按照史書上的評價，朱由檢，這位歷史上着名的悲劇皇帝性格中有個非常大的缺陷——那就是多疑，尤其是對手下臣子不信任。
皇帝和大臣爭奪對國家政策的主導權，這種政治鬥爭本就貫穿了整個大明王朝的全部歷史。前期是朱元璋，朱棣等牛人絕對強勢，把臣子們壓得死死的，到中期開始漸漸放鬆，到了後期，文臣們就開始漸漸佔據上風了。
這種跡象自嘉靖年間就開始，到萬曆時代表現的最厲害。萬曆死後，光宗泰昌帝一月即崩，矛盾能沒爆發出來。而到了天啓手裡，木匠皇帝把朝政全部丟給魏忠賢，順帶着也把矛盾給轉移了過去。當時的社會主要矛盾變成了讀書人和死太監之間的鬥爭，皇帝倒是相對超脫了不少，受到的指責也不太多。
從這一點上看，天啓皇帝朱由校這個人究竟是失職帝王還是大智若愚，倒也難說——畢竟，他在位的時候，明王朝好歹還能壓得住滿洲人，內部倒也沒亂成後來那個樣子。
只不過到了崇禎手中，他快手快腳收拾掉了九千歲，從此沒人可以做替罪羊了。於是他老兄不得不親自面臨和大臣們的博弈。
這位悲劇皇帝一生中除了抗擊滿清，處理叛亂之外，就是將更多心力用於削弱文官集團的勢力，但是並沒有取得多少成效。他努力想要學習太祖成祖的強勢，卻又完全達不到老祖宗們的水準。他的鬥爭手段相當幼稚，而且往往起到反作用。
比方說，爲了在羣臣心目中保持“聖心難測”的印象，崇禎常常把下頭報上來需要獎勵或懲罰的名單隨意刪改，有時乾脆就互相調換下。自以爲這樣讓下面摸不着頭腦，覺得上司心思不可測，一定很高明。
殊不知他這樣一搞，本來立下功勞該受獎的莫名其妙被貶職了，而本應該受到懲罰的卻反倒升官，確實搞得下面都摸不着頭腦，但對皇帝的印象可絕對不會是正面。
另有一次，他在批示過某項任命之後，一時心血來潮，從旁邊《縉紳錄》中隨便找了個名字添上晉升名單，還特地註明兩個字：“御史”，於是吏部官員們翻山蹈海滿世界去查找那位幸運的新任御史大人，結果發現那是個早就致仕在家的老頭兒，而且於兩個月前剛剛過世……
基本上，崇禎在位時期，皇帝與臣子的關係可以說是歷史上最爲古怪的一個階段——相互仇視，卻又相互依存。相互利用，而又相互戒備。崇禎帝在歷史上除了以上吊自殺出名，還留下了若干項非常着名的紀錄——他老兄在位十七年，換了差不多二十來個首輔；五十來個內閣大學士；以及十四個兵部尚書——都是正式任命的，掛兵部尚書銜的名譽尚書不算在內；此外還撤換了十七個刑部尚書；殺了十一個督師和總督……總之，在崇禎朝，中央級別高官能幹得超過一年的，實在不多。
君視臣如草芥臣視君如寇仇，朱由檢這麼亂搞，手下人雖然礙於他的皇帝身份只好忍氣吞聲。不過真到了國家風雨飄搖的時候，願意跟他同心協力的也沒幾個了——崇禎十六年的元旦，按規矩滿朝文武在新年第一天都要去向皇帝朝賀的，結果竟然只到了兩個人，其他人不約而同，統統放了皇帝鴿子。至十七年則更慘，竟然一個人都不來了。
後來闖軍破京，清兵入關，滿朝文武各奔東西，就剩一老太監陪着皇帝上吊，崇禎固然是在遺書中大罵“臣皆亡國之臣”，可站在那些大臣的立場上想想，這個主子也委實太不好伺候……
當然，所有這一切，在崇禎四年的時候還沒怎麼表現出來，不過也快了——就在這一年中，崇禎皇帝改變他剛上任時壓制宦官的政策，開始向各處派遣宦官內侍作爲監軍。甚至還派了一個叫張彝憲的太監去直接管理戶部和工部兩處的錢糧出入及物資生產業務，大臣們勸諫他別這麼幹，朱由檢卻理直氣壯迴應：
“苟羣臣殫心爲國，朕何事乎內臣。”——要是你們這幫兔崽子能全心全意幹活兒，老子當然不會去找太監來做事！
大臣們無言以對，這說明皇帝已經不信任臣子了。對於一個不相信員工，寧肯讓家奴來管理企業的老闆，他們還能說什麼呢？
這一次，西南官員對於瓊州戰事的處置，恰好趕在皇帝對大臣產生疑心的當口上。崇禎其實並不在乎剿滅的是髡人還是夷人，但他在意下面對他的態度。
