因此後來佔據了濠州後，朱元璋不但特意將朱六九之子帶在了身邊；而且還應其所請，將朱桓認作了義子……正是說曹操曹操到！思忖間，得知朱六九已趕來求見後；不敢遲疑，朱元璋立時便趕往了來處相迎。‘重八哇，當年我果然沒看走眼！你果然大有作爲，爲祖宗掙足了臉面！只是做夢也沒想到，我家轉眼間便要家破人亡……’少時兄弟見面後，只稍一寒暄；那朱六九便開始聲淚涕下哭訴了起來。
‘皇兄莫急！莫急，休要上火……’看其老淚縱橫之狀，朱元璋雖然有心寬慰；但想到了鄭士元所講情形後，還是就此打住開始沉吟了起來。‘重八哇，原以爲咱們老朱家只要有你照應，我便能衣食無憂，安享晚年！沒成想，卻還是沒能躲過白髮人送黑髮人的下場啊……’看朱元璋背過身去久久不語，朱六九一陣磕頭如搗蒜般地求告後立時便要親自前去爲兒子送行。‘皇兄稍安勿躁！此事或有轉機……’看其叩首不止血流滿面之狀，朱元璋心中一動，這才起身返回了大堂。
‘此人既已認罪畫押，依律當斬！來人吶……’少時看看各處俱已準備停當，朱元璋一句話說出；立時便在隨行的中書省參知政事胡惟庸面上注目打量了起來。看朱元璋神色，胡惟庸會意。遂當即說道‘啓奏聖上：此人雖然罪大惡極，但我大明立國未久；先殺功臣，只恐不祥啊！’‘話雖有理！但偌大個國家，無故寬宥，只怕也未必立的長久哇。’聞言，朱元璋應聲一嘆後，隨即便又在堂上之人面上開始掃視了起來。‘啓奏陛下：此人雖然罪行昭彰，但臣以爲；作爲曾與社稷有功之人，至少也應該爲其留下全屍！以免朝廷顏面有損……’朱元璋一番掃視下來，眼看無人附議；胡惟庸再次上奏後，遂當即便命人將行刑之人換成弓箭手並暗暗如此這般交待了起來。
此時的朱元璋雖然心有不甘，但眼見行刑之人已重新就位；卻也只能橫下心來，只待此事塵埃落定。卻不料！少時行刑以後，弓箭不是射失準頭；便是偏離了方向，一連多次全都沒能射中要害！‘這卻何故？’眼見連中數箭的朱桓哀嚎不止，心生不忍的朱元璋脫口問道。‘啓奏陛下：應當是此人命不該絕！臣以爲，此乃天意也！’看朱元璋神色，胡惟庸應聲上前後；遂當即便命人停止了行刑將弓箭手也全部都撤了下來。‘難怪丞相說此人足堪大用！臨機決斷，確實甚合朕意’見狀，朱元璋暗忖。
甫料念頭剛起，還沒等他心中石頭落地；隨即便又聽到了鄭士元大呼道‘古人云：王子犯法，與庶民同罪！此人罪證確鑿，卻網開一面；長此下去，必將掏空財政，國之不國！試問朝廷還有何顏面？乃至禮法天下？’越說越氣，以致於高亢激昂的語調就連法場之外也清晰可聞。‘朕若如你這般迂腐！又怎能打下這偌大一座江山？’
看那鄭士元聲嘶力竭之狀，朱元璋雖然稍覺可笑；但見其話中之意頗爲有理，還是重新喚來儈子手將那朱桓梟首示衆。同時下令嚴查全國州縣，但凡涉及空印者；除主印之人一律處死外，其副手皆杖責一百充軍流放！一時間，隨着成批成批的人頭滾滾落地；數百上千的地方官官員卻也不得不拖着傷殘的身軀踏上了流放充軍之路……由於此乃明朝首次整飭吏治，所以坊間便將此案稱作了明初第一大案；史稱‘空印案’