而終於可以親政的朱翊鈞則開啓了他沒有束縛任性的統治，貪財的萬曆開發了千奇百怪的徵稅名目，沒有一塊地、沒有一件東西可以逃過萬曆的稅收。年紀輕輕的萬曆（20歲）就已經開始着手爲自己修陵寢（建壽宮）了；沒人管的朱翊鈞不但日漸奢靡，沉迷酒色、大勢斂財、還開始抽大煙……而朱翊鈞的脾氣也開始展現了暴戾本色，酒醉之後就隨意責打身邊侍衛，動輒更是直接殺了，據傳截至萬曆二十年，已經有一千多宮女太監死在朱翊鈞皮鞭下。
張居正死了後又被拉出來定了罪，還牽連了很多的官員。殺的殺，貶的貶，處理完之後朱翊鈞就再也不想幹活了。若大的大明王朝內閣曾只有方從哲一個人，不僅內閣嚴重缺員，六部、都察院及科道等核心部門也嚴重缺員，而且全國各地的布政司府州縣官府衙門也都都嚴重缺員。可是任憑官員們集體上書，百般懇求、跪地哭求皇帝補充缺額，但是朱翊鈞那是想盡一切辦法、百股推脫，就是不肯補缺。
這已經不是一句“怠政”可以表達的了，他就是故意自己不幹活，也不讓別人幹活。官員們要補缺，他就明確表達——不補。缺的人不補，但是要是想辭職，那是相當的簡單，只要寫個辭呈就可以立馬回家了，是不需要批覆的……真不知道他是怎麼想的。你要說朱翊鈞是被奸佞之人矇蔽了雙眼吧！可他卻對自己的工程進度很是瞭解，還會好言挽留負責他工程的官員們，反正我是不信他是被影視劇裡那些什麼東廠西廠的太監們騙了的。
萬曆早已經已經完全不上朝處理政事了，直到出現了個寵冠後宮的女人——鄭貴妃。她並不是個安分於後宮的小女人，他不會溫柔似水，她身在後宮，心卻在前朝，甚至指責皇帝像個老女人。而太子朱常洛的母親只是李太后身邊的一個宮女，於是在鄭貴妃的興風作浪下，開始了國本之爭。鄭貴妃本就極得寵，而她的兒子朱常洵不但出身好，又十分招人喜愛，鄭貴妃想盡了辦法要改立自己的兒子爲太子，可惜朝臣們一直極力反對，雖然萬曆也想更換太子，而鄭貴妃竟然挺而走險的派自己的心腹太監僱用張差刺殺太子，而張差竟順利地到達了太子寢殿的門口，不過最後他手持木棒殺進去的時候，被太子 宮中太監當場抓住，才讓朱翊鈞再臨朝堂，可笑竟連時任宰相的方從哲和吳道南竟也是朱翊鈞不認識的陌生人。而這著名的梃擊案，最終也只是當廷把劉光復抓住痛打，在劉光復的哀嚎聲中，血淋淋的被錦衣衛抓進了大牢草草了事。而此後至死朱翊鈞也再沒有上過一天的朝。
朱翊鈞在武功方面有著名的“萬曆三大戰役”——平定蒙古人哱拜叛變的寧夏之役、抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的朝鮮之役、平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役。那時的萬曆在實踐上還是明智的，在軍事部署上，還是做了一些安排的，最後三大戰役還是以勝利收場的。可是到了晚年的萬曆連在軍事上的一點明智也沒有了，中了努爾哈赤的誘敵深入之計，導致明軍在此役中傷亡了6萬人，其中將領就有300多人。而如此重要的戰役，在《明神宗實錄》記錄最多的竟是“不報”(不批覆，不答覆)和“留中”（將奏疏扣下，根本不給內閣票擬處理）！“薩爾滸之戰”的失利還是給了萬曆不小的打擊，讓已經身體被掏空的萬曆臥病在牀，很快就結束他坑爹的人生。
雖說即位前十年，因爲張居正，萬曆也算曾經“中興”過，但是張居正死後的萬曆那真是徹底毀了大明的根基，實不符“明實亡於萬曆”之名啊。朱翊鈞坑爹指數3顆星。