廠番子紛紛潛伏在平壤城內刺探消息，不斷將刺探到的消息迅速傳回北京，眼見平壤大亂，忙跟着逃出城去。
平壤城中處於無官府狀態，朝鮮王李昖君臣正忙着從大同館門出逃北上義州牧內附大明上國，平壤城中百姓不讓李昖及兩班大臣出逃，李昖君臣也不顧平壤百姓苦口勸阻，拼命逃出城去。
小西行長、黑田長政率日軍第一第三軍團對平壤城發起攻擊，出人意料的是，就在日軍渡江進攻平壤城之時，駐守守大同江的朝鮮將士卻不放一箭，負責守大同江的金命元、韓應寅兩人再次帶頭逃跑，朝鮮守軍將士紛紛效仿逃跑。
李昖君臣慌不擇路朝着北方的安州府逃去，日軍第一番隊先左大將小野義勇奉命追擊朝鮮君臣，小野義勇一路北上銜尾直追，直撲向安州府殺來。
六月十四日，剛逃到安州府的朝鮮君臣惶恐不安，李昖忙命大臣修內附諮文，急送大明遼東都司。安排崔興源、尹自新等奉廟社主，陪世子李琿，前往保住江界府，分朝臣隨世子李琿前往江界府建立分朝。
朝鮮王庭在安州府正式開始分朝，朝鮮世子李琿即將率部分兩班大臣前往江界府建立分朝。
李昖即將上馬逃向博川郡，相禮柳祖訒在馬前聲淚泣下道：“願令世子隨大駕，以共患難。”
李昖站了良久，好言寬慰柳祖訒道：“分朝已定，宗廟社稷不能盡系孤一人，孤欲渡遼內附天子，欲世子圖存復國。”
世子李琿立祗送處泣下，諸臣皆揮淚以辭。李昖不願留在朝鮮被日軍俘獲，將國內軍政事務暫時交由世子李琿建立的分朝管理。決定渡遼內附大明上國，以期獲得大明支持復國，最主要能保命，不必再這般朝不保夕流亡。
平安道沿海皮島南面海灣中停泊着十六艘高大戰船，船帆盡數降下，似乎已在皮島一帶停泊等候已久。正是何崇奇率領的東洋水師第三編隊遊弋在朝鮮外海，按照主公陳瀚指示配合小野義勇、大野義仁、蒲池信義行動。
高大的座艦飛月船船艙中，一身戎裝的何崇奇看向一名剛從安州府城趕回來的密探問道：“小野義勇怎麼說？”
“回何副帥，小野副帥答應會配合我們立即出兵宣川府。”探子稟道：“小野副帥還說小西行長奉豐臣秀吉命與朝鮮王媾和，希望儘快結束戰爭，好進攻國朝。小西行長命小野副帥不得將朝鮮君臣趕入國朝境內，讓朝鮮君臣暫時留在義州牧。”
何崇奇冷笑道：“看來小西行長和豐臣秀吉恐怕是要失望了”何崇奇隨即下令道：“傳令下去，準備出發前往義州城。”
“是”傳令兵領命出船艙去傳令
狼狽不堪的朝鮮王李昖君臣剛逃至宣川府，大明兵部尚書石星命山東（遼東行政上屬於山東承宣佈政司）巡按李時孽派遣曾隨王敬民出使朝鮮見過朝鮮王李昖的遼東指揮宋國臣前往朝鮮，藉機辨認朝鮮王李昖真僞。
宋國臣原本是要去平壤府，哪知在宣川府就遇到落荒北逃的朝鮮王李昖君臣，宋國臣確認是朝鮮王李昖本人後，當即宣讀兵部諮文（公文）：“爾國謀爲不軌”兵部措詞極爲強硬，充滿質疑和威懾朝鮮之意。
李昖君臣聽完大明上國兵部諮文頓時惶恐不安，擔心什麼來什麼，原本是想盡快向大明上國解釋清楚朝鮮並沒有與日本同謀之事，哪知大明上國已派出使臣前來質問。
朝鮮君臣一路倉皇北逃，哪知道淪陷各道戰亡狀況，一時根本對答不上來。朝鮮君臣商議一番後決定爲了讓大明上國釋疑，除了反覆派出使臣外，還將日本太閣豐臣秀吉威脅朝鮮的書信轉呈大明朝廷，以示絕無二心。
緊接着，小野義勇帶着三千大軍從安州府渡過清川江追殺上來。朝鮮君臣得報有大批日軍追來，慌忙朝着鴨綠江邊的義州城逃去，宋國臣也只好跟着朝鮮君臣朝着鴨綠江逃去。