只是還沒等崇禎考慮好要如何處置那些膽大妄爲的地方官，從兩廣又發來一封新的奏摺。這一次的奏摺內容相當清楚明晰，甚至連引黃貼黃都用不着——奏章的封皮是用白色包裹，意味這是一封報喪的奏書。
“王存思卒於任上……”
這個消息讓剛剛還怒火滿腔想要收拾兩廣總督的朱由檢爲之一怔，人死爲大，無論如何王尊德死在任期內，算是因公殉職，在這種情況下就算是皇帝也不好輕易給他加罪名。
另一方面，兩廣和福建地區又送來了一批據說是剿滅西洋夷人的戰利品。包括各種各樣的軍旗，軍裝，西洋人所用的武器，火炮之類，廣東方面甚至還押送來十多名俘虜，只是因爲路途遙遠，水土不服，解入京師後就大都生病，喉嚨嘶啞，連話都說不出來。不過一個個紅眉毛綠眼睛的，自是西洋夷人無疑。
有了這些實際東西作爲證據，再要說他們欺君罔上好像就有點不太合適了？朱由檢畢竟是個年輕人，心思轉變的快，在最初的怒火熄去以後，總算可以比較理智的看待問題。
正在猶豫之際，恰巧又看到一篇奏摺，乃是錦衣衛指揮祖澤傅上書，請求允許他前往東北戰場救援其父——他老爹的名字叫祖大壽，關寧軍中宿將，如今正被滿洲軍包圍在大淩河城。崇禎看了看那奏章，祖澤傅雖是武將，文章倒寫得不錯。奏摺上說爲人臣要盡忠，爲人子要盡孝，父親身爲大明將官被敵人包圍，自己哪怕單身一人也要前去營救云云……
不過崇禎一眼便看穿了那小子的花花肚腸——這又是變着法子催朝廷派援軍呢。滿洲人實在不好對付，前些日子孫承宗好容易從山東湊出孔有德一支軍馬，拖拖拉拉半天都不肯出發，如今剛到吳橋，駐在那裡以糧餉不繼爲由死活不肯挪窩了……
不過朱由檢平素對於這位小將頗爲欣賞，這時候也只好裝做糊塗，只是溫言撫慰，說是國家需要他這樣的少年英傑，不能允許他孑身輕赴險地。後面又加了一句：援軍之事，朝廷自會考慮，也算是安撫其心。
之後反過來再看待西南戰事，想法又所不同——崇禎現在總算明白，王尊德固然是人之將死，無所顧忌，爲何卻連熊文燦那個平日裡八面玲瓏的琉璃蛋兒都敢於在自己面前裝神弄鬼了。
“大捷……哼哼，姑且就算是大捷吧。”
想來想去，他最終還是決定，且順着那些疆臣一回，捏着鼻子認下這場大捷吧，這個遲暮帝國需要更多的勝利來鼓舞人心。哪怕不是最初計劃中的也行。
於是崇禎按照慣例，向朝臣們宣佈了這一喜訊，並且把繳獲的夷人旗幟軍衣送往太廟祭告先皇——當初在他兄長天啓手裡，明軍與荷蘭人在澎湖大戰過數場，雖然收復澎湖，卻終究未能獲得全勝。如今前往太廟祭告其兄倒也心安理得——弟弟我完成了您的未盡之志，把佔據南海的西洋人給掃平啦。雖然只是順手，可好歹也算一份功績麼！
在得到皇帝認可這份捷報的消息後，朝廷和內宮也開始活躍起來。周後與田袁兩位妃子都盛裝前來向他表示了祝賀，御史翰林們也開始噼裡啪啦上賀表，一切似乎轉入良性軌道，這讓崇禎對自己的決定非常滿意，對於王尊德熊文燦的怨念也消除的差不多了。
抽空，他也考慮了一下督撫們在隨着捷報奏摺一起提出的，關於如何處理瓊州島髡人問題的建議——不管怎麼樣，王尊德熊文燦這些人還是比較負責的地方官。在向皇帝申報喜訊的同時，也沒忘記爲朝廷謀劃後續事務。如何解決那些短毛的問題，依然是當務之急。
剿是剿不動的了，那剩下也只有招撫。經過這一場大戰，短毛徹底證明了他們的火力。“以髡制夷”作爲唯一可行之策被兩位督撫都慎重寫在了奏報中。王尊德更是在他的遺表中用進士才子的生花妙筆，詳細敘述了那一天在看到髡人鋼鐵巨船縱橫馳騁於珠江時的震撼心情，雖然北京這邊沒什麼人相信，覺得是老傢伙臨死前眼花糊塗，但既然地方官都主張要招撫，崇禎皇帝也就傾向於接受他們的建議。
——此時的崇禎還沒有後期那麼剛愎，還能聽得進一些意見。
乙丑日，朝廷發下令諭：追贈故兩廣總督王尊德爲兵部尚書；封賞瓊州一戰中的有功人員；同時令福建巡撫熊文燦主持對瓊州島上髡人集團的招撫事宜。
在來到這個時代整整三年之後，瓊海號上的時空穿越者，作爲一股政治勢力，終於被大明王朝所承認